01.12.2011  Primary research  Ausgabe 1/2011 Open Access
A 6gene signature identifies four molecular subgroups of neuroblastoma
 Zeitschrift:
 Cancer Cell International > Ausgabe 1/2011
Electronic supplementary material
Competing interests
Authors' contributions
Background
Results
Subtype discovery by PCA
Fisher's exact test  p1  p2  p3  p4  

Data set 1 (n = 4)  Data set 2 (n = 10)  Data set 1 (n = 4)  Data set 2 (n = 10)  Data set 1 (n = 6)  Data set 2 (n = 5)  Data set 1 (n = 3)  Data set 2 (n = 5)  
High stage (3 or 4)  0,053*  0,056  0,330  0,691  0,075  0,355  0,324  1,000  
Stage 4  0,029*  0,001**  0,241  0,062  0,088  0,304  0,124  0,696  
Outcome  0,139  0,051*  0,555  1,000  0,072  1,000  0,728  0,070  
MNA  0,208  0,375  0,208  0,141  0,001**  0,003**  0,324  1,000  
Del1p  0,088  0,210  0,088  0,067  0,018*  3,9E04**  0,360  0,589  
Del11q  0,441  0,235  0,559  0,013*  0,160  0,622  0,051*  0,622  
Gain17q  0,063  0,128  0,365  0,109  0,058  1,000  0,458  0,651  
ANOVA oneway

ANOVA significance

FC p1

FC p2

FC p3

FC p4
 
Data set 1

Data set 2

Data set: 1

2

Data set: 1

2

Data set: 1

2

Data set: 1

2
 
ALK
 1,1E03**  0,277  1,8  0,5  1,2  0,0  3,6  1,4  1,0  0,6 
BIRC5
 6,1E06**  1,4E05**  2,9  1,7  2,9  2,0  7,8  2,1  3,0  2,6 
CCND1
 0,011*  0,003**  0,5  1,1  2,0  0,4  1,0  0,1  1,9  2,6 
MYCN
 2,0E04**  7,0E04**  0,6  0,3  0,4  0,4  12,6  2,4  3,5  1,4 
NTRK1
 6,7E04**  1,1E05**  3,7  3,4  3,6  0,7  0,1  4,0  0,3  2,6 
PHOX2B
 0,006**  3,4E08**  0,5  0,6  2,0  1,0  1,2  0,7  2,3  3,2 
Progn. factor  p4 vs p1  p4 vs p2  p4 vs p3  

High stage (34)  0,047988  *  ↑  0,48968  0,375645  
Stage 4  0,002127  **  ↑  0,583591  0,506192  
DOD  0,009569  **  ↑  0,296618  0,600782  
Del1p  0,039341  *  ↑  0,009569  *  ↑  0,071035  
MNA  0,566667  0,35  0,00905  **  ↓  
Del11q  0,181631  0,291194  0,165635  
Gain17q  0,212934  0,428148  0,31448  
Transcript

p4 vs p1

p4 vs p2

p4 vs p3
 
ALK
 0,696703  0,403066  0,005545  **  ↓  
BIRC5
 0,042222  *  ↓  1,06E06  **  ↓  4,78E06  **  ↓ 
CCND1
 5,43E05  **  ↓  0,000243  **  ↓  0,046452  *  ↓ 
MYCN
 0,036238  *  ↓  0,055719  **  ↓  0,002016  **  ↓ 
NTRK1
 0,001017  **  ↓  0,03105  *  ↓  0,093904  
PHOX2B
 0,004037  **  ↓  0,002773  **  ↓  0,006196  **  ↓ 
Verification by hierarchical clustering and PCA
r1  r2  r3  r4  ND  

p1

9
 1  0  0  4 
p2
 1 
10
 0  0  3 
p3
 0  0 
10
 0  1 
p4
 0  0  0 
6
 2 
Data sets 1 & 2 (De Preter & McArdle/Wilzén)  

p1

p2

p3

p4
 
Type 1

10
 4  0  1  
Type 2A
 3 
10
 1 
4
 
Type 2B
 1  0 
9
 1  In total 47 
Other
 0  0  1  2  
Data set 3 (Wang)
 
h1

h2

h3

h4
 
Type 1

21
 4  0 
9
 
Type 2A
 15 
15
 0 
7
 
Type 2B
 0  1 
18
 1  In total 101 
Other
 2  5  0  3 
Validation of PCA clusters and the 6gene signature
De Preter  Sign.  ,470 

PCC  ,057  
N  17  
McArdle/Wilzén  Sign.  ,420* 
PCC  ,021  
N  30  
Wang  Sign.  ,366** 
PCC  ,000  
N  101 