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01.12.2017 | Original Article | Ausgabe 12/2017

Neurological Sciences 12/2017

A unique methylation pattern co-segregates with neural tube defect statuses in Han Chinese pedigrees

Zeitschrift:
Neurological Sciences > Ausgabe 12/2017
Autoren:
Ruiping Zhang, Lirong Cao, Yizheng Wang, Yulian Fang, Linsheng Zhao, Weidong Li, Ou-Yan Shi, Chun-Quan Cai
Wichtige Hinweise

Electronic supplementary material

The online version of this article (https://​doi.​org/​10.​1007/​s10072-017-3132-1) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Ruiping Zhang, Lirong Cao and Yizheng Wang contributed equally to this work.

Abstract

Neural tube defects (NTDs) are a complex trait associated with gene–environment interactions. Folic acid deficiency and planar cell polarity gene mutations account for some NTD cases; however, the etiology of NTDs is still little understood. In this study, in three Han Chinese NTD pedigrees (two with multiple affected children), with no information on folic acid deficiency or supplement, we examined genome-wide methylation profiles of each individual in these families. We further compared methylation status among cases and normal individuals within the pedigrees. A unique methylation pattern co-segregated with affected status: NTD cases had more hypermethylated than hypomethylated CpG islands; genes with different methylations clustered in pathways associated with epithelial-to-mesenchymal transition (ZEB2, SMAD6, and CDH23), folic acid/homocysteine metabolism (MTHFD1L), transcription/nuclear factors (HDAC4, HOXB7, SOX18), cell migration/motility/adhesion, insulin and cell growth, and neuron/axon development. Although the genetics of NTD are likely complex, epigenetic changes may concentrate in certain key pathways.

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