Molekulare Darmmikrobiomdiagnostik

Fortschritte in der DNA-Sequenziertechnik und in anderen „Omics-Technologien“ ermöglichen einen neuen Blick auf die menschliche Darmflora als hochdiverse mikrobielle Gemeinschaft, die eine Vielzahl von physiologischen Funktionen erfüllt. Die Zusammensetzung der Flora ist interindividuell verschieden, folgt aber bestimmten Organisationsprinzipien und ist innerhalb eines Individuums über die Zeit bemerkenswert stabil. Es wurde daher vorgeschlagen, die Darmbakterien als zusätzliches Organ zu verstehen. Die Interaktionen von Wirt und Flora sind komplex und deuten auf eine koevolvierte Symbiose hin, in der beide Partner von dem stabilen metabolischen Zusammenspiel profitieren. Die „gespeicherte“ genetische Information ist 100-mal höher als die des menschlichen Genoms und beeinflusst eine Vielzahl von physiologischen Prozessen, von der Verdauung bis zur Prägung des Immunsystems. Störungen dieses Ökosystems sind mit einer Vielzahl an chronischen Erkrankungen, wie Adipositas, Diabetes mellitus Typ I/II, Fettlebererkrankungen und chronisch-entzündliche Darmerkrankungen, assoziiert. Es ist daher eine wichtige Frage für die Entwicklung der inneren Medizin, wie das neue Wissen um die Darmflora diagnostisch und therapeutisch nutzbar gemacht werden kann. In der vorliegenden Übersicht werden Methoden der Mikrobiomdiagnostik kritisch beleuchtet und die Frage gestellt, welche Felder perspektivisch von einer rationalen Therapie des Darmmikrobioms (Bakteriotherapie/Ökobiotika) profitieren werden.