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International Journal of Colorectal Disease
Erschienen in: International Journal of Colorectal Disease 4/2005

01.07.2005 | Original Article

Common denominator genes that distinguish colorectal carcinoma from normal mucosa

verfasst von: Roland S. Croner, Thomas Foertsch, Wolfgang M. Brueckl, Klaus Guenther, Renate Siebenhaar, Christian Stremmel, Klaus E. Matzel, Thomas Papadopoulos, Thomas Kirchner, Jürgen Behrens, Ludger Klein-Hitpass, Michael Stuerzl, Werner Hohenberger, Bertram Reingruber

Erschienen in: International Journal of Colorectal Disease | Ausgabe 4/2005

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Abstract

Purpose

Microarray technology has been used by a growing number of investigators and several studies have been published that list hundreds of genes differentially expressed by colorectal carcinoma (CRC) and normal mucosa (MC). On the basis of our own and other investigators’ microarray data, our goal was to identify a common denominator gene cluster distinguishing CRC from MC.

Methods

Thirty GeneChips (HG-U133A, Affymetrix) were hybridized, 20 with RNA of CRC stages I–IV (UICC) and 10 with MC. Expression signals showing at least a 4-fold difference between CRC and MC (p<0.01) were identified as differentially expressed. In addition, in our integrative data analysis approach only those genes whose expression was altered simultaneously in at least 2 of 5 recently published studies were subjected to an unsupervised hierarchical cluster analysis.

Results

We detected 168 up- and 283 down-regulated genes in CRC relative to MC. Twenty-three genes were filtered from the five articles reviewed. An unsupervised hierarchical cluster analysis of these 23 genes confirmed the high specificity of these genes to differentiate between CRC and MC in our microarray data.

Conclusions

Colorectal cancer and mucosa could be clearly separated by 23 genes selected for being differentially expressed more than once in a recent literature review. These genes represent a common denominator gene cluster that can be used to distinguish colorectal MC from CRC.
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Metadaten
Titel
Common denominator genes that distinguish colorectal carcinoma from normal mucosa
verfasst von
Roland S. Croner
Thomas Foertsch
Wolfgang M. Brueckl
Klaus Guenther
Renate Siebenhaar
Christian Stremmel
Klaus E. Matzel
Thomas Papadopoulos
Thomas Kirchner
Jürgen Behrens
Ludger Klein-Hitpass
Michael Stuerzl
Werner Hohenberger
Bertram Reingruber
Publikationsdatum
01.07.2005
Erschienen in
International Journal of Colorectal Disease / Ausgabe 4/2005
Print ISSN: 0179-1958
Elektronische ISSN: 1432-1262
DOI
https://doi.org/10.1007/s00384-004-0664-7

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