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Archives of Virology

Erschienen in:

20.08.2019 | Annotated Sequence Record

Complete genome sequence of a new bipartite begomovirus infecting tomato in Brazil

verfasst von: Camila M. Rego-Machado, Erich Y. T. Nakasu, Rosana Blawid, Tatsuya Nagata, Alice K. Inoue-Nagata

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 11/2019

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Abstract

A novel bipartite begomovirus infecting begomovirus-resistant tomato plants was detected via Illumina sequencing analysis, and its genome sequence was confirmed by Sanger sequencing. The DNA-A (2627 nt) and DNA-B (2587 nt) have a genome organization that is typical of New World bipartite begomoviruses, sharing 82.5% identity with tomato golden leaf distortion virus and 75.1% identity with sida chlorotic vein virus. Based on the current classification criteria for begomoviruses, this isolate should be considered a member of a new species, and the name “tomato interveinal chlorosis virus-2” (ToICV2) is proposed for this virus.

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Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA et al (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25:3389–3402CrossRef

Brown JK, Zerbini FM, Navas-Castillo J et al (2015) Revision of Begomovirus taxonomy based on pairwise sequence comparisons. Arch Virol 160:1593–1619CrossRef

Doyle JJ, Doyle JL (1990) Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12:13–15

Ghanim M (2014) A review of the mechanisms and components that determine the transmission efficiency of Tomato yellow leaf curl virus (Geminiviridae; Begomovirus) by its whitefly vector. Virus Res 186:47–54CrossRef

ICTV (2019) The universal virus database of the International Committee on Taxonomy of Viruses. https://talk.ictvonline.org. Accessed 2 Apr 2019

Inoue-Nagata AK, Albuquerque LC, Rocha WB et al (2004) A simple method for cloning the complete begomovirus genome using the bacteriophage phi29 DNA polymerase. J Virol Methods 116:209–211CrossRef

Lazarowitz SG, Shepherd RJ (1992) Geminiviruses: genome structure and gene function. Crit Rev Plant Sci 11:327–349CrossRef

Martin DP, Murrell B, Golden M et al (2015) RDP4: detection and analysis of recombination patterns in virus genomes. Virus Evol 1:vev003CrossRef

Muhire BM, Varsani A, Martin DP (2014) SDT: a virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One 9(9):e108277CrossRef

10.

Navas-Castillo J, Fiallo-Olivé E, Sánchez-Campos S (2011) Emerging virus diseases transmitted by whiteflies. Annu Rev Phytopathol 49:219–248CrossRef

11.

Rojas MR, Gilbertson RL, Russell DR et al (1993) Use of degenerate primers in the polymerase chain reaction to detect whitefly-transmitted geminiviruses. Plant Dis 77:340–347CrossRef

12.

Zerbini FM, Briddon RW, Idris A et al (2017) ICTV virus taxonomy profile: Geminiviridae. J Gen Virol 98:131–133CrossRef

13.

Zerbino DR, Birney E (2008) Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. Genome Res 18:821–829CrossRef

Titel: Complete genome sequence of a new bipartite begomovirus infecting tomato in Brazil
verfasst von: Camila M. Rego-Machado
Erich Y. T. Nakasu
Rosana Blawid
Tatsuya Nagata
Alice K. Inoue-Nagata
Publikationsdatum: 20.08.2019
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 11/2019
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-019-04380-0

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Complete genome sequence of a new bipartite begomovirus infecting tomato in Brazil

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