Skip to main content
main-content

01.09.2009 | Original Article—Alimentary Tract | Ausgabe 9/2009

Journal of Gastroenterology 9/2009

Differential gene expression in normal esophagus and Barrett’s esophagus

Zeitschrift:
Journal of Gastroenterology > Ausgabe 9/2009
Autoren:
Jacob Wang, Rong Qin, Yan Ma, Huiyun Wu, Heiko Peters, Matthew Tyska, Nicholas J. Shaheen, Xiaoxin Chen
Wichtige Hinweise

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.​1007/​s00535-009-0082-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Abstract

Purpose

As the premalignant lesion of human esophageal adenocarcinoma (EAC), Barrett’s esophagus (BE) is characterized by intestinal metaplasia in the normal esophagus (NE). Gene expression profiling with microarray and serial analysis of gene expression (SAGE) may help us understand the potential molecular mechanism of human BE.

Methods

We analyzed three microarray datasets (two cDNA arrays and one oligonucleotide array) and one SAGE dataset with statistical tools, significance analysis of microarrays (SAM) and SAGE(Poisson), to identify individual genes differentially expressed in BE. Gene set enrichment analysis (GSEA) was used to identify a priori defined sets of genes that were differentially expressed. These gene sets were grouped according to either certain signaling pathways (GSEA curated), or the presence of consensus binding sequences of known transcription factors (GSEA motif). Immunohistochemical staining (IHC) was used to validate differential gene expression.

Results

Both SAM and SAGE(Poisson) identified 68 differentially expressed genes (55 BE genes and 13 NE genes) with an arbitrary cutoff ratio (≥4-fold). With IHC on matched pairs of NE and BE tissues from 6 patients, these genes were grouped into 6 categories: category I (25 genes only expressed in BE), category II (5 genes only expressed in NE), category III (8 genes expressed more in BE than in NE), and category IV (2 genes expressed more in NE than in BE). Differential expression of the remaining genes was not confirmed by IHC either due to false discovery (category V), or lack of proper antibodies (category VI). Besides individual genes, the TGFβ pathway and several transcription factors (CDX2, HNF1, and HNF4) were identified by GSEA as enriched pathways and motifs in BE. Apart from 9 target genes known to be up-regulated in BE, IHC staining confirmed up-regulation of 19 additional CDX1 and CDX2 target genes in BE.

Conclusion

Our data suggested an important role of CDX1 and CDX2 in the development of BE. The IHC-confirmed gene list will lead to future studies on the molecular mechanism of BE.

Bitte loggen Sie sich ein, um Zugang zu diesem Inhalt zu erhalten

★ PREMIUM-INHALT
e.Med Interdisziplinär

Mit e.Med Interdisziplinär erhalten Sie Zugang zu allen CME-Fortbildungen und Fachzeitschriften auf SpringerMedizin.de. Zusätzlich können Sie eine Zeitschrift Ihrer Wahl in gedruckter Form beziehen – ohne Aufpreis.

Weitere Produktempfehlungen anzeigen
Zusatzmaterial
Supplementary material (DOC 495 kb)
535_2009_82_MOESM1_ESM.doc
Supplementary files (XLS 10110 kb)
535_2009_82_MOESM2_ESM.xls
Supplementary figures (PPT 260 kb)
535_2009_82_MOESM3_ESM.ppt
Literatur
Über diesen Artikel

Weitere Artikel der Ausgabe 9/2009

Journal of Gastroenterology 9/2009 Zur Ausgabe
  1. Das kostenlose Testabonnement läuft nach 14 Tagen automatisch und formlos aus. Dieses Abonnement kann nur einmal getestet werden.

Neu im Fachgebiet Innere Medizin

Meistgelesene Bücher aus der Inneren Medizin

2017 | Buch

Rheumatologie aus der Praxis

Entzündliche Gelenkerkrankungen – mit Fallbeispielen

Dieses Fachbuch macht mit den wichtigsten chronisch entzündlichen Gelenk- und Wirbelsäulenerkrankungen vertraut. Anhand von über 40 instruktiven Fallbeispielen werden anschaulich diagnostisches Vorgehen, therapeutisches Ansprechen und der Verlauf …

Herausgeber:
Rudolf Puchner

2016 | Buch

Ambulant erworbene Pneumonie

Was, wann, warum – Dieses Buch bietet differenzierte Diagnostik und Therapie der ambulant erworbenen Pneumonie zur sofortigen sicheren Anwendung. Entsprechend der neuesten Studien und Leitlinien aller wichtigen Fachgesellschaften.

Herausgeber:
Santiago Ewig

Mail Icon II Newsletter

Bestellen Sie unseren kostenlosen Newsletter Update Innere Medizin und bleiben Sie gut informiert – ganz bequem per eMail.

© Springer Medizin 

Bildnachweise