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Kopfschmerzen können regelhaft im Zusammenhang mit bestimmten Schlafstörungen und schlafmedizinischen Erkrankungen auftreten. Als eigenständige Krankheitsentität gehört dazu der „Schlafapnoe-Kopfschmerz“, der bei Obstruktiver Schlafapnoe auftreten kann und 2003 in die neue Kopfschmerzklassifikation aufgenommen wurde. Zur Übersicht siehe dazu auch „Kopfschmerz“. Nächtlicher „Bruxismus“ geht in 65 % der Fälle mit regelmäßigen morgendlichen Kopfschmerzen einher. Ferner ist bekannt, dass „periodische Gliedmaßenbewegungen“, „Insomnie“ und „Alpträume“ eine Assoziation mit morgendlichen Kopfschmerzen aufweisen. „Schnarchen“ kann ein unabhängiger Risikofaktor für morgendliche Kopfschmerzen sein. Seltener werden Kopfschmerzen durch Medikamente ausgelöst, die zur Behandlung von Schlafstörungen oder von Hypersomnie eingesetzt werden. Unspezifische Kopfschmerzen sind eine der häufigsten unerwünschten Nebenwirkungen unter Modafinil („Stimulanzien“). Umgekehrt können Schlafstörungen durch Kopfschmerzmedikamente ausgelöst werden (siehe „Schläfrigmachende Nebenwirkungen von gebräuchlichen Medikamenten zur Therapie neurologischer Erkrankungen“ und „Schlafstörende Nebenwirkungen von gebräuchlichen Medikamenten zur Therapie neurologischer Erkrankungen“). Siehe auch „Kopfschmerz“.