Der Ausfall der Zilienfunktion führt zu einer Reihe sekundärer Effekte mit Dysregulation verschiedener Signalübertragungswege. Prinzipiell ist eine Überaktivität verschiedener Proteinkinasen zu verzeichnen, die Zellzyklus, Zellproliferation,
Apoptose und Zellpolarität beeinflussen. Zwei Signalübertragungswege sind sehr umfangreich charakterisiert worden, der mTOR-Weg und der cAMP-Weg. Die mTOR-Kinase, die über verschiedene Effektoren insbesondere das Größenwachstum von Zellen stimuliert, wird normalerweise über den tuberösen Sklerosekomplex (TSC) gehemmt. Die Zilie aktiviert den TSC-Komplex über die Kinasen LKB1 und cAMP (Boehlke et al.
2010); ziliäre Defekte verhindern diese Aktivierung und führen zur unkontrollierten Aktivierung von mTOR, welche sowohl in Tiermodellen mit
zystischen Nierenerkrankungen wie auch in der menschlichen ADPKD-Niere nachweisbar ist (Shillingford et al.
2006). Hemmung dieser mTOR-Aktivierung mit mTOR-Inhibitoren wie Rapamycin oder
Everolimus verlangsamt im Tiermodell die Krankheitsprogression (Ibraghimov-Beskrovnaya et al. 2011). Eine vermehrte Produktion von cAMP in ADPKD-Zellen ist seit vielen Jahren bekannt (Mangoo-Karim et al.
1989). Die Zystenflüssigkeit enthält eine Reihe von Substanzen, u. a. auch
Antidiuretisches Hormon, das über Aktivierung von Vasopressin-2-Rezeptoren die Produktion von cAMP stimuliert. Andere, bisher nicht definierte Moleküle scheinen die Flüssigkeitssekretion und damit die Expansion von Nierenzysten zu stimulieren (Grantham et al.
1995).