Bei Patienten mit NPHP manifestiert sich die Nierenerkrankung typischerweise zunächst mit einer Polyurie und Polydipsie aufgrund des renalen Konzentrationsdefekts. Typisch sind weiterhin eine ausgeprägte und früh einsetzende
Anämie sowie eine Wachstumsretardierung. In der Regel treten bei der isolierten Nephronophthise bis zur fortgeschrittenen
Niereninsuffizienz keine weiteren Symptome auf. Komplikationen sind bei der isolierten Nephronophthise selten und Nierenzysten nicht notwendigerweise vorhanden, so dass die Diagnose häufig erst spät gestellt wird. Die terminale Niereninsuffizienz tritt bei der NPHP1 typischerweise zwischen dem 12. und 14. Lebensjahr ein. Die infantile Nephronophthise (NPHP2) verläuft klinisch unterschiedlich, da sie innerhalb der ersten 5 Lebensjahre zur terminalen Niereninsuffizienz führt, im Unterschied zu den anderen Arten der Nephronophthise eher große Nieren mit kortikalen Zysten aufweist und einen arteriellen Hypertonus verursacht. Bei 10–15 % der Patienten mit NPHP finden sich extrarenale Manifestationen, wovon die kongenitale Lebersche Amaurose oder tapetoretinale Degeneration die häufigsten sind (Senor-Løken-Syndrom). Je nach verursachendem Gen ist die Nephronophthise Teil von Syndromen mit anderen betroffenen Organen (z. B.
Joubert-Syndrom, Sensenbrenner-Syndrom, RHYNS-Syndrom,
Okulomotorische Apraxie Cogan).
NPHP6- und
AHI1-Mutationen führen beispielsweise zu einem Joubert-Syndrom mit variabler renaler Beteiligung, während eine
NPHP1-Mutation überwiegend eine Nephronophthise mit nur sehr seltener zerebraler Beteiligung im Sinne eines Joubert-Syndroms verursacht. Im Rahmen von Syndromen mit früh auftretenden Symptomen kann die Diagnose schon in den ersten Lebensjahren vor Auftreten der renalen Manifestation gestellt werden.
Die autosomal dominante MCKD, die im Erwachsenenalter auftritt, ist klinisch durch eine Hyperurikämie, z. T. mit typischer Gichtsymptomatik, und medulläre Nierenzysten charakterisiert, die jedoch nicht immer nachweisbar sein müssen. Bei der MCKD1 und MCKD2 ist die klinische Variabilität ausgeprägt. Das Eintreten der terminalen
Niereninsuffizienz ist bei der MCKD1 zwischen dem 5. und 76. Lebensjahr und bei der MCKD2 zwischen dem 16. und 60. Lebensjahr beschrieben. Eine Rekurrenz dieser genetischen Erkrankungen nach
Nierentransplantation ist nicht zu erwarten.