Einen weiteren Bereich machen die sog. zusätzlichen Datenbanken aus, die meist anwendungsbezogene, interdisziplinäre Datenbanken enthalten, wie z. B. Signal-Transduction-Pathway, Metabolic Pathways, Taxonomic-Database, Mathematical-Model-Database oder andere, oftmals sehr spezialisierte Datenbanken, wie beispielsweise Antibody-Registry oder p53-Database.