Lexikon der Medizinischen Laboratoriumsdiagnostik
Autoren
J. Arnemann

Digitale PCR

Digitale PCR
Synonym(e)
dPCR
Englischer Begriff
digital PCR
Definition
Die digitale PCR beruht auf einer Auftrennung in zahlreiche parallele Einzel-PCRs, die eine optimierte Quantifizierung von Zielmolekülen und auch seltenen Allelen ermöglichen.
Beschreibung
Die digitale PCR ist eine Alternative zur herkömmlichen quantitativen PCR. Die Basis einer digitalen PCR ist die Verwendung eines nanofluidischen Chip, dessen Kavitäten oder Wells mit den PCR-Reaktionsgemischen (DNA-Probe, Master-Mix, Assay-Reagenzien) beladen werden. Bei der Amplifikation wird die TaqMan-Chemie mit durch Farbstoff markierten Sonden zur Detektion von sequenzspezifischen Zielen verwendet. Da die zu analysierenden DNA- oder cDNA-Moleküle sehr stark verdünnt werden, liegen diese im optimalen Falle als Einzelmoleküle in den Kavitäten vor. In jeder Kavität wird eine individuelle PCR durchgeführt und quantitativ analysiert. Kavitäten ohne DNA sind dabei negativ, während Kavitäten mit mehr als einem DNA-Molekül sehr starke Signale ergeben, die mittels eines Korrekturfaktors heraus gerechnet werden.
Die Verwendung mutationsspezifischer Assays ermöglicht insbesondere im Bereich der Tumorgenetik die Detektion und Quantifizierung seltener Mutationen, auch im Sinne einer MRD-(„minimal residual disease“-)Diagnostik
Literatur
Perkins et al (2017) Droplet-Based Digital PCR: Application in Cancer Research. Adv Clin Chem 79:43–91CrossRefPubMed
Pohl G, Shih IM (2004) Principle and applications of digital PCR. Expert Rev Mol Diagn 4(1):41–47CrossRefPubMed