Lexikon der Medizinischen Laboratoriumsdiagnostik
Autoren
J. Arnemann

Haplotyp

Haplotyp
Synonym(e)
Variantenblock
Englischer Begriff
haplotype
Definition
Ein Haplotyp, ursprünglich auch haploider Genotyp genannt, beschreibt einen beispielsweise durch Polymorphismen charakterisierten, oftmals kurzen DNA-Sequenzabschnitt, der als zusammenhängender Block innerhalb eines familiären Stammbaums oder auch in Populationen segregiert, ohne durch Rekombinationsereignisse durchbrochen zu werden.
Beschreibung
In den Anfängen wurden in großen Stammbaumanalysen die Segregation der Haplotypen bzw. die Häufigkeit von Rekombinationsereignissen zwischen einem genetischen Marker bzw. Haplotyp und einem Krankheitslocus getestet. Das Auftreten von Rekombinationshäufigkeiten wurde dabei zur Bestimmung der genetischen Distanz (in Centimorgan, cM) verwendet und diente oftmals zur Kartierung der physikalischen Abstände und Identifizierung des eigentlichen Krankheitsgens. Heutzutage dienen die Varianten der SNPs („single nucleotide polymorphism“) zur Konstruktion von Haplogruppen, die eine Gruppe ähnlicher Haplotypen eines gemeinsamen Vorfahren mit einer spezifischen SNP-Mutation zusammenfassen.
Wenn Individuen bestimmte oder seltene SNP-Allele an 2 relativ benachbarten Stellen einer DNA-Sequenz tragen, die sich von der Normverteilung der übrigen SNP-Varianten unterscheiden, liegt oftmals ein sog. Kopplungsungleichgewicht („linkage disequilibrium“, LD) vor, das u. U. auf phänotypische Auffälligkeiten (z. B. Erkrankung) hinweist und in der Vergangenheit auch zur Kartierung von Krankheitsloci eingesetzt wurde.
Derzeit läuft das International HapMap Project, das zum Ziel hat, die unterschiedlichen Haplotypen des menschlichen Genoms unter Berücksichtigung unterschiedlicher ethnischer Abstammung zu kartieren. Man hofft, durch dieses wissenschaftliche Projekt in einem Folgeschritt Assoziationsstudien zu häufigen Erkrankungen durchführen zu können. Das Einsatzgebiet ist die Durchführung von Kopplungsuntersuchungen bzw. „whole genome association studies“ (WGAS).
Literatur
The International HapMap Consortium (2005) A haplotype map of the human genome. Nature 437:1299–1320CrossRefPubMedCentral