Ribotyping
Ribotyping
Synonym(e)
Ribosomale Typisierung; PCR-Ribotyping
Englischer Begriff
ribotyping
Definition
Ribosomale Typisierung ist eine bevorzugt in der medizinischen Mikrobiologie eingesetzte Methode, Krankheitskeime derselben Spezies im Falle eines Krankheitsausbruchs, aufgrund einer genetischen Variabilität in der Spacer-Region zwischen den 16S- und 23S-rDNA-Genen bezüglich Identität, Herkunft und Überwachung zu typisieren.
Beschreibung
Im Bakteriengenom gibt es mehrere rDNA-Operon-Abschnitte, die übereinstimmend aufgebaut sind mit Spacer, 16S-rDNA, Spacer, 23S-rDNA, Spacer, 5S-DNA. Während die transkribierten Gene für 16S-rDNA, 23S-rDNA und 5S-rDNA in ihrer Sequenzabfolge sehr stark konserviert sind, können die nicht transkribierten Spacer-Abschnitte eine gewisse Variabilität in der DNA-Sequenz zeigen, die man für eine individuelle Typisierung von Bakterienkeimen, insbesondere für Clostridium (C.) difficile, einsetzen kann.
C. difficile ist ein sehr häufiger enteropathogener Keim des Darms, der ursächlich ist für ca. 95 % aller Fälle von pseudomembranöser Kolitis, einer Entzündung, die sowohl Dickdarm als auch Dünndarm befallen kann, oftmals als Folge eine Antibiotikaresistenz, die die C.-difficile-Toxine A und B freisetzen. Dieses Bakterium ist die häufigste Ursache für Ausbrüche von Diarrhoe. Mittels Ribotypings der C.-difficile-Keime versucht man die Verbreitung und klinische Charakterisierung zu verfolgen.
Ribotyping kann man mit unterschiedlichen Methoden durchführen, wie z. B. PFGE (Pulsfeldgelelektrophorese), Polyacrylamidgele nach Behandlung mit Restriktionsenzymen oder aktuell PCR-Ribotyping mit Kapillarelektrophorese.
Bei letzterem Verfahren werden ausgewählte 16S-23S-Spacerbereiche mittels PCR amplifiziert, wobei ein Primer fluoreszenzmarkiert ist und so das Produkt auf einem DNA-Sequencer nach Kapillarelektrophorese in seiner Größe exakt bestimmt werden kann und international vergleichbar ist. So wurden in einer internationalen Multicenterstudie weit über 100 C.-difficile-Isolate typisiert und in einer Datenbank erfasst, die zur Auswertung der jeweiligen Daten benutzt wird.
Literatur
Bouchet et al (2008) Molecular genetic basis of ribotyping. Clin Microbiol Rev 21:262–273CrossRefPubMedPubMedCentral