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24.11.2017 | Original Article | Ausgabe 3/2018

International Journal of Legal Medicine 3/2018

Evaluation of four commercial quantitative real-time PCR kits with inhibited and degraded samples

Zeitschrift:
International Journal of Legal Medicine > Ausgabe 3/2018
Autoren:
Amy S. Holmes, Rachel Houston, Kyleen Elwick, David Gangitano, Sheree Hughes-Stamm
Wichtige Hinweise

Electronic supplementary material

The online version of this article (https://​doi.​org/​10.​1007/​s00414-017-1745-9) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Abstract

DNA quantification is a vital step in forensic DNA analysis to determine the optimal input amount for DNA typing. A quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) assay that can predict DNA degradation or inhibitors present in the sample prior to DNA amplification could aid forensic laboratories in creating a more streamlined and efficient workflow. This study compares the results from four commercial qPCR kits: (1) Investigator® Quantiplex® Pro Kit, (2) Quantifiler® Trio DNA Quantification Kit, (3) PowerQuant® System, and (4) InnoQuant® HY with high molecular weight DNA, low template samples, degraded samples, and DNA spiked with various inhibitors.The results of this study indicate that all kits were comparable in accurately predicting quantities of high quality DNA down to the sub-picogram level. However, the InnoQuant(R) HY kit showed the highest precision across the DNA concentration range tested in this study. In addition, all kits performed similarly with low concentrations of forensically relevant PCR inhibitors. However, in general, the Investigator® Quantiplex® Pro Kit was the most tolerant kit to inhibitors and provided the most accurate quantification results with higher concentrations of inhibitors (except with salt). PowerQuant® and InnoQuant® HY were the most sensitive to inhibitors, but they did indicate significant levels of PCR inhibition. When quantifying degraded samples, each kit provided different degradation indices (DI), with Investigator® Quantiplex® Pro indicating the largest DI and Quantifiler® Trio indicating the smallest DI. When the qPCR kits were paired with their respective STR kit to genotype highly degraded samples, the Investigator® 24plex QS and GlobalFiler® kits generated more complete profiles when the small target concentrations were used for calculating input amount.

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Suppl Table 4 (DOCX 24 kb)
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Suppl Figure 1 (DOCX 34 kb)
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Suppl Figure 2 (DOCX 40 kb)
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Suppl Figure 3 (DOCX 42 kb)
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Suppl Figure 4 (DOCX 48 kb)
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Suppl Figure 5 (DOCX 54 kb)
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Literatur
Über diesen Artikel

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