Background
Methods
Patient material and tissue
No | G | V.I. | pTa | pT1 | pT2A | pT2B | pT3B | D | A | D-S | A-S | Survival A/D |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Low | x | x | 4,22 | A | |||||||
2 | High | x | x | x | 7,25 | 1,9 | D/1m | |||||
3 | High | x | x | - | 17 | D/10m | ||||||
4 | Low | x | x | 7,7 | A | |||||||
5 | High | x | x | x | 8 | A | ||||||
6 | Low | x | x | 3,5 | A | |||||||
7 | High | x | x | 12,89 | 23,04 | D/6m | ||||||
8 | Low | x | x | - | - | A | ||||||
9 | High | x | x | x | 72 | 10,06 | A | |||||
10 | High | x | x | 7,91 | 21 | D/10m | ||||||
11 | Low | x | x | 7,2 | A | |||||||
12 | High | x | x | 8,13 | 26,2 | D/14m | ||||||
13 | Low | x | x | 6,86 | - | A | ||||||
14 | High | x | x | 8,2 | 32 | A | ||||||
15 | High | x | x | x | 6,2 | 28 | A | |||||
16 | High | x | x | x | 12 | 21 | A | |||||
17 | High | x | x | x | 14 | 20 | A | |||||
18 | Low | x | x | x | 4,4 | - | D/11m | |||||
19 | High | x | x | x | 64 | 15 | A | |||||
20 | High | x | x | x | 24 | 18 | D/17m | |||||
21 | High | x | x | x | 18 | 18 | A | |||||
22 | High | x | x | 84 | 20 | D/3m | ||||||
23 | Low | x | x | x | 18 | 17 | A | |||||
24 | High | x | x | 41 | 38 | D/10m | ||||||
25 | Low | x | x | 41 | 15 | A | ||||||
26 | Low | x | x | x | 3,3 | D/24m | ||||||
27 | High | x | x | 13 | 20 | D/10m |
Immunohistochemistry
Antigen | Specificities | Purchaser | Dilution | Pre-treatment |
---|---|---|---|---|
PER1 (Per12-A) | Polyclonal | AH Diagnostics AS Fjellgata 1, Oslo | 1:50, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
PER2 (N-19, sc-7728) | Polyclonal | Santa Kruz Biotecnology Inc. Europe | 1:200, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
PER3 (Per32-A) | Polyclonal | AH Diagnostics AS Fjellgata 1, Oslo | 1:50, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
CRY1 (W-L5, sc-101006) | Monoclonal | Santa Kruz Biotecnology Inc. Europe | 1:200, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
CRY2 (P-21, sc-130731) | Polyclonal | Santa Kruz Biotecnology Inc. Europe | 1:200, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
BMAL 1 (LS-B660/12275) | Polyclonal | Lifespan Biosciences (Nordic biosite) | 1:100, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
CLOCK (LS-B278/18928 | Polyclonal | Lifespan Biosciences (Nordic biosite) | 1:500, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
Anti-CSNK1α1L | Polyclonal | Abcam.com England | 1:150, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
Casein kinase 1Ɛ (Sc-25423) | Polyclonal | Santa Kruz Biotecnology Inc. Europe | 1:100, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
Casein kinase 1α (Sc-28886) | Polyclonal | Santa Kruz Biotecnology Inc. Europe | 1:100, overnight at 4 °C | Microwave treatment for 10 min at 750 W and 20 min at 500 W in 10 mmol/L citrate buffer pH6 |
Evaluation of staining results
Protein | Cancer cells | Neighbouring mucosa | Normal mucosa | |||
---|---|---|---|---|---|---|
Nucleus | Cytopl. | Nucleus | Cytopl. | Nucleus | Cytopl. | |
PER 1 | 2.17 | 0 | 1.71 | 0 | 2.00 | 0 |
+/− SEM | 0.15 | 0 | 0.10 | 0 | 0 | 0 |
PER 3 | 0.22 | 0.43 | 0.67 | 0.73 | 0 | 1.15 |
+/− SEM | 0.08 | 0.11 | 0.13 | 0.15 | 0 | 0.13 |
CRY 1 | 2.08 | 1.96 | 1.84 | 1.27 | 1.76 | 0.62 |
+/− SEM | 0.16 | 0.11 | 0.14 | 0.20 | 0.13 | 0.15 |
CRY 2 | 0 | 0.83 | 2.31 | 2.75 | 2.00 | 2.00 |
+/− SEM | 0 | 0.13 | 0.23 | 0.18 | 0.26 | 0.28 |
BMAL1 | 1.42 | 2.40 | 2.33 | 2.27 | 1.16 | 2.08 |
+/− SEM | 0.20 | 0.12 | 0.19 | 0.20 | 0.21 | 0.20 |
CLOCK | 2.04 | 2.23 | 2.57 | 2.52 | 2.75 | 2.91 |
+/− SEM | 0.16 | 0.12 | 0.13 | 0.13 | 0.14 | 0.09 |
Casein kinase 1 alpha | ||||||
1.93 | 2.70 | 2.78 | 3.00 | 2.90 | 3.00 | |
+/− SEM | 0.18 | 0.10 | 0.13 | 0.00 | 0.11 | 0.00 |
Casein kinase 1 alpha 1 L | ||||||
1.96 | 2.59 | 2.88 | 2.96 | 2.54 | 2.92 | |
+/−SEM | 0.24 | 0.12 | 0.08 | 0.04 | 0.22 | 0.08 |
Casein kinase 1 epsilon | ||||||
2.93 | 2.07 | 2.75 | 1.95 | 3.00 | 2.00 | |
+/− SEM | 0.05 | 0.05 | 0.10 | 0.09 | 0 | 0 |
Flow cytometry (FCM)
RNA extraction and real-time quantitative PCR (qPCR)
RNA purification and single-stranded cDNA synthesis
Endogenous control and endogenous control cards
Real-time quantitative PCR (qPCR) in low-density array format
Gene assay | Protein | Gene assay | Protein | Gene assay | Protein |
---|---|---|---|---|---|
Hs00978050_m1 | H-RAS | Hs01034249_m1 | p53 | Hs00242988_m1 | PER 1 |
Hs00364284_m1 | K-RAS | Hs00923894_m1 | p16 | Hs00256143_m1 | PER 2 |
Hs00180035_m1 | N-RAS | Hs02621230_m1 | pTEN | Hs00213466_m1 | PER 3 |
Hs01076078_m1 | EGFR | Hs00559840_m1 | Cytokeratin 7 | Hs01565974_m1 | CRY 1 |
Hs00182181_m1 | uPAR | Hs00196158_m1 | Cytokeratin 1 | Hs00323654_m1 | CRY 2 |
Hs01126606_m1 | PAI 1 | Hs00361185_m1 | Cytokeratin 5 | Hs00154147_m1 | BMAL 1 |
Hs00166289_m1 | Cytokeratin10 | Hs00231857_m1 | CLOCK | ||
Hs99999905_m1 | GAPDH | Hs00265033_m1 | Cytokeratin14 | Hs01887794_m1 | CK1A1L |
Hs00793391_m1 | CK1A1 | ||||
Hs00266431_m1 | CK1ε |
Statistics
Results
Immunohistochemistry
Stimulatory clock proteins/casein kinases
Inhibitory clock proteins
Gene expression analysis
Raw data and general pattern
A. Relative mRNA gene expression levels of clock genes and common tumour markers from cystectomies (Tumour/Benign-fold change) | ||||||||||||||||||||||||
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GENES | ||||||||||||||||||||||||
Patient sample | BMAL | CLOCK | PER1 | PER2 | PER3 | CRY1 | CRY2 | CSNK1A1L | CSNK1A1 | CSNK1E | TP53 | p16 | PTEN | EGFR | HRAS | KRAS | NRAS | Upar | PAI-1 | KRT7 | KRT1 | KRT5 | KRT10 | KRT14 |
1 | 1,3 | 0,8 | 0,1 | 0,1 | 0,3 | 0,5 | 0,3 | 34,8 | 0,6 | 0,5 | 0,7 | 8,1 | 0,5 | 0,8 | 0,9 | 0,6 | 0,9 | 0,1 | 0,1 | 0,5 | 1,1 | 0,0 | 0,1 | 9,5 |
2 | 2,1 | 1,0 | 0,9 | 1,2 | 0,8 | 1,5 | 1,3 | 0,0 | 1,3 | 3,5 | 2,0 | 6,3 | 2,4 | 0,8 | 1,9 | 1,0 | 2,3 | 1,6 | 0,6 | 83* | 0,0 | 0,3 | 0,1 | 311* |
3 | 4,9 | 3,2 | 0,4 | 0,7 | 5,9 | 3,9 | 0,8 | 3,2 | 3,2 | 11,3 | 0,9 | 131 | 1,9 | 8,7 | 8,9 | 2,2 | 10,1 | 0,5 | 0,4 | 8,8 | 2,6 | 477* | 5,9 | 174 |
4 | 1,0 | 1,1 | 0,2 | 0,3 | 0,6 | 0,4 | 0,7 | 37,1 | 0,6 | 0,3 | 2,2 | 0,9 | 0,7 | 1,5 | 2,5 | 1,3 | 1,9 | 0,6 | 0,2 | 18,9 | 1,0 | 4,0 | 0,6 | 970* |
5 | 1,3 | 1,2 | 0,5 | 0,3 | 0,8 | 0,7 | 0,5 | 0,1 | 0,4 | 0,5 | 0,8 | 0,6 | 0,7 | 0,5 | 0,5 | 1,3 | 0,9 | 0,2 | 0,3 | 0,0 | 1,3 | 0,1 | 0,0 | 0,3 |
6 | 3,6 | 1,6 | 1,4 | 0,5 | 0,7 | 2,3 | 1,2 | 177 | 1,3 | 3,0 | 2,9 | 88,0 | 0,8 | 1,0 | 2,2 | 1,5 | 7,9 | 6,8 | 3,1 | 8,1 | 0,1 | 17,4 | 4,5 | 110 |
7 | 1,4 | 2,3 | 0,9 | 1,0 | 0,9 | 2,4 | 1,0 | 0,0 | 1,3 | 7,4 | 1,9 | 1,1 | 0,7 | 1,1 | 1,3 | 1,2 | 2,5 | 1,2 | 3,8 | 13,8 | 0,7 | 2,8 | 8,4 | 0,8 |
8 | 2,8 | 2,1 | 0,0 | 0,6 | 1,6 | 2,8 | 3,1 | 6,6 | 1,9 | 8,5 | 1,8 | 12,9 | 39,0 | 2,2 | 0,2 | 3,0 | 2,8 | 0,4 | 0,2 | 129* | 0,7 | 0,2 | 8,4 | 0,0 |
9 | 0,5 | 1,3 | 1,7 | 0,4 | 5,9 | 1,0 | 2,2 | 0,2 | 0,7 | 0,4 | 0,6 | 0,2 | 0,4 | 0,8 | 0,6 | 0,5 | 0,3 | 0,3 | 0,3 | 1,4 | 0,6 | 0,0 | 0,1 | 0,0 |
10 | 0,6 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,8 | 1,4 | 0,6 | 169 | 0,5 | 0,4 | 1,3 | 0,0 | 1,1 | 3,0 | 0,8 | 0,6 | 1,9 | 0,6 | 0,5 | 0,4 | 64,7 | 1,8 | 0,4 | 71,9 |
11 | 1,5 | 1,3 | 0,6 | 1,0 | 1,0 | 0,9 | 1,1 | 0,3 | 1,0 | 1,2 | 3,4 | 24,0 | 1,2 | 1,7 | 2,2 | 1,5 | 2,6 | 0,9 | 0,4 | 38,9 | 2,0 | 6,7 | 18,0 | 5,7 |
12 | 4,3 | 1,7 | 0,8 | 0,4 | 0,6 | 0,6 | 0,4 | 0,0 | 1,5 | 1,9 | 3,6 | 1,3 | 4,0 | 1,1 | 5,2 | 1,9 | 3,3 | 1,7 | 0,8 | 29,0 | 0,9 | 31,2 | 16,8 | 19.1 |
13 | 4,1 | 1,0 | 2,0 | 1,7 | 0,5 | 1,3 | 1,5 | 1,5 | 0,9 | 0,5 | 2,8 | 3,9 | 5,7 | 0,6 | 1,8 | 2,1 | 3,4 | 11,2 | 25,3 | 25,1 | 10,1 | 106* | 628* | 72,3 |
14 | 1,1 | 0,3 | 0,1 | 0,3 | 0,4 | 0,0 | 0,1 | 0,0 | 0,2 | 0,2 | 0,4 | 2,6 | 1,9 | 0,1 | 0,3 | 0,6 | 0,3 | 0,0 | 0,0 | 0,7 | 0,0 | 0,1 | 12,2 | 0,5 |
15 | 3,6 | 2,2 | 0,3 | 0,4 | 1,6 | 1,4 | 1,3 | 6,2 | 1,3 | 1,8 | 4,0 | 7,9 | 2,6 | 2,0 | 2,0 | 2,7 | 2,3 | 0,7 | 2,5 | 16,0 | 0,8 | 0,2 | 2,4 | 27,1 |
16 | 0,8 | 0,7 | 0,3 | 0,4 | 0,4 | 0,6 | 0,6 | 0,6 | 1,8 | 0,8 | 0,9 | 0,8 | 0,8 | 1,2 | 2,9 | 1,1 | 0,8 | 0,2 | 0,5 | 15,5 | 0,0 | 0,6 | 0,4 | 0,6 |
17 | 2,3 | 1,2 | 0,2 | 0,5 | 1,3 | 2,0 | 0,9 | 0,1 | 0,8 | 0,9 | 3,3 | 1,9 | 0,8 | 3,8 | 2,7 | 1,6 | 2,0 | 0,3 | 0,4 | 47,4 | 0,0 | 0,8 | 0,2 | 25,0 |
18 | 1,9 | 1,8 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 1,5 | 0,2 | 1,2 | 1,1 | 1,0 | 3,0 | 84,0 | 0,7 | 3,4 | 1,8 | 1,5 | 3,9 | 0,8 | 0,4 | 5,3 | 1,3 | 40* | 0,1 | 4535* |
19 | 0,8 | 0,4 | 0,3 | 0,3 | 0,3 | 0,7 | 0,6 | 0,6 | 0,7 | 0,5 | 1,2 | 10,0 | 1,1 | 4,2 | 3,2 | 0,7 | 1,2 | 0,9 | 2,8 | 1598* | 0,4 | 7,9 | 1172* | 633* |
20 | 2,0 | 2,8 | 0,6 | 0,3 | 0,9 | 0,6 | 0,8 | 0,0 | 1,0 | 1,0 | 3,4 | 1,9 | 1,0 | 0,6 | 1,3 | 2,6 | 1,6 | 0,5 | 0,4 | 3,4 | 0,5 | 0,1 | 0,0 | 3,1 |
21 | 0,5 | 1,2 | 0,7 | 0,5 | 0,7 | 1,5 | 1,0 | 0,4 | 0,8 | 0,7 | 1,9 | 1,3 | 0,9 | 2,1 | 1,9 | 1,6 | 1,5 | 0,5 | 0,8 | 17,9 | 0,1 | 0,1 | 21,1 | 8,0 |
22 | 0,8 | 0,8 | 0,7 | 0,3 | 0,1 | 1,0 | 0,6 | 0,0 | 1,2 | 2,4 | 4,3 | 4,2 | 1,9 | 2,8 | 2,2 | 1,1 | 2,3 | 1,2 | 2,1 | 7,8 | 0,7 | 0,3 | 0,1 | 225 |
23 | 0,5 | 1,3 | 1,7 | 0,4 | 5,9 | 1,0 | 2,2 | 0,2 | 0,7 | 0,4 | 0,6 | 0,2 | 0,4 | 0,6 | 0,6 | 0,5 | 0,3 | 0,3 | 0,3 | 1,4 | 0,6 | 0,0 | 0,1 | 0,0 |
24 | 1,2 | 1,1 | 0,4 | 0,7 | 0,3 | 0,3 | 0,3 | 1,1 | 1,1 | 0,8 | 1,4 | 0,3 | 0,9 | 1,7 | 1,2 | 1,5 | 1,1 | 0,4 | 0,6 | 0,0 | 23,3 | 12,1 | 29,8 | 9,2 |
25 | 2,6 | 1,1 | 0,5 | 0,6 | 1,3 | 0,5 | 0,5 | 21,9 | 1,2 | 1,7 | 1,6 | 1,7 | 1,1 | 0,8 | 1,7 | 1,1 | 1,4 | 0,9 | 0,7 | 1,9 | 1,0 | 0,0 | 1,4 | 1,4 |
26 | 1,0 | 0,7 | 0,5 | 1,5 | 0,2 | 0,7 | 0,4 | 0,0 | 1,7 | 1,0 | 1,3 | 1,2 | 4,7 | 0,4 | 0,7 | 0,9 | 0,8 | 1,4 | 2,3 | 51,5 | 0,8 | 34,4 | 11,0 | 0,6 |
27 | 1,0 | 0,7 | 0,1 | 1,0 | 0,0 | 0,4 | 0,2 | 27,9 | 2,5 | 2,3 | 3,8 | 0,7 | 7,6 | 1,4 | 3,4 | 1,5 | 2,3 | 1,5 | 11,6 | 730* | 0,5 | 135* | 212* | 65,1 |
B. Average T/B fold change in mRNA gene expression of genes upregulated and downregulated in 27 cystectomy patients | ||||||||||||||||||||||||
Number of patients | 17 | 17 | 4 | 3 | 7 | 11 | 8 | 13 | 13 | 11 | 20 | 19 | 14 | 16 | 19 | 19 | 20 | 8 | 8 | 22 | 8 | 13 | 15 | 19 |
Average up-regulation | 2,47 | 1,67 | 1,70 | 1,50 | 3,34 | 1,99 | 1,72 | 37,63 | 1,57 | 4,08 | 2,56 | 20,69 | 5,44 | 2,60 | 2,65 | 1,69 | 2,91 | 3,32 | 6,69 | 129,69 | 13,30 | 67,51 | 143,45 | 382,79 |
st.dev | 1,2 | 0,6 | 0,2 | 0,2 | 2,4 | 0,8 | 0,7 | 61,5 | 0,6 | 3,4 | 1,0 | 37,2 | 9,9 | 1,9 | 1,8 | 0,6 | 2,2 | 3,7 | 8,2 | 361,9 | 22,1 | 129,9 | 328,1 | 1036,3 |
Number of patients | 7 | 8 | 23 | 21 | 19 | 13 | 17 | 14 | 12 | 13 | 7 | 8 | 12 | 10 | 8 | 7 | 7 | 19 | 19 | 5 | 17 | 14 | 12 | 8 |
Average up-regulation | 0,64 | 0,60 | 0,41 | 0,39 | 0,50 | 0,53 | 0,49 | 0,13 | 0,65 | 0,54 | 0,69 | 0,48 | 0,69 | 0,60 | 0,58 | 0,64 | 0,63 | 0,48 | 0,42 | 0,33 | 0,44 | 0,21 | 0,19 | 0,33 |
st.dev | 0,2 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,1 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,3 |
B2. Average T/B fold change in mRNA gene expression of genes upregulated and downregulated in 27 cystectomy patients. Patient samples identified as outliers by SPSS for respective gene assys have been excluded from the analysis (*) | ||||||||||||||||||||||||
Number of patients | 17 | 17 | 4 | 3 | 7 | 11 | 8 | 13 | 13 | 11 | 20 | 19 | 14 | 16 | 19 | 19 | 20 | 8 | 8 | 22 | 8 | 13 | 15 | 19 |
Average up-regulation | 2,47 | 1,67 | 1,70 | 1,50 | 3,34 | 1,99 | 1,72 | 37,63 | 1,57 | 4,08 | 2,56 | 20,69 | 5,44 | 2,60 | 2,65 | 1,69 | 2,91 | 3,32 | 6,69 | 129,69 | 13,30 | 67,51 | 143,45 | 382,79 |
st.dev | 1,2 | 0,6 | 0,2 | 0,2 | 2,4 | 0,8 | 0,7 | 61,5 | 0,6 | 3,4 | 1,0 | 37,2 | 9,9 | 1,9 | 1,8 | 0,6 | 2,2 | 3,7 | 8,2 | 361,9 | 22,1 | 129,9 | 328,1 | 1036,3 |
Number of patients | 7 | 8 | 23 | 21 | 19 | 13 | 17 | 14 | 12 | 13 | 7 | 8 | 12 | 10 | 8 | 7 | 7 | 19 | 19 | 5 | 17 | 14 | 12 | 8 |
Average up-regulation | 0,64 | 0,60 | 0,41 | 0,39 | 0,50 | 0,53 | 0,49 | 0,13 | 0,65 | 0,54 | 0,69 | 0,48 | 0,69 | 0,60 | 0,58 | 0,64 | 0,63 | 0,48 | 0,42 | 0,33 | 0,44 | 0,21 | 0,19 | 0,33 |
st.dev | 0,2 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,2 | 0,1 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,3 | 0,3 | 0,2 | 0,2 | 0,3 |
C. Average T/B fold change in mRNA gene expression in aneuploid and diploid patient tumour samples | ||||||||||||||||||||||||
Aneuploid (19 patients) | ||||||||||||||||||||||||
Average | 1,9 | 1,3 | 0,6 | 0,6 | 1,2 | 1,2 | 0,8 | 12,3 | 1,2 | 2,1 | 2,2 | 13,7 | 2,0 | 2,1 | 2,4 | 1,4 | 2,3 | 1,3 | 2,9 | 137 | 5,7 | 43 | 111 | 325 |
st.dev | 1,4 | 0,8 | 0,5 | 0,4 | 1,7 | 0,9 | 0,5 | 38,6 | 0,7 | 2,8 | 1,3 | 34,1 | 1,9 | 2,0 | 1,9 | 0,6 | 2,1 | 2,5 | 6,0 | 390 | 15,3 | 112 | 126 | 1032 |
Diploid (8 patients) | ||||||||||||||||||||||||
Average | 1,6 | 1,3 | 0,6 | 0,6 | 1,4 | 1,2 | 1,2 | 32,1 | 1,0 | 1,9 | 1,7 | 17,0 | 6,0 | 1,1 | 1,2 | 1,3 | 2,3 | 1,3 | 0,9 | 31,1 | 0,9 | 7,9 | 5,4 | 137 |
st.dev | 1,0 | 0,4 | 0,6 | 0,5 | 1,9 | 0,9 | 1,0 | 60,8 | 0,5 | 2,8 | 1,0 | 29,9 | 13,4 | 0,6 | 0,9 | 0,8 | 2,4 | 2,2 | 1,2 | 44,0 | 0,6 | 12,3 | 5,6 | 339 |
Gene expression correlation plots
mRNA gene expressions in tumour/neighbouring mucosa from cystectomies compared with normal bladder mucosa
Differences in mRNA gene expression levels in tumour versus benign neighbouring mucosa from cystectomies
Statistical correlations
Genes encoding |
p-value | Correlation coefficient, C | |
---|---|---|---|
Stimulatory | |||
BMAL1
|
- CLOCK
| 0.004 | 0.539 |
- CSNK1A1
| 0.003 | 0.544 | |
- CSNK1E
| 0.002 | 0.566 | |
CLOCK
|
- PER3
| 0.001 | 0.593 |
- CRY1
| 0.005 | 0.522 | |
- CRY2
| 0.014 | 0.467 | |
- CSNK1A1
| 0.029 | 0.421 | |
- CSNK1E
| 0.013 | 0.471 | |
Inhibitory | |||
PER1
|
- CRY2
| 0.007 | 0.509 |
- CSNK1A1L
| 0.049 | −0.382 | |
PER2
|
- CSNK1A1
| 0.001 | 0.620 |
- CSNK1E
| 0.009 | 0.495 | |
PER3
|
- CRY1
| 0.012 | 0.475 |
- CRY2
| 0.000 | 0.687 | |
CRY1
|
- CRY2
| 0.000 | 0.643 |
- CSNK1E
| 0.014 | 0.469 | |
Casein kinases | |||
CSNK1A1
|
- CSNK1E
| 0.000 | 0.900 |
Genes encoding |
p-value | Correlation coeff, C | Genes encoding |
p-value | Correlation coeff, C | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|
TP53
|
- PTEN
| 0.042 | 0.395 |
HRAS
|
- NRAS
| 0.011 | 0.479 |
- HRAS
| 0.005 | 0.522 |
- UPAR
| 0.026 | 0.428 | ||
- KRAS
| 0.000 | 0.654 |
- PAI-1
| 0.017 | 0.455 | ||
- NRAS
| 0.000 | 0.660 |
- KRT7
| 0.004 | 0.536 | ||
- UPAR
| 0.000 | 0.627 |
- KRT5
| 0.002 | 0.569 | ||
- PAI-1
| 0.011 | 0.482 |
- KRT14
| 0.000 | 0.637 | ||
- KRT7
| 0.017 | 0.455 |
KRAS
|
- NRAS
| 0.000 | 0.701 | |
- KRT14
| 0.011 | 0.485 |
NRAS
|
- UPAR
| 0.000 | 0.627 | |
- KRT7
| 0.041 | 0.396 | |||||
- KRT5
| 0.001 | 0.605 | |||||
- KRT14
| 0.002 | 0.561 | |||||
P16
|
- KRAS
| 0.024 | 0.432 |
PAI-1
|
- KRT7
| 0.035 | 0.407 |
- NRAS
| 0.001 | 0.603 |
- KRT5
| 0.006 | 0.518 | ||
- KRT14
| 0.028 | 0.424 |
- KRT14
| 0.011 | 0.479 | ||
PTEN
|
- KRAS
| 0.022 | 0.438 |
UPAR
|
- PAI-1
| 0.000 | 0.781 |
- NRAS
| 0.047 | 0.386 |
- KRT7
| 0.005 | 0.525 | ||
- UPAR
| 0.008 | 0.503 |
- KRT5
| 0.001 | 0.599 | ||
- PAI-1
| 0.027 | 0.425 |
- KRT14
| 0.006 | 0.519 | ||
- KRT7
| 0.002 | 0.570 | |||||
- KRT5
| 0.025 | 0.430 | |||||
- KRT10
| 0.006 | 0.511 | |||||
EGFR
|
- HRAS
| 0.005 | 0.526 |
KRT7
|
- KRT5
| 0.017 | 0.456 |
- NRAS
| 0.013 | 0.471 |
- KRT10
| 0.017 | 0.457 | ||
- KRT14
| 0.006 | 0.511 |
KRT5
|
- KRT10
| 0.002 | 0.562 | |
- KRT14
| 0.002 | 0.576 |
Genes encoding |
p-value | Correlation coeff, C | Genes encoding |
p-value | Correlation coeff, C | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|
BMAL
|
- TP53
| 0.031 | 0.415 |
CSNK1A1
|
-TP53
| 0.005 | 0.527 |
- P16
| 0.001 | 0.601 |
- PTEN
| 0.001 | 0.582 | ||
- PTEN
| 0.029 | 0.419 |
- KRAS
| 0.004 | 0.536 | ||
- KRAS
| 0.000 | 0.670 |
- NRAS
| 0.000 | 0.635 | ||
- NRAS
| 0.000 | 0.694 |
-UPAR
| 0.001 | 0.611 | ||
- PAI-1
| 0.003 | 0.546 | |||||
CLOCK
|
- KRAS
| 0.000 | 0.634 |
- KRT7
| 0.007 | 0.504 | |
- NRAS
| 0.005 | 0.525 |
- KRT5
| 0.005 | 0.521 | ||
PER1
|
- UPAR
| 0.031 | 0.416 |
CRY-1
|
- P16
| 0.040 | 0.397 |
- PAI-1
| 0.047 | 0.386 |
- EGFR
| 0.035 | 0.407 | ||
- NRAS
| 0.001 | 0.584 | |||||
PER2
|
- PTEN
| 0.017 | 0.455 |
CSNK1E
|
- TP53
| 0.008 | 0.499 |
- PAI-1
| 0.011 | 0.480 |
- P16
| 0.013 | 0.471 | ||
- KRT7
| 0.011 | 0.480 |
- PTEN
| 0.021 | 0.442 | ||
- KRT5
| 0.044 | 0.390 |
- KRAS
| 0.008 | 0.497 | ||
- KRT10
| 0.034 | 0.409 |
- NRAS
| 0.000 | 0.659 | ||
-UPAR
| 0.010 | 0.487 | |||||
- PAI-1
| 0.033 | 0.412 | |||||
- KRT7
| 0.033 | 0.412 | |||||
PER3
|
- KRT5
| 0.019 | 0.448 | ||||
- KRT14
| 0.045 | 0.389 |
Hierarchical cluster analysis
Correlations between gene expressions and DNA ploidy
WHO grade | Diploid | Aneuploid | Dipl S-phase, mean | Aneup S-phase, mean | Survival |
---|---|---|---|---|---|
Low | 7 | 3 | 10.7 | 16.0 | 8 |
High | 1 | 16 | 25.93 | 19.55 | 8 |