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Erschienen in:

05.09.2018 | Original Article

Genomic and biological characterization of a new member of the genus Phikmvvirus infecting phytopathogenic Ralstonia bacteria

verfasst von: André da Silva Xavier, Fernanda Pereira da Silva, Pedro Marcus Pereira Vidigal, Thamylles Thuany Mayrink Lima, Flavia Oliveira de Souza, Poliane Alfenas-Zerbini

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 12/2018

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Abstract

Bacterial wilt caused by Ralstonia spp., soil-borne Gram-negative bacteria, is considered one of the most important plant diseases in tropical and subtropical regions of the world. A large number of bacteriophages capable of lysing or physiologically reprogramming cells of Ralstonia spp. have been reported in Asia. Despite the potential use of these organisms in the management of bacterial wilt, information on viruses that infect Ralstonia spp. is nonexistent in the Americas. We isolated a virus that infects Ralstonia spp. from a soil sample in the state of Minas Gerais, Brazil. Microscopy and genomic and phylogenetic analysis allowed us to classify the virus as a member of the family Podoviridae, genus Phikmvvirus. In spite of its relationship to Ralstonia virus RSB3, an Asian isolate, genomic and biological characteristics showed that the virus isolated in Brazil, tentatively named “Ralstonia virus phiAP1” (phiAP1), belongs to a new species. phiAP1 has EPS depolymerase activity and contains two putative virion-associated peptidoglycan hydrolases (VAPGHs), which reveals a robust mechanism of pathogenesis. Furthermore, phiAP1 specifically infects Ralstonia solanacearum, R. pseudosolanacearum and R. syzygii, causing cell lysis, but it was not able to infect thirteen other bacteria that were tested. Together, these characteristics highlight the biotechnological potential of this virus for the management of bacterial wilt.
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Literatur
7.
Zurück zum Zitat Álvarez B, Biosca EG, López MM (2010) On the life of Ralstonia solanacearum, a destructive bacterial plant pathogen. Technol Educ Top Appl Microbiol Microb Biotechnol 1:267–279 Álvarez B, Biosca EG, López MM (2010) On the life of Ralstonia solanacearum, a destructive bacterial plant pathogen. Technol Educ Top Appl Microbiol Microb Biotechnol 1:267–279
10.
Zurück zum Zitat Safni I, Cleenwerck I, De Vos P et al (2014) Polyphasic taxonomic revision of the Ralstonia solanacearum species complex: proposal to emend the descriptions of Ralstonia solanacearum and Ralstonia syzygii and reclassify current R. syzygii strains as Ralstonia syzygii. Int J Syst Evol Microbiol 64:3087–3103. https://doi.org/10.1099/ijs.0.066712-0 CrossRefPubMed Safni I, Cleenwerck I, De Vos P et al (2014) Polyphasic taxonomic revision of the Ralstonia solanacearum species complex: proposal to emend the descriptions of Ralstonia solanacearum and Ralstonia syzygii and reclassify current R. syzygii strains as Ralstonia syzygii. Int J Syst Evol Microbiol 64:3087–3103. https://​doi.​org/​10.​1099/​ijs.​0.​066712-0 CrossRefPubMed
11.
Zurück zum Zitat Hayward AC (1991) Biology and edidemiology of bacterial wilt caused by Pseudomonas solanacearum. Annu Rev Phytopathol 29:65–87CrossRefPubMed Hayward AC (1991) Biology and edidemiology of bacterial wilt caused by Pseudomonas solanacearum. Annu Rev Phytopathol 29:65–87CrossRefPubMed
13.
Zurück zum Zitat Allen C, Prior P, Hayward A (2005) Bacterial wilt disease and the Ralstonia solanacearum species complex. APS Press, Saint Paul, USA Allen C, Prior P, Hayward A (2005) Bacterial wilt disease and the Ralstonia solanacearum species complex. APS Press, Saint Paul, USA
14.
Zurück zum Zitat Wang JF, Lin CH (2005) Colonization capacity of Ralstonia solanacearum tomato strains differing in aggressiveness on tomatoes and weeds. In: Bacterial wilt disease and the Ralstonia solanacearum species complex. APS Press, Saint Paul, USA, pp 73–79 Wang JF, Lin CH (2005) Colonization capacity of Ralstonia solanacearum tomato strains differing in aggressiveness on tomatoes and weeds. In: Bacterial wilt disease and the Ralstonia solanacearum species complex. APS Press, Saint Paul, USA, pp 73–79
22.
Zurück zum Zitat Adams MH (1959) Bacteriophages. Interscience Publishers, New York Adams MH (1959) Bacteriophages. Interscience Publishers, New York
24.
Zurück zum Zitat Sambrook J, Russel D (2001) Molecular cloning—a laboratory manual, 3rd edn. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor Sambrook J, Russel D (2001) Molecular cloning—a laboratory manual, 3rd edn. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor
36.
Zurück zum Zitat Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res 22:4673–4680CrossRefPubMedPubMedCentral Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res 22:4673–4680CrossRefPubMedPubMedCentral
39.
Zurück zum Zitat Mahadevan P, Seto D (2009) Data mining pathogen genomes using GeneOrder and CoreGenes: gene order, synteny, and proteomes. Int J Comput Biol Drug Des 2:100–114CrossRefPubMed Mahadevan P, Seto D (2009) Data mining pathogen genomes using GeneOrder and CoreGenes: gene order, synteny, and proteomes. Int J Comput Biol Drug Des 2:100–114CrossRefPubMed
44.
Zurück zum Zitat Nylander JAA, Ronquist F, Huelsenbeck JP, Nieves-Aldrey JL (2004) Bayesian phylogenetic analysis of combined data. Syst Biol 53:47–67CrossRefPubMed Nylander JAA, Ronquist F, Huelsenbeck JP, Nieves-Aldrey JL (2004) Bayesian phylogenetic analysis of combined data. Syst Biol 53:47–67CrossRefPubMed
67.
Zurück zum Zitat Genin S, Boucher CA (2002) Ralstonia solanacearum: secretes of a major pathogen unveiled by analysis of its genome. Mol Plant Pathol 3:111–118CrossRefPubMed Genin S, Boucher CA (2002) Ralstonia solanacearum: secretes of a major pathogen unveiled by analysis of its genome. Mol Plant Pathol 3:111–118CrossRefPubMed
Metadaten
Titel
Genomic and biological characterization of a new member of the genus Phikmvvirus infecting phytopathogenic Ralstonia bacteria
verfasst von
André da Silva Xavier
Fernanda Pereira da Silva
Pedro Marcus Pereira Vidigal
Thamylles Thuany Mayrink Lima
Flavia Oliveira de Souza
Poliane Alfenas-Zerbini
Publikationsdatum
05.09.2018
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 12/2018
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-018-4006-4

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