Nichtneoplastische Nierenerkrankungen bilden ein breites Spektrum von Entitäten, die trotz unterschiedlicher Pathogenese oft konventionell-morphologisch ähnliche Erscheinungsbilder aufweisen. Für die Therapie und Prognose ist die genaue diagnostische Einordnung dieser Veränderungen von entscheidender Bedeutung. Hierbei spielt die nur elektronenmikroskopisch erreichbare Vergrößerung eine zentrale Rolle und kann durch keine andere Methode ersetzt werden. Zu den wichtigsten Fragestellungen bei der ultrastrukturellen Begutachtung des Nierenparenchyms gehören: (1) Veränderung des Podozyten (z. B. Minimal-Change-Glomerulonephritis), (2) Störung der Struktur und Breite der glomerulären Basalmembran (z. B. diabetische Glomerulosklerose oder Morbus Alport), (3) Vorhandensein, Beschaffenheit und genaue Lokalisation von Immundepots (z. B. membranöse Glomerulonephritis oder Lupus-Nephritis) sowie von Fibrillen (z. B. Amyloidose oder fibrilläre Glomerulopathie), (4) Veränderung des Endothels und der Kapillaren (z. B. thrombotische Mikroangiopathie) und (5) Erkrankungen der Tubuluszellen (z. B. Leichtkettennephropathie oder toxische Effekte). In der Nephropathologie ist die ultrastrukturelle Untersuchung daher zusammen mit der Lichtmikroskopie und Immunhistochemie ein integraler Bestandteil der sog. Triple-Diagnostik.
