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08.04.2019 | Methods Paper

In vivo localization of cortical areas using a 3D computerized atlas of the marmoset brain

Zeitschrift:
Brain Structure and Function
Autoren:
Laurent Risser, Amirouche Sadoun, Muriel Mescam, Kuzma Strelnikov, Sandra Lebreton, Samuel Boucher, Pascal Girard, Nathalie Vayssière, Marcello G. P. Rosa, Caroline Fonta
Wichtige Hinweise

Electronic supplementary material

The online version of this article (https://​doi.​org/​10.​1007/​s00429-019-01869-x) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Laurent Risser, Amirouche Sadoun and Muriel Mescam have equal contribution.

Publisher's Note

Springer Nature remains neutral with regard to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.

Abstract

We created a volumetric template of the marmoset (Callithrix jacchus) brain, which enables localization of the cortical areas defined in the Paxinos et al. (The marmoset brain in stereotaxic coordinates. Elsevier Academic Press, Cambridge, 2012) marmoset brain atlas, as well as seven broader cortical regions (occipital, temporal, parietal, prefrontal, motor, limbic, insular), different brain compartments (white matter, gray matter, cerebro-spinal fluid including ventricular spaces), and various other structures (brain stem, cerebellum, olfactory bulb, hippocampus). The template was designed from T1-weighted MR images acquired using a 3 T MRI scanner. It was based on a single fully segmented marmoset brain image, which was transported onto the mean of 13 adult marmoset brain images using a diffeomorphic strategy that fully preserves the brain topology. In addition, we offer an automatic segmentation pipeline which fully exploits the proposed template. The segmentation pipeline was quantitatively assessed by comparing the results of manual and automated segmentations. An associated program, written in Python, can be used from a command-line interface, or used interactively as a module of the 3DSlicer software. This program can be applied to the analysis of multimodal images, to map specific cortical areas in lesions or to define the seeds for further tractography analyses.

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