Bei den sekundären Kopfschmerzen sind die Kopfschmerzen Symptom einer durch klinische Untersuchungen fassbaren Erkrankung. Die internationale Kopfschmerzklassifikation umfasst zahlreiche verschiedene Hauptdiagnosen von sekundären Kopfschmerzen. Im Hinblick auf die möglichen Ursachen dieser Kopfschmerzen kann jedoch noch eine erheblich größere Vielfalt von spezifischen Erkrankungen unterschieden werden. Beispielsweise kann eine Vielzahl von Infektionskrankheiten mit den unterschiedlichsten Erregern zu Kopfschmerzen führen. Auch können die verschiedenartigsten Substanzen Kopfschmerzen erzeugen.