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Archives of Virology
Erschienen in:

27.01.2022 | Brief Report

Limited spread of a rare spike E484K-harboring SARS-CoV-2 in Marseille, France

verfasst von: Philippe Colson, Jacques Fantini, Nouara Yahi, Jeremy Delerce, Anthony Levasseur, Pierre-Edouard Fournier, Jean-Christophe Lagier, Didier Raoult, Bernard La Scola

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 2/2022

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Abstract

We detected SARS-CoV-2 of PANGO lineage R.1 with the spike substitution E484K in three patients. Eleven other sequences in France and 8,831 worldwide were available from GISAID, 92% originating from Japan. The three genome sequences from our institute were phylogenetically closest to another from Guinea-Conakry, where one of the patients had travelled. These viruses did not exhibit any unusual features in cell culture. Spike structural predictions indicated a 1.3-time higher transmissibility index than for the globally spread B.1.1.7 variant but also an affinity loss for gangliosides that might have slowed dissemination. The spread of new SARS-CoV-2 mutants/variants is still not well understood and therefore difficult to predict, and this hinders implementation of effective preventive measures, including adapted vaccines.
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Metadaten
Titel
Limited spread of a rare spike E484K-harboring SARS-CoV-2 in Marseille, France
verfasst von
Philippe Colson
Jacques Fantini
Nouara Yahi
Jeremy Delerce
Anthony Levasseur
Pierre-Edouard Fournier
Jean-Christophe Lagier
Didier Raoult
Bernard La Scola
Publikationsdatum
27.01.2022
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 2/2022
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-021-05331-4

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