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28.07.2020 | Makuladegeneration | Originalien

Merkmalsextraktion aus klinischen Routinedaten mittels Text-Mining

Zeitschrift:
Der Ophthalmologe
Autoren:
Bastian Grundel, Marc-Antoine Bernardeau, Holger Langner, Christoph Schmidt, Daniel Böhringer, Marc Ritter, Paul Rosenthal, Andrea Grandjean, Stefan Schulz, Philipp Daumke, Andreas Stahl
Wichtige Hinweise
Die Autoren Philipp Daumke und Andreas Stahl haben zu gleichen Teilen zum Manuskript beigetragen.

Zusammenfassung

Hintergrund

Anti-VEGF-Medikamente prägen heute die Therapie von Makulaerkrankungen. In diesem Zusammenhang wird eine Fülle zusätzlicher Daten erhoben. Damit ließen sich Behandlungsverläufe besser verstehen und vorhersagen. Allerdings sind diese Informationen meist nur in freitextlicher Form verfügbar.

Ziel der Arbeit

Wie weit auswertbare Information aus Kliniktexten automatisch gewonnen werden kann, sollte in einer retrospektiven Studie analysiert werden. Ziel war die Einschätzung der Eignung eines zu diesem Zweck parametrierten Text-Mining-Verfahrens.

Material und Methoden

Es standen Daten zu 3683 Patienten zur Verfügung, davon 40.485 Arztbriefe. Für einen Teil waren die interessierenden Daten (Visus, Tensio und Begleitdiagnosen) auch strukturiert erfasst worden und konnten so als Goldstandard für die Textanalyse dienen. Diese wurde mit dem System Averbis Health Discovery durchgeführt. Zur Optimierung auf die Extraktionsaufgabe wurde dieses mit Regelwissen sowie mit einem deutschsprachigen Fachvokabular für die internationale Medizinterminologie SNOMED CT angereichert.

Ergebnisse

Die Übereinstimmung der Datenextrakte mit den strukturierten Datenbankeinträgen wird durch den F1-Wert beschrieben. Hierbei ergab sich eine Übereinstimmung von 94,7 % für den Visus, 98,3 % für die Tensio und 94,7 % für begleitende Diagnosen. Die manuelle Analyse nicht übereinstimmender Fälle zeigte zur Hälfte, dass Textinhalte aus verschiedenen Gründen von Datenbankinhalten abwichen. Nach einer daraus berechneten Adjustierung lagen die F1-Werte noch 1–3 % über den zuvor ermittelten Werten.

Diskussion

Für den betrachteten Arztbriefkorpus und die beschriebene Fragestellung sind Text-Mining-Verfahren sehr gut geeignet, um Inhalte zur weiteren Auswertung strukturiert aus Kliniktexten zu extrahieren.

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