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25.07.2019 | Annotated Sequence Record | Ausgabe 10/2019

Archives of Virology 10/2019

Molecular characterization of a new trichovirus from peach in Mexico

Zeitschrift:
Archives of Virology > Ausgabe 10/2019
Autoren:
Rodolfo De La Torre-Almaráz, Vicente Pallás, Jesús A. Sánchez-Navarro
Wichtige Hinweise
Handling Editor: Stephen John Wylie.

Electronic supplementary material

The online version of this article (https://​doi.​org/​10.​1007/​s00705-019-04358-y) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Publisher's Note

Springer Nature remains neutral with regard to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.

Abstract

The complete genome sequence of a trichovirus was obtained from peach samples collected from Mexico and found to be 7985 nucleotides long, excluding the poly(A) tail. Phylogenetic analysis using the complete nucleotide sequence revealed that the virus is a member of the genus Trichovirus and is closely related to peach mosaic virus (PcMV) and cherry mottle leaf virus (CMLV). The highest nucleotide sequence identity was 70% to both PcMV and CMLV, indicating that this virus, which we have tentatively named “peach virus M” (PeVM) should be considered a member of a new trichovirus species. We determined, for the first time, the initiation sites of the subgenomic RNAs (sgRNA) of a trichovirus. The sgRNAs for the movement and coat proteins started with the sequence ‘GAA’, while the smallest one, coding for the nucleotide-binding protein, started with the nucleotides ‘GU’. In all cases, the sgRNAs leader ranged between 113 and 121 nt in length.

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