Morbus Crohn und Colitis ulcerosa sind die beiden häufigsten chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (CED) im Kindesalter. Sie sind durch eine multifaktoriell ausgelöste, chronische Inflammation des Gastrointestinaltrakts (GIT) charakterisiert. Ursächlich ist ein aus dem Takt geratenes Zusammenspiel von Immunregulation, Ernährung, Lebensstil, Darmflora und gestörter epithelialer Barriere bei entsprechender (poly-)genetischer Prädisposition. Bei einem kleinen Teil der CED-PatientInnen besteht jedoch eine monogenetische Ursache für die Beschwerden; hierzu zählen auch primäre Immundefekte (PID). Da die CED-Symptomatik die erste oder einzige Manifestation einer übergeordneten monogenetischen Erkrankung sein kann, ist die richtige Diagnosestellung anspruchsvoll, aber entscheidend für die weitere Diagnostik, Therapie und Prognose der PatientInnen. Die gastrointestinale Symptomatik sowie der makroskopische und mikroskopische Endoskopiebefund ermöglichen häufig keine klinische Abgrenzung zwischen polygenetischer CED und monogenetischen Erkrankungen. Daher ist eine Sensibilisierung für seltene, monogenetische Ursachen die Voraussetzung für eine Risikoabschätzung und Einleitung von zielgerichteten diagnostischen Schritten. Der vorliegende Beitrag bietet hierfür eine Hilfestellung und stützt sich auf ein aktuelles Positionspapier der europäischen Fachgesellschaft für pädiatrische Gastroenterologie (ESPGHAN).