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Erschienen in:

19.09.2020 | Short Communication

Quantitative evaluation of MSI testing using NGS detects the imperceptible microsatellite changed caused by MSH6 deficiency

verfasst von: Gou Yamamoto, Takashi Takenoya, Akemi Takahashi, Yukiko Osanai, Miho Kakuta, Tetsuhiko Tachikawa, Takanori Washio, Masato Kamiyama, Michio Shiibashi, Shigeki Yamaguchi, Kiwamu Akagi

Erschienen in: Familial Cancer | Ausgabe 2/2021

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Abstract

Microsatellite instability (MSI) is an effective biomarker for diagnosing Lynch syndrome (LS) and predicting the responsiveness of cancer therapy. MSI testing is conventionally performed by capillary electrophoresis, and MSI status is judged by visual assessment of allele size change. Here, we attempted to develop a quantitative evaluation model of MSI using next-generation sequencing (NGS). Microsatellite markers were analyzed in tumor and non-tumor tissues of colorectal cancer patients by NGS after a single multiplex polymerase chain reaction amplification. The read counts corresponding to microsatellite loci lengths were calculated independently of mapping against a reference genome, and their distribution was digitized by weighted mean. Weighted mean differences between tumor and non-tumor samples with different MSI status were assessed, and cut-off values for each marker in the discovery cohort were determined. Each microsatellite maker was defined as unstable if the weighted mean difference was greater than the cut-off value. In the discovery cohort, the evaluation model demonstrated sensitivity and specificity of 100% for all markers. In the validation cohort, MSI status determined by the new model was consistent with the outcome of the conventional method in 29/30 cases (97%). The single inconsistent case was classified as low-frequency MSI by the conventional method but considered MSI-high by NGS. Genetic testing for mismatch repair genes revealed a pathogenic variant in MSH6 in the discordant case. We successfully developed a quantitative evaluation method for determining MSI status using NGS. This is a robust and sensitive method and could improve LS diagnosis.
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Literatur
1.
Zurück zum Zitat Boland CR, Thibodeau SN, Hamilton SR et al (1998) A National Cancer Institute Workshop on Microsatellite Instability for cancer detection and familial predisposition: development of international criteria for the determination of microsatellite instability in colorectal cancer. Cancer Res 58:5248–5257PubMed Boland CR, Thibodeau SN, Hamilton SR et al (1998) A National Cancer Institute Workshop on Microsatellite Instability for cancer detection and familial predisposition: development of international criteria for the determination of microsatellite instability in colorectal cancer. Cancer Res 58:5248–5257PubMed
3.
Zurück zum Zitat Baudhuin LM, Burgart LJ, Leontovich O et al (2005) Use of microsatellite instability and immunohistochemistry testing for the identification of individuals at risk for Lynch syndrome. Fam Cancer 4:255–265CrossRefPubMed Baudhuin LM, Burgart LJ, Leontovich O et al (2005) Use of microsatellite instability and immunohistochemistry testing for the identification of individuals at risk for Lynch syndrome. Fam Cancer 4:255–265CrossRefPubMed
Metadaten
Titel
Quantitative evaluation of MSI testing using NGS detects the imperceptible microsatellite changed caused by MSH6 deficiency
verfasst von
Gou Yamamoto
Takashi Takenoya
Akemi Takahashi
Yukiko Osanai
Miho Kakuta
Tetsuhiko Tachikawa
Takanori Washio
Masato Kamiyama
Michio Shiibashi
Shigeki Yamaguchi
Kiwamu Akagi
Publikationsdatum
19.09.2020
Verlag
Springer Netherlands
Erschienen in
Familial Cancer / Ausgabe 2/2021
Print ISSN: 1389-9600
Elektronische ISSN: 1573-7292
DOI
https://doi.org/10.1007/s10689-020-00203-3

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