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27.11.2017 | Ausgabe 3/2018 Open Access

Journal of Digital Imaging 3/2018

SimpleITK Image-Analysis Notebooks: a Collaborative Environment for Education and Reproducible Research

Zeitschrift:
Journal of Digital Imaging > Ausgabe 3/2018
Autoren:
Ziv Yaniv, Bradley C. Lowekamp, Hans J. Johnson, Richard Beare
Wichtige Hinweise
The original version of this article was revised due to a retrospective Open Access order.
This work was supported by the Intramural Research Program of the U.S. National Institutes of Health, National Library of Medicine.
A correction to this article is available online at https://​doi.​org/​10.​1007/​s10278-018-0165-9.

Abstract

Modern scientific endeavors increasingly require team collaborations to construct and interpret complex computational workflows. This work describes an image-analysis environment that supports the use of computational tools that facilitate reproducible research and support scientists with varying levels of software development skills. The Jupyter notebook web application is the basis of an environment that enables flexible, well-documented, and reproducible workflows via literate programming. Image-analysis software development is made accessible to scientists with varying levels of programming experience via the use of the SimpleITK toolkit, a simplified interface to the Insight Segmentation and Registration Toolkit. Additional features of the development environment include user friendly data sharing using online data repositories and a testing framework that facilitates code maintenance. SimpleITK provides a large number of examples illustrating educational and research-oriented image analysis workflows for free download from GitHub under an Apache 2.0 license: github.​com/​InsightSoftwareC​onsortium/​SimpleITK-Notebooks.

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