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01.03.2012 | Original Communication | Ausgabe 3/2012 Open Access

Journal of Neurology 3/2012

SNP array-based whole genome homozygosity mapping as the first step to a molecular diagnosis in patients with Charcot-Marie-Tooth disease

Zeitschrift:
Journal of Neurology > Ausgabe 3/2012
Autoren:
Carina Fischer, Slave Trajanoski, Lea Papić, Christian Windpassinger, Günther Bernert, Michael Freilinger, Maria Schabhüttl, Mine Arslan-Kirchner, Poupak Javaher-Haghighi, Barbara Plecko, Jan Senderek, Christian Rauscher, Wolfgang N. Löscher, Thomas R. Pieber, Andreas R. Janecke, Michaela Auer-Grumbach
Wichtige Hinweise

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.​1007/​s00415-011-6213-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
C. Fischer and S. Trajanoski contributed equally to this work.

Abstract

Considerable non-allelic heterogeneity for autosomal recessively inherited Charcot-Marie-Tooth (ARCMT) disease has challenged molecular testing and often requires a large amount of work in terms of DNA sequencing and data interpretation or remains unpractical. This study tested the value of SNP array-based whole-genome homozygosity mapping as a first step in the molecular genetic diagnosis of sporadic or ARCMT in patients from inbred families or outbred populations with the ancestors originating from the same geographic area. Using 10 K 2.0 and 250 K Nsp Affymetrix SNP arrays, 15 (63%) of 24 CMT patients received an accurate genetic diagnosis. We used our Java-based script eHoPASA CMT—easy Homozygosity Profiling of SNP arrays for CMT patients to display the location of homozygous regions and their extent of marker count and base-pairs throughout the whole genome. CMT4C was the most common genetic subtype with mutations detected in SH3TC2, one (p.E632Kfs13X) appearing to be a novel founder mutation. A sporadic patient with severe CMT was homozygous for the c.250G > C (p.G84R) HSPB1 mutation which has previously been reported to cause autosomal dominant dHMN. Two distantly related CMT1 patients with early disease onset were found to carry a novel homozygous mutation in MFN2 (p.N131S). We conclude that SNP array-based homozygosity mapping is a fast, powerful, and economic tool to guide molecular genetic testing in ARCMT and in selected sporadic CMT patients.

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