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01.02.2013 | Annotated Sequence Record | Ausgabe 2/2013

Archives of Virology 2/2013

The complete genome sequence of a Brazilian isolate of yam mild mosaic virus

Zeitschrift:
Archives of Virology > Ausgabe 2/2013
Autoren:
Francisco de Assis Câmara Rabelo Filho, Cícero Nicolini, Renato de Oliveira Resende, Genira Pereira de Andrade, Gilvan Pio-Ribeiro, Tatsuya Nagata
Wichtige Hinweise

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.​1007/​s00705-012-1509-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Abstract

In this study, the complete genome of an isolate of yam mild mosaic virus (YMMV) from Brazil was sequenced, and the predicted amino acid sequence was analyzed. The YMMV RNA genome consists of 9538 nt without the poly(A) tail, encoding a putative typical potyvirus polyprotein of 3084 amino acids. Furthermore, the small overlapping ORF (PIPO) in the P3 gene was also deduced, and the cleavage sites of the polyprotein were predicted. Multiple alignment with other potyviruses showed a maximum nucleotide sequence identity of 64 % to wild tomato mosaic virus. A phylogenetic tree showed that YMMV clustered with Asian potyviruses that mainly infect solanaceous plants.

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Supplementary Figure 1. Distance plot along the entire genomes of YMMV and five related potyviruses, including chilli ringspot virus (ChiRSV), chilli veinal mottle virus (ChiVMV), pepper veinal mottle virus (PVMV), tobacco vein banding mosaic virus (TVBMV), and wild tomato mosaic virus (WTMV). The numbers above the genome indicate the nucleotide position of each cistron in the YMMV genome (PPT 141 kb)
705_2012_1509_MOESM1_ESM.ppt
Literatur
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