Auch lange nach der Anlage eines Stomas und trotz guter Pflege und Versorgung können Komplikationen auftreten. Diese lassen sich in funktionelle und strukturelle Komplikationen einteilen. Zu den ersteren gehören vor allem das High-Output-Stoma und Blutungen. Zu den strukturellen Komplikationen gehören insbesondere die Stomaeinziehung (Retraktion), die Stomaengstellung (Stenose), der Stomavorfall (Prolaps) und der Bauchdeckenbruch im Bereich des Stomas (parastomale Hernie). Bei den strukturellen Spätkomplikationen sind gerade beim Prolaps und bei der parastomalen Hernie erneute Operation oftmals nicht zu vermeiden.