Background
Methods
Tumor sample
Primary culture and cloning
Immunohistochemistry
DNA Extraction
Polymerase chain reaction (PCR)
Direct sequencing of PCR products
Chromosomal analysis
Fluorescence in-situ hybridization (FISH) analysis of human bacterial artificial chromosome (BAC) clones
Chromosomal location in human | Primer | ||||
---|---|---|---|---|---|
BAC clones | Accession number | Forward sequence | Reverse sequence | PCR-Product (bp) | |
1537E12 | 9p13.2 | AL161445 | TGCTTCTTGGAAATCAAGTCAAAGGGTTAT | CTGAATCTGGCACTTGGATTGTCTCCATTC | 150 |
1405F1 | 9p13.1 | AL138834 | TCAATGTCCCTTTGACCATTTCCAAATTCA | TTGAAGTCCACAGCTGCTGTGCCTCTGAAA | 202 |
1529G11 | 9p12 | AL161448 | CCCTAAGAGGACCTGCAATTCTTCCTTCAG | GTTTTGTGGACCTTGAAGTGCTATATGGAA | 190 |
1011G7 | 13q12.11 | AL161772 | ACTGGAGAGAATTTACTTTTACTTATGGTA | TTGAGACTCACAGCCTGAAGGGATAAACAC | 250 |
2037C1 | 13q12.12 | AL356287 | CATTTCTTTGCCCTATAGACCTGATTGAAA | CTGTGCTCCCTTCATATAGCTTGTCTTCCTA | 173 |
1325C2 | 13q12.2 | AL591024 | GCAAAATCCAGGGGTAGAGCTGAGTTGTGA | CTGAGATGGATTCTGTATTTGCCTATTTAC | 140 |
1213F4 | 13q13.1 | AL136160 | CATCAAATGCCGTTTGAAGATATGAAGATG | TTTGGGAGCATCTTGACAGAATCCCTTTGA | 180 |
Xenografts in nude mice
Results
Tissue sample histology
Establishment of pleomorphic adenoma cell systems
Immunofluorescence of clones SM-AP cell systems
Chromosome analysis
stemline karyotypes | |||
---|---|---|---|
cell systems | Cell numbers counted/karyotyped | Chromosome numbers <ploidy> | chromosomal abnomalities |
SM-AP1 | 50/10 | 70–114 <5n> | XX, -X[6], -X[3], add(X)(p11)[10], add(X)[5], add(X)(q11)[7], +1[7], add(1)(p11)x2[10], add(1)(q11)[10], |
add(1)[9], -2[10], -2[10], +3[2], -3[5], der(3)add(3)(p11)del(3)(q2?)[10], der(3)add(3)del(3)[5], | |||
der(3)add(3)del(3)[2], -4[9], add(4)(p11)[2], add(4)(q35)[10], add(4)[8], +5[2], add(5)(q11)[10], add(5)[6], | |||
-6[9], -6[6], add(6)(q11)[8], -8[6], i(8)(q10)[10], i(8)[7], -9[3], der(9)t(9;13)(p13;q12)x2[10], -10[5], | |||
i(10)(q10)[9], -11[5], add(11)(p15)[9], +12[8], add(12)(p11)x2[10], add(12)[9], -13[10], -13[10], -13[4], | |||
add(13)(p11)[10], add(13)[4], -14[8], -14[3], add(14)(q32)[10], add(14)[9], +15[6], +16[2], -16[3], | |||
add(16)(q2?2)[10], add(16)[3], -17[4], del(17)(p11)[8], -18[9], add(18)(q11)[8], +19[8], +19[2], +20[8], | |||
+20[8], +21[10], add(21)(p11)[8], add(21)(p11)[5], der(21)t(13;21)(q11;p11)[7], -22[10], -22[9], -22[6], | |||
+mar1[9], +mar2[10], +mar2[5], +mar3[4], +mar5[2], +04mar. | |||
SM-AP2 | 50/10 | 108–123 <5n> | XX, -X[6], add(X)(p11)[10], add(X)[6], add(X)(q11)[7], add(X)[2], +1[8], +1[2], add(1)(p11)x2[10], |
add(1)(p11)[2], add(1)(q11)[10], add(1)[7], -2[5], add(2)(p11)[7], idic(2)(q23)[7], -3[3], | |||
der(3)add(3)(p11)del(3)(q2?)[10], der(3)add(3)del(3)[6], -4[7], add(4)(q35)x2[10], +5[5], add(5)(q11)[9], | |||
add(5)[4], +6[3], add(6)(q11)[9], del(6)(q25)[3], -8[9], i(8)(q10)x2[10], +9[2], -9[3], | |||
der(9)t(9;13)(p13;q12)[10], der(9)t(9;13)[8], +10[7], +10[4], add(10)(p11)[4], i(10)(q10)[10], i(10)[7], | |||
add(11)(p11)[9], add(11)(p15)[10], +12[7], add(12)(p11)x2[10], add(12)[8], -13[10], -13[10], -13[10], | |||
-13[3], add(13)(p11)[10], add(13)[5], -14[7], add(14)(q32)x2[10], +15[6], -16[5], add(16)(q2?2)[8], -17[6], | |||
del(17)(p11)[4], -18[8], add(18)(q11)[8], add(18)(q21)[2], add(18)(q23)[5], +19[7], +20[9], +20[3], -21[8], | |||
add(21)(p11)[9], add(21)(p11)[10], add(21)(p11)[3], -22[10], -22[4], | |||
+mar1[8], +mar2[10], +mar2[2], +mar3 × 2[10], +mar4[2], +07mar. | |||
SM-AP3 | 50/10 | 64–109 <5n> | XXX, -X[6], add(X)(p11) [10], add(X)(q11)[10], +1[8], add(1)(p11)x2[10], add(1)(q11)[10], add(1)[9], |
-2[10], der(3)add(3)(p11)del(3)(q2?)x2[10], -4[7], add(4)(q35)x2[10], -5[6], add(5)(q11)[10], add(5)[5], | |||
-6[9], -6[3], add(6)(q11)[7], -6[9], -6[3], add(6)(q11)[7], -7[9], -7[3], der(7;10)(q10;q10)[7], i(7)(q10)[2], | |||
-8[8], i(8)(q10)x2[10], -9[6], der(9)t(9;13)(p13;q12)x2[10], -10[7], -10[3], del(10)(p12)[2], i(10)(q10)[2], | |||
-11[6], add(11)(p11)[6], -12[5], add(12)(p11)[10], add(12)[3], -13[10], -13[10], -13[10], -13[9], | |||
add(13)(p11)[9], -14[9], -14[5], add(14)(q32)[10], add(14)[8], +15[4], -15[5], -16[9], -16[3], | |||
add(16)(q2?2)[8], -17[5], add(17)(p13)[8], del(17)(p11)[5], -18[9], -18[3], add(18)(q11)[10], add(18)[4], | |||
add(18)(q11)[2], add(18)(q21)[2], -19[6], +20[9], +20[8], +20[4], -21[9], -21[3], add(21)(p11)[10], | |||
add(21)(p11)[4], der(21)t(13;21)(q11;p11)[10], -22[10], -22[3], | |||
+mar1[8], +mar2[10], +mar2[7], +mar3 [8], +mar4[3], +04mar. | |||
SM-AP4 | 50/10 | 97–115 <5n> | XX, -X[8], add(X)(p11)[10], add(X)(q11)[9], add(X)[2], +1[2], add(1)(p11)[9], add(1)[3], |
add(1)(q11)x2[10], -2[9], -3[7], der(3)add(3)(p11)del(3)(q2?)x2[10], der(3)add(3)del(3)[3], -4[10], | |||
add(4)(q35)[10], add(4)[9], +5[2], -5[5], add(5)(q11)[10], add(5)[3], -6[7], add(6)(p11)[5], | |||
add(6)(q11)[10], add(6)[5], +7[3], add(7)(q11)[4], -8[6], i(8)(q10)[10], i(8)[8], -9[5], | |||
der(9)t(9;13)(p13;q12)[10], der(9)t(9;13)[7], -10[6], i(10)(q10)[9], i(10)[2], -11[7], add(12)(p11)x2[10], | |||
-13[10], -13[10], -13[10],-13[4], add(13)(p11)[7], add(13)[2], add(13)(p11)[2], -14[9], add(14)(q32)[10], | |||
add(14)[9], der(14)t(1;14)(q11;p11), -16[7], -16[3], add(16)(q2?2)[7], add(16)[2], -17[10], -17[8], -18[10], | |||
-18[7], add(18)(q11)[9], add(18)[2], +19[5], +20[10], +20[9], +20[6], -21[10], -21[6], add(21)(p11)[9], | |||
add(21)(p11)[2], der(21)t(13;21)(q11;p11)[9], -22[10], -22[3], | |||
+mar1[7], +mar2[8], +mar3[7], +mar4[3], +mar5[2], +03mar. | |||
SM-AP5 | 50/10 | 109–122 <5n> | XX, +add(X)(q11)[4], add(X)[9], add(X)(p11) [10], add(X)[9], +1[10], +1[3], add(1)(p11)[2], |
add(1)(p11)x2[10], add(1)(q11)[10], add(1)[8], i(1)(q10)[3], -2[10], -2[7], -3[4], | |||
der(3)add(3)(p11)del(3)(q2?)[10], der(3)add(3)del(3)[3], der(3)add(3)(p11)del(3)(q2?)[2], -4[10], | |||
add(4)(q35)x2[10], +5[9], add(5)(q11)x2[10], -6[8], add(6)(q11)[10], add(6)[2], -8[6], i(8)(q10)x2[10], | |||
i(8)[3], +9[3], add(9)(p11)[5], der(9)t(9;13)(p13;q12)[10], der(9)t(9;13)[9], +10[10], i(10)(q10)x2[10], | |||
-11[3], add(11)(p15)x2[10], add(11)[5], +12[5], add(12)(p11)x2[10], add(12)[5], -13[10], -13[10], -13[9], | |||
add(13)(p11)x2[10], -14[10], add(14)(p11)[3], add(14)(p11)[4], add(14)(q32)[10], add(14)[9], +15[5], | |||
+16[3], add(16)(q2?2)[10], add(16)[7], -17[8], -17[3], del(17)(p11)[3], -18[9], | |||
-18[3], add(18)(q11)[6], add(18)(q23)[6], del(18)(q21)[2], +19[10], +19[3], +20[10], +20[10], +20[2], | |||
-21[8], add(21)(p11)[10], add(21)(p11)[2], -22[9], -22[7], -22[3], | |||
+mar1[9], +mar2[10], +mar2[6], +mar3[8], +mar3[6], +mar5[2], +06mar. | |||
Primary | 20/20 | 107–122 <5n> | XX, -X, -X, -X, add(1)(p11), add(1)(q?12) x2, -2, -3, -3, add(4)(q31.3)x2, +5, |
der(5)add(5)(p15.1)add(5)(q22)x2, -6, add(6)(q21)x2, +add(7)(q11.2)x2, i(8)(q10)x2, | |||
-9, add(9)(p11), der(9)t(9;13)(p13;q12)x2, +10, add(10)(p11.1), i(10)(q10)x2, +11, | |||
add(11)(p11.2), add(11)(p15), +12, +12, add(12)(p11.2)x4, -13, -13, -13, -13, -14, | |||
add(14)(q?24)x2, +15, add(16)(q?12.1), -17, ? add(17)(p11.2)x2, -18, -18, +19, +20, | |||
-21, -21, -21, -22, +mar1 × 2, +mar2 × 2, +mar3 × 2, +mar4 × 2, +mar5 × 2 [cp20] |
Screening of chromosomal break points for translocation t(9;13)(p13;q12)
P53 gene analysis
Xenografts of SM-AP cells in nude mice
cell systems | Number of mice with tumors (n = 2) | Mean time of tumor appearance (weeks) |
---|---|---|
SM-AP1 | 2 | 7.5 |
SM-AP2 | 1 | 9 |
SM-AP3 | 1 | 19 |
SM-AP4 | 1 | 5 |
SM-AP5 | 2 | 9 |