Skip to main content
Hauptrubriken
CME Facharzt-Training Webinare Zeitschriften Bücher e.Medpedia Podcast
Service
Jobbörse Info & Hilfe
Fachgebiete
Anästhesiologie Allgemeinmedizin Arbeitsmedizin Augenheilkunde Chirurgie Dermatologie Gynäkologie und Geburtshilfe HNO Innere Medizin Kardiologie Neurologie Onkologie und Hämatologie Orthopädie und Unfallchirurgie Pädiatrie Pathologie Psychiatrie Radiologie Rechtsmedizin Urologie Zahnmedizin
Themen
Typ-2-Diabetes und Adipositas Klimawandel und Gesundheit Neues aus dem Markt COVID-19 Praxis und Beruf Seltene Erkrankungen GOÄ & EBM Panorama
Sammlungen
Kasuistiken Algorithmen & Infografiken Blickdiagnosen Arthropedia FlapFinder (für Dermatochirurgen) Videos Kongressberichterstattung Medizin für Apothekerinnen und Apotheker Für Ärztinnen und Ärzte in Weiterbildung Für Medizinstudierende

Live-Webinar "Urologie und Sexualmedizin in der Praxis"

Häufige urologisch-sexualmedizinische Themen in der Praxis sind das Thema des MMW-Webinars am 5. Juni von 17.30 bis 19 Uhr. Konkret geht es um die Frage, wann bei Harnwegsinfektionen auf Antibiotika verzichtet werden kann, und um ein Update zur Therapie von Libido- und Potenzstörungen des Mannes. Der dritte Vortrag behandelt sexuell übertragbare Krankheiten. Stellen Sie Ihre Fragen an die Experten und sammeln Sie 2 CME-Punkte. Jetzt gleich anmelden!
Erweiterte Suche
Anmelden
nach oben
Archives of Virology
Erschienen in: Archives of Virology 4/2024

01.04.2024 | Annotated Sequence Record

Complete genome sequence of a novel alternavirus isolated from the phytopathogenic fungus Colletotrichum fioriniae

verfasst von: Xiaowen Xu, Jincang Li, Du Hai, Yixun Wang, Jinying Li, Yuping Zha

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 4/2024

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

A novel double-strand RNA (dsRNA) mycovirus, named “Colletotrichum fioriniae alternavirus1” (CfAV1), was isolated from the strain CX7 of Colletotrichum fioriniae, the causal agent of walnut anthracnose. The complete genome of CfAV1 is composed of three dsRNA segments: dsRNA1 (3528 bp), dsRNA2 (2485 bp), and dsRNA3 (2481 bp). The RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) is encoded by dsRNA1, while both dsRNA2 and dsRNA3 encode hypothetical proteins. Based on multiple sequence alignments and phylogenetic analysis, CfAV1 is identified as a new member of the family Alternaviridae. This is the first report of an alternavirus that infects the phytopathogenic fungus C. fioriniae.
Literatur
1.
Wang P, Yang G, Shi N et al (2021) A novel gammapartitivirus from the entomopathogenic fungus Metarhizium brunneum. Arch Virol 166:977–981.
2.
Kotta-Loizou, I (2021) Mycoviruses and their role in fungal pathogenesis. Curr. Opin. Microbiol. 63: 10–18.
3.
Abdoulaye AH, Foda MF, Kotta-Loizou I (2019) Viruses infecting the plant pathogenic fungus Rhizoctonia solani. Viruses 11(12):1113.
4.
Jia H, Dong K, Zhou L et al (2017) A dsRNA virus with filamentous viral particles. Nat. Commun. 8(1):168.
5.
Kanhayuwa L, Kotta-Loizou I, Oezkan S et al (2015) A novel mycovirus from Aspergillus fumigatus contains four unique dsRNAs as its genome and is infectious as dsRNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 112, 9100–9105.
6.
Kotta-Loizou I,Coutts RHA (2017) Studies on the virome of the entomopathogenic fungus Beauveria bassiana reveal novel dsRNA elements and mild hypervirulence. PLoS Pathog. 13, e1006183.
7.
Kozlakidis Z, Herrero N, Ozkan S et al (2013) Sequence determination of a quadripartite dsRNA virus isolated from Aspergillus foetidus. Arch Virol 158:267–272.
8.
Hammond TM, Andrewski MD, Roossinck MJ et al (2008) Aspergillus mycoviruses are targets and suppressors of RNA silencing. Eukaryot. Cell 7, 350–357.
9.
Aoki N, Moriyama H, Kodama M et al (2009) A novel mycovirus associated with four double-stranded RNAs affects host fungal growth in Alternaria alternata. Virus Res. 140, 179–187.
10.
Osaki H, Sasaki A, Nomiyama K et al (2016) Multiple virus infection in a single strain of Fusarium poae shown by deep sequencing. Virus Genes 52:835–847.
11.
He H, Chen X, Li P et al (2018) Complete genome sequence of a Fusarium graminearum double-stranded RNA virus in a newly proposed Family, Alternaviridae. Genome Announc. 6:e00064-e118.
12.
Gilbert KB, Holcomb EE, Allscheid RL et al (2019) Hiding in plain sight: New virus genomes discovered via a systematic analysis of fungal public transcriptomes. PLoS ONE 14: e0219207.
13.
Zhang X, Xie Y, Zhang F et al (2019). Complete genome sequence of an alternavirus from the phytopathogenic fungus Fusarium incarnatum. Arch Virol. 164(3):923-925.
14.
Wen C, Wan X, Zhang Y et al (2021) Molecular characterization of the frst alternavirus identifed in Fusarium oxysporum. Viruses 13(10):2026
15.
Zhang Y, Shi N, Wang P et al (2022) Molecular characterization of a novel alternavirus infecting the entomopathogenic fungus Cordyceps chanhua. Arch. Virol.167, 1467–1470.
16.
Lutz T, Japi´c E, Bien S et al (2022) Characterization of a novel alternavirus infecting the fungal pathogen Fusarium solani. Virus Res. 317: 198817.
17.
Liu H, Wang H, Liao X et al (2022) Mycoviral gene integration converts a plant pathogenic fungus into a biocontrol agent. Proc. Natl. Acad. Sci. USA.119, e2214096119.
18.
Lutz T, Langer G, Heinze C (2023) Complete genome sequence of a novel alternavirus infecting the fungus Ilyonectria crassa. Arch Virol. 7;168(2):34.
19.
Pielhop TP, Popp C, Fricke S et al (2023) Molecular characterization of two new alternaviruses identified in members of the fungal family Nectriaceae. Arch Microbiol. 22;205(4):129.
20.
Wu C, Aoki N, Takeshita N et al (2021) Unique terminal regions and specific deletions of the segmented double-stranded RNA genome of Alternaria alternata Virus 1, in the proposed family Alternaviridae. Front Microbiol. 22;12:773062.
21.
Damm U, Cannon PF, Woudenberg JH et al (2012). The Colletotrichum acutatum species complex. Stud. Mycol. 73:37–113.
22.
Casas LL, Azevedo JL, Almeida LN et al (2021) Mycoviruses infecting Colletotrichum spp.: A comprehensive review. Braz J Biol. 15;83:e248975.
23.
Xu X, Li J, Hai D et al (2023) Identification and diversity analysis of mycoviruses from the phytopathogenic fungus Colletotrichum spp.of walnut. Biotechnology Bulletin 39(3):278-289.
24.
Pankovics P, Boros A, Reuter G (2015) Novel 5'/3'RACE method for amplification and determination of single-stranded RNAs through double-stranded RNA (dsRNA) intermediates. Mol Biotechnol. 57(11-12):974-81.
25.
Spiess AN, Ivell R (2002) A highly efficient method for long-chain cDNA synthesis using trehalose and betaine. Anal Biochem. 301(2):168-74.
26.
Frohman, Michael A, Michael K et al (1988) Rapid production of full-length cDNAs from rare transcripts: amplification using a single gene-specific oligonucleotide primer. Proc Natl Acad Sci U S A. 85(23): 8998-9002.
27.
Chiba S, Salaipeth L, Lin Y et al (2009) A novel bipartite double-stranded RNA mycovirus from the white root rot fungus Rosellinia necatrix: molecular and biological characterization, taxonomic considerations, and potential for biological control. J. Virol 24: 12801–12812.
28.
Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016) MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol 33:1870–1874.
Metadaten
Titel
Complete genome sequence of a novel alternavirus isolated from the phytopathogenic fungus Colletotrichum fioriniae
verfasst von
Xiaowen Xu
Jincang Li
Du Hai
Yixun Wang
Jinying Li
Yuping Zha
Publikationsdatum
01.04.2024
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 4/2024
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-024-06010-w

Weitere Artikel der Ausgabe 4/2024

Archives of Virology 4/2024 Zur Ausgabe

Annotated Sequence Record

New duck papillomavirus type identified in a mallard in Missouri, USA

Original Article

Bacillus phage phi18-2 is a novel temperate virus with an unintegrated genome present in the cytoplasm of lysogenic cells as a linear phage-plasmid

Annotated Sequence Record

Complete genome sequence of vaccinium-associated virus C, a new member of the family Totiviridae from Vaccinium floribundum

Brief Report

A multiplex real-time RT-qPCR assay for simultaneous detection of porcine epidemic diarrhea virus, porcine deltacoronavirus, and swine acute diarrhea syndrome coronavirus

Original Article

Host and geography impact virus diversity in New Zealand’s longfin and shortfin eels

Annotated Sequence Record

Complete genome characterization of cacao leafroll virus, a newly described cacao-infecting polerovirus

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag

Kostenlos registrieren

Neu im Fachgebiet Innere Medizin

Erhebliches Risiko für Kehlkopfkrebs bei mäßiger Dysplasie

29.05.2024 Larynxkarzinom Nachrichten

Fast ein Viertel der Personen mit mäßig dysplastischen Stimmlippenläsionen entwickelt einen Kehlkopftumor. Solche Personen benötigen daher eine besonders enge ärztliche Überwachung.

Nach Herzinfarkt mit Typ-1-Diabetes schlechtere Karten als mit Typ 2?

29.05.2024 Herzinfarkt Nachrichten

Bei Menschen mit Typ-2-Diabetes sind die Chancen, einen Myokardinfarkt zu überleben, in den letzten 15 Jahren deutlich gestiegen – nicht jedoch bei Betroffenen mit Typ 1.

15% bedauern gewählte Blasenkrebs-Therapie

29.05.2024 Urothelkarzinom Nachrichten

Ob Patienten und Patientinnen mit neu diagnostiziertem Blasenkrebs ein Jahr später Bedauern über die Therapieentscheidung empfinden, wird einer Studie aus England zufolge von der Radikalität und dem Erfolg des Eingriffs beeinflusst.

Costims – das nächste heiße Ding in der Krebstherapie?

28.05.2024 Onkologische Immuntherapie Nachrichten

„Kalte“ Tumoren werden heiß – CD28-kostimulatorische Antikörper sollen dies ermöglichen. Am besten könnten diese in Kombination mit BiTEs und Checkpointhemmern wirken. Erste klinische Studien laufen bereits.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.

Newsletter bestellen
Bildnachweise