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Erschienen in: Archives of Virology 11/2022

03.08.2022 | Annotated Sequence Record

Complete genome sequence of virulent genotype I African swine fever virus strain K49 from the Democratic Republic of the Congo, isolated from a domestic pig (Sus scrofa domesticus)

verfasst von: Andrey Koltsov, Edan R. Tulman, Sanzhi Namsrayn, Gerald F. Kutish, Galina Koltsova

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 11/2022

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Abstract

African swine fever is one of the most feared infectious diseases in the pig industry. African swine fever virus (ASFV) is an enveloped, cytoplasmic double-stranded DNA virus and the only member of the family Asfarviridae. Although ASFV is known to have been circulating on the African continent since at least 1921, little is known about the genetic characteristics of historical ASFV strains isolated in sub-Saharan Africa. The few complete ASFV genome sequences obtained from African historical isolates have demonstrated genetic diversity, but the available data are limited and insufficient for fully understanding the molecular evolution and continental spread of ASFV. Here, we report the complete genome sequence of the virulent ASFV strain K49, collected during an outbreak in the Belgian Congo (now the Democratic Republic of the Congo) in 1949. The complete genome sequence of ASFV strain K49 was determined using an Illumina HiSeq platform and is 189,523 bp in length with a mean GC content of 38.43%, with 189 genes annotated. This is the first reported complete genome sequence of an ASFV serogroup 2 isolate. Phylogenetic analysis demonstrated genetic divergence within genotype I, and strain K49 formed a separate branch from other ASFV genotype I isolates.
Literatur
4.
Zurück zum Zitat Dixon LK, Escribano JM, Martins C, Rock DL, Salas ML, Wilkinson PJ (2005) In: Fauquet CM, Mayo MA, Maniloff J, Desselberger U (eds) Virus Taxonomy, VIIIth Report of the ICTV. Elsevier/Academic Press, London, UK, pp 135–143 Dixon LK, Escribano JM, Martins C, Rock DL, Salas ML, Wilkinson PJ (2005) In: Fauquet CM, Mayo MA, Maniloff J, Desselberger U (eds) Virus Taxonomy, VIIIth Report of the ICTV. Elsevier/Academic Press, London, UK, pp 135–143
8.
Zurück zum Zitat Mulumba-Mfumu LK, Achenbach JE, Mauldin MR et al (2017) Genetic assessment of African swine fever isolates involved in outbreaks in the Democratic Republic of Congo between 2005 and 2012 reveals co-circulation of p72 genotypes I, IX and XIV, including 19 variants. Viruses 9(2):31. https://doi.org/10.3390/v9020031CrossRefPubMedCentral Mulumba-Mfumu LK, Achenbach JE, Mauldin MR et al (2017) Genetic assessment of African swine fever isolates involved in outbreaks in the Democratic Republic of Congo between 2005 and 2012 reveals co-circulation of p72 genotypes I, IX and XIV, including 19 variants. Viruses 9(2):31. https://​doi.​org/​10.​3390/​v9020031CrossRefPubMedCentral
Metadaten
Titel
Complete genome sequence of virulent genotype I African swine fever virus strain K49 from the Democratic Republic of the Congo, isolated from a domestic pig (Sus scrofa domesticus)
verfasst von
Andrey Koltsov
Edan R. Tulman
Sanzhi Namsrayn
Gerald F. Kutish
Galina Koltsova
Publikationsdatum
03.08.2022
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 11/2022
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-022-05543-2

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