Skip to main content
Erschienen in: Archives of Virology 3/2024

01.03.2024 | Brief Report

Isolation and genome-wide analysis of the novel Acinetobacter baumannii bacteriophage vB_AbaM_AB3P2

verfasst von: Yujing Tan, Jianhui Su, Dandan Luo, Bingshao Liang, Shenshen Liu, Haiyan Zeng

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 3/2024

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

A lytic Acinetobacter baumannii phage, isolate vB_AbaM_AB3P2, was isolated from a sewage treatment plant in China. A. baumannii phage vB_AbaM_AB3P2 has a dsDNA genome that is 44,824 bp in length with a G + C content of 37.75%. Ninety-six open reading frames were identified, and no genes for antibiotic resistance or virulence factors were found. Genomic and phylogenetic analysis of this phage revealed that it represents a new species in the genus Obolenskvirus. Phage vB_AbaM_AB3P2 has a short latent period (10 min) and high stability at 30–70°C and pH 2–10 and is potentially useful for controlling multi-drug-resistant A. baumannii.
Anhänge
Nur mit Berechtigung zugänglich
Literatur
1.
Zurück zum Zitat Dijkshoorn L, Nemec A, Seifert H (2007) An increasing threat in hospitals: multidrug-resistant Acinetobacter baumannii. Nat Rev Microbiol 5:939–951CrossRefPubMed Dijkshoorn L, Nemec A, Seifert H (2007) An increasing threat in hospitals: multidrug-resistant Acinetobacter baumannii. Nat Rev Microbiol 5:939–951CrossRefPubMed
2.
Zurück zum Zitat Ibrahim S, Al-Saryi N, Al-Kadmy IMS, Aziz SN (2021) Multidrug-resistant Acinetobacter baumannii as an emerging concern in hospitals. Mol Biol Rep 48:6987–6998CrossRefPubMedPubMedCentral Ibrahim S, Al-Saryi N, Al-Kadmy IMS, Aziz SN (2021) Multidrug-resistant Acinetobacter baumannii as an emerging concern in hospitals. Mol Biol Rep 48:6987–6998CrossRefPubMedPubMedCentral
3.
Zurück zum Zitat Chang RYK, Nang SC, Chan HK, Li J (2022) Novel antimicrobial agents for combating antibiotic-resistant bacteria. Adv Drug Deliv Rev 187:114378CrossRefPubMed Chang RYK, Nang SC, Chan HK, Li J (2022) Novel antimicrobial agents for combating antibiotic-resistant bacteria. Adv Drug Deliv Rev 187:114378CrossRefPubMed
4.
Zurück zum Zitat Tan Y, Su J, Fu M, Zhang H, Zeng H (2023) Recent Advances in Phage-Based Therapeutics for Multi-Drug Resistant Acinetobacter baumannii. Bioeng (Basel Switzerland) 10(1):35 Tan Y, Su J, Fu M, Zhang H, Zeng H (2023) Recent Advances in Phage-Based Therapeutics for Multi-Drug Resistant Acinetobacter baumannii. Bioeng (Basel Switzerland) 10(1):35
5.
Zurück zum Zitat Peng W, Zeng F, Wu Z, Jin Z, Li W, Zhu M, Wang Q, Tong Y, Chen L, Bai Q (2021) Isolation and genomic analysis of temperate phage 5W targeting multidrug-resistant Acinetobacter baumannii. Arch Microbiol 204:58CrossRefPubMed Peng W, Zeng F, Wu Z, Jin Z, Li W, Zhu M, Wang Q, Tong Y, Chen L, Bai Q (2021) Isolation and genomic analysis of temperate phage 5W targeting multidrug-resistant Acinetobacter baumannii. Arch Microbiol 204:58CrossRefPubMed
6.
Zurück zum Zitat Tu Q, Pu M, Li Y, Wang Y, Li M, Song L, Li M, An X, Fan H, Tong Y (2023) Acinetobacter Baumannii Phages: Past, Present and Future. Viruses 15(3):673CrossRefPubMedPubMedCentral Tu Q, Pu M, Li Y, Wang Y, Li M, Song L, Li M, An X, Fan H, Tong Y (2023) Acinetobacter Baumannii Phages: Past, Present and Future. Viruses 15(3):673CrossRefPubMedPubMedCentral
7.
Zurück zum Zitat Gill JJ, Hyman P (2010) Phage choice, isolation, and preparation for phage therapy. Curr Pharm Biotechnol 11:2–14CrossRefPubMed Gill JJ, Hyman P (2010) Phage choice, isolation, and preparation for phage therapy. Curr Pharm Biotechnol 11:2–14CrossRefPubMed
8.
Zurück zum Zitat Zeng H, Li C, Luo D, Zhang J, Ding Y, Chen M, Yang X, Lei T, Wu S, Ye Q, Pang R, Gu Q, Wu Q (2021) Novel phage vB_CtuP_B1 for controlling Cronobacter malonaticus and Cronobacter turicensis in ready-to-eat lettuce and powered infant formula. Food research international (Ottawa, Ont) 143:110255 Zeng H, Li C, Luo D, Zhang J, Ding Y, Chen M, Yang X, Lei T, Wu S, Ye Q, Pang R, Gu Q, Wu Q (2021) Novel phage vB_CtuP_B1 for controlling Cronobacter malonaticus and Cronobacter turicensis in ready-to-eat lettuce and powered infant formula. Food research international (Ottawa, Ont) 143:110255
9.
Zurück zum Zitat Pehde BM, Niewohner D, Keomanivong FE, Carruthers MD (2021) Genome Sequence and Characterization of Acinetobacter Phage DMU1. PHAGE (New Rochelle, NY) 2:50–56 Pehde BM, Niewohner D, Keomanivong FE, Carruthers MD (2021) Genome Sequence and Characterization of Acinetobacter Phage DMU1. PHAGE (New Rochelle, NY) 2:50–56
10.
Zurück zum Zitat Duan S, Dong Y, Xu Y, Yin J, Geng L, Xiu Z (2022) One-step salting-out extraction of bacteriophage from its infection broth of Acinetobacter baumannii. J Chromatogr A 1679:463407CrossRefPubMed Duan S, Dong Y, Xu Y, Yin J, Geng L, Xiu Z (2022) One-step salting-out extraction of bacteriophage from its infection broth of Acinetobacter baumannii. J Chromatogr A 1679:463407CrossRefPubMed
11.
Zurück zum Zitat Kropinski AM (2018) Practical Advice on the One-Step Growth Curve. Methods in molecular biology. (Clifton NJ) 1681:41–47 Kropinski AM (2018) Practical Advice on the One-Step Growth Curve. Methods in molecular biology. (Clifton NJ) 1681:41–47
12.
Zurück zum Zitat Jończyk-Matysiak E, Łodej N, Kula D, Owczarek B, Orwat F, Międzybrodzki R, Neuberg J, Bagińska N, Weber-Dąbrowska B, Górski A (2019) Factors determining phage stability/activity: challenges in practical phage application. Expert Rev anti-infective therapy 17:583–606CrossRefPubMed Jończyk-Matysiak E, Łodej N, Kula D, Owczarek B, Orwat F, Międzybrodzki R, Neuberg J, Bagińska N, Weber-Dąbrowska B, Górski A (2019) Factors determining phage stability/activity: challenges in practical phage application. Expert Rev anti-infective therapy 17:583–606CrossRefPubMed
13.
Zurück zum Zitat Soleimani-Delfan A, Bouzari M, Wang R (2021) A rapid competitive method for bacteriophage genomic DNA extraction. J Virol Methods 293:114148CrossRefPubMed Soleimani-Delfan A, Bouzari M, Wang R (2021) A rapid competitive method for bacteriophage genomic DNA extraction. J Virol Methods 293:114148CrossRefPubMed
14.
Zurück zum Zitat Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS, Lesin VM, Nikolenko SI, Pham S, Prjibelski AD, Pyshkin AV, Sirotkin AV, Vyahhi N, Tesler G, Alekseyev MA, Pevzner PA (2012) SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput biology: J Comput Mol cell biology 19:455–477MathSciNetCrossRef Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS, Lesin VM, Nikolenko SI, Pham S, Prjibelski AD, Pyshkin AV, Sirotkin AV, Vyahhi N, Tesler G, Alekseyev MA, Pevzner PA (2012) SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput biology: J Comput Mol cell biology 19:455–477MathSciNetCrossRef
15.
Zurück zum Zitat Bouras G, Nepal R, Houtak G, Psaltis AJ, Wormald PJ, Vreugde S (2023) Pharokka: a fast scalable bacteriophage annotation tool. Bioinf (Oxford England) 39(1):btac776 Bouras G, Nepal R, Houtak G, Psaltis AJ, Wormald PJ, Vreugde S (2023) Pharokka: a fast scalable bacteriophage annotation tool. Bioinf (Oxford England) 39(1):btac776
16.
Zurück zum Zitat Jiang JZ, Yuan WG, Shang J, Shi YH, Yang LL, Liu M, Zhu P, Jin T, Sun Y, Yuan LH (2023) Virus classification for viral genomic fragments using PhaGCN2. Brief Bioinform 24(1):bbac505CrossRefPubMed Jiang JZ, Yuan WG, Shang J, Shi YH, Yang LL, Liu M, Zhu P, Jin T, Sun Y, Yuan LH (2023) Virus classification for viral genomic fragments using PhaGCN2. Brief Bioinform 24(1):bbac505CrossRefPubMed
17.
Zurück zum Zitat Moraru C, Varsani A, Kropinski AM (2020) VIRIDIC-A Novel Tool to Calculate the Intergenomic Similarities of Prokaryote-Infecting Viruses. Viruses 12(11):1268CrossRefPubMedPubMedCentral Moraru C, Varsani A, Kropinski AM (2020) VIRIDIC-A Novel Tool to Calculate the Intergenomic Similarities of Prokaryote-Infecting Viruses. Viruses 12(11):1268CrossRefPubMedPubMedCentral
18.
Zurück zum Zitat Price MN, Dehal PS, Arkin AP (2009) FastTree: computing large minimum evolution trees with profiles instead of a distance matrix. Mol Biol Evol 26:1641–1650CrossRefPubMedPubMedCentral Price MN, Dehal PS, Arkin AP (2009) FastTree: computing large minimum evolution trees with profiles instead of a distance matrix. Mol Biol Evol 26:1641–1650CrossRefPubMedPubMedCentral
19.
Zurück zum Zitat Sullivan MJ, Petty NK, Beatson SA (2011) Easyfig: a genome comparison visualizer. Bioinf (Oxford England) 27:1009–1010 Sullivan MJ, Petty NK, Beatson SA (2011) Easyfig: a genome comparison visualizer. Bioinf (Oxford England) 27:1009–1010
20.
Zurück zum Zitat Sisakhtpour B, Mirzaei A, Karbasizadeh V, Hosseini N, Shabani M, Moghim S (2022) The characteristic and potential therapeutic effect of isolated multidrug-resistant Acinetobacter baumannii lytic phage. Ann Clin Microbiol Antimicrob 21:1CrossRefPubMedPubMedCentral Sisakhtpour B, Mirzaei A, Karbasizadeh V, Hosseini N, Shabani M, Moghim S (2022) The characteristic and potential therapeutic effect of isolated multidrug-resistant Acinetobacter baumannii lytic phage. Ann Clin Microbiol Antimicrob 21:1CrossRefPubMedPubMedCentral
21.
Zurück zum Zitat Zhu Y, Han K, Chen L, Luo S, Fan H, Tong Y (2022) Biological characterization and genomic analysis of Acinetobacter baumannii phage BUCT628. Arch Virol 167:1471–1474CrossRefPubMed Zhu Y, Han K, Chen L, Luo S, Fan H, Tong Y (2022) Biological characterization and genomic analysis of Acinetobacter baumannii phage BUCT628. Arch Virol 167:1471–1474CrossRefPubMed
22.
Zurück zum Zitat Zhang L, Wang X, Hua X, Yu Y, Leptihn S, Loh B (2022) Therapeutic evaluation of the Acinetobacter baumannii phage Phab24 for clinical use. Virus Res 320:198889CrossRefPubMed Zhang L, Wang X, Hua X, Yu Y, Leptihn S, Loh B (2022) Therapeutic evaluation of the Acinetobacter baumannii phage Phab24 for clinical use. Virus Res 320:198889CrossRefPubMed
23.
Zurück zum Zitat Mardiana M, Teh SH, Lin LC, Lin NT (2022) Isolation and Characterization of a Novel Siphoviridae Phage, vB_AbaS_TCUP2199, Infecting Multidrug-Resistant Acinetobacter baumannii. Viruses 14(6):1240CrossRefPubMedPubMedCentral Mardiana M, Teh SH, Lin LC, Lin NT (2022) Isolation and Characterization of a Novel Siphoviridae Phage, vB_AbaS_TCUP2199, Infecting Multidrug-Resistant Acinetobacter baumannii. Viruses 14(6):1240CrossRefPubMedPubMedCentral
24.
Zurück zum Zitat Ma G, Gao X, Jiang C, Xing S, Wei C, Huang P, Lin J (2019) pH-Responsive Nanoprobe for In Vivo Photoacoustic Imaging of Gastric Acid. Anal Chem 91:13570–13575CrossRefPubMed Ma G, Gao X, Jiang C, Xing S, Wei C, Huang P, Lin J (2019) pH-Responsive Nanoprobe for In Vivo Photoacoustic Imaging of Gastric Acid. Anal Chem 91:13570–13575CrossRefPubMed
26.
Zurück zum Zitat Lai MJ, Soo PC, Lin NT, Hu A, Chen YJ, Chen LK, Chang KC (2013) Identification and characterisation of the putative phage-related endolysins through full genome sequence analysis in Acinetobacter baumannii ATCC 17978. Int J Antimicrob Agents 42:141–148CrossRefPubMed Lai MJ, Soo PC, Lin NT, Hu A, Chen YJ, Chen LK, Chang KC (2013) Identification and characterisation of the putative phage-related endolysins through full genome sequence analysis in Acinetobacter baumannii ATCC 17978. Int J Antimicrob Agents 42:141–148CrossRefPubMed
Metadaten
Titel
Isolation and genome-wide analysis of the novel Acinetobacter baumannii bacteriophage vB_AbaM_AB3P2
verfasst von
Yujing Tan
Jianhui Su
Dandan Luo
Bingshao Liang
Shenshen Liu
Haiyan Zeng
Publikationsdatum
01.03.2024
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 3/2024
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-024-05986-9

Weitere Artikel der Ausgabe 3/2024

Archives of Virology 3/2024 Zur Ausgabe

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag

Erhebliches Risiko für Kehlkopfkrebs bei mäßiger Dysplasie

29.05.2024 Larynxkarzinom Nachrichten

Fast ein Viertel der Personen mit mäßig dysplastischen Stimmlippenläsionen entwickelt einen Kehlkopftumor. Solche Personen benötigen daher eine besonders enge ärztliche Überwachung.

Nach Herzinfarkt mit Typ-1-Diabetes schlechtere Karten als mit Typ 2?

29.05.2024 Herzinfarkt Nachrichten

Bei Menschen mit Typ-2-Diabetes sind die Chancen, einen Myokardinfarkt zu überleben, in den letzten 15 Jahren deutlich gestiegen – nicht jedoch bei Betroffenen mit Typ 1.

15% bedauern gewählte Blasenkrebs-Therapie

29.05.2024 Urothelkarzinom Nachrichten

Ob Patienten und Patientinnen mit neu diagnostiziertem Blasenkrebs ein Jahr später Bedauern über die Therapieentscheidung empfinden, wird einer Studie aus England zufolge von der Radikalität und dem Erfolg des Eingriffs beeinflusst.

Costims – das nächste heiße Ding in der Krebstherapie?

28.05.2024 Onkologische Immuntherapie Nachrichten

„Kalte“ Tumoren werden heiß – CD28-kostimulatorische Antikörper sollen dies ermöglichen. Am besten könnten diese in Kombination mit BiTEs und Checkpointhemmern wirken. Erste klinische Studien laufen bereits.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.