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05.02.2018 | Original Article | Ausgabe 1/2018

Indian Journal of Gastroenterology 1/2018

Acute hepatitis E in India appears to be caused exclusively by genotype 1 hepatitis E virus

Zeitschrift:
Indian Journal of Gastroenterology > Ausgabe 1/2018
Autoren:
Neha Gupta, Aditya N. Sarangi, Sunil Dadhich, V. K. Dixit, Kamal Chetri, Amit Goel, Rakesh Aggarwal
Wichtige Hinweise
GenBank submission
The HEV ORF1 nucleotide sequences included in this manuscript are available in the DDBJ/EMBL/GenBank databases under the accession numbers MG543072-MG543074, MG543076-MG543101, MG543103-MG543104, MG543106-MG543107 and MG543109-MG543149.

Abstract

Background

Hepatitis E is caused by infection with hepatitis E virus (HEV), which has four well-known genotypes. Genotypes 1 and 2 HEV have been reported from human cases in areas where the disease is highly endemic. By contrast, genotypes 3 and 4 HEV, which primarily infect several animal species worldwide, have been reported mainly from sporadic human cases in non-endemic areas such as Japan and high-income countries of Europe and North America. To determine whether genotype 3/4 HEV cause sporadic disease in India, a disease-endemic area, we determined HEV genotype in a group of patients with such disease.

Methods

A part of the HEV open reading frame (ORF) 1 was amplified and sequenced from sera of 74 patients with sporadic acute viral hepatitis E from four cities in India. The sequences were compared with prototype sequences for various HEV genotypes and subgenotypes and analyzed using phylogenetic tools to determine the genotype of the isolates. For 12 specimens, a part of HEV ORF2 was also similarly analyzed.

Results

Partial ORF1 sequences of all the 74 isolates belonged to genotype 1 HEV, with 88.2% to 100% nucleotide identity with the prototype genotype 1 isolates. Partial ORF2 sequences for all the 12 isolates also belonged to genotype 1 HEV. On phylogenetic analysis, 71 isolates clustered with prototype genotype 1a HEV; the remaining three isolates were located between subgenotypes 1a and 1c but were closer to the former.

Conclusion

Human sporadic acute hepatitis E in India is caused almost exclusively by genotype 1 HEV.

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