Didesoxynukleotide
Didesoxynukleotide
Synonym(e)
ddNTPs
Englischer Begriff
dideoxynucleotide
Definition
Didesoxynukleotide (ddNTPs) sind den Deoxynukleotiden (dNTPs) ähnlich, aber es fehlt die Hydroxygruppe am 3′-Kohlenstoffatom, weshalb keine Esterbildung mit dem Phosphatrest eines nachfolgenden Deoxynukleotids stattfinden kann und es zu keiner DNA-Kettenverlängerung kommt.
Beschreibung
Analog den Deoxynukleotiden (dNTPs) gibt es auch 4 verschiedene Didesoxynukleotide (ddNTPs), nämlich ddATP (Dideoxyadenosintriphosphat), ddCTP (Dideoxycytidintriphosphat), ddGTP (Dideoxyguanosintriphosphat) und ddTTP (Dideoxythymidintriphosphat).
Didesoxynukleotide werden bei der Kettenabbruchmethode der DNA-Sequenzierung nach Sanger eingesetzt, wobei bei der DNA-Kettenverlängerung neben den üblichen dNTPs auch in geringem Maße fluoreszenzmarkierte ddNTPs eingesetzt werden. Bei deren zufallsbedingten Einbau kommt die Synthese des DNA-Strangs zu einem partiellen Halt. Die Kettenabbruchprodukte unterscheiden sich in ihrer Länge und dem eingebauten ddNTP am 3′-Ende und werden anschließend zur Sequenzierung kapillarelektrophoretisch aufgetrennt.
Literatur
Sanger F et al (1977) DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci U S A 74:5463–5467CrossRefPubMedPubMedCentral