nach oben

Erschienen in:

01.02.2012 | Brief Report

Human sapovirus classification based on complete capsid nucleotide sequences

verfasst von: Tomoichiro Oka, Kohji Mori, Nobuhiro Iritani, Seiya Harada, You Ueki, Setsuko Iizuka, Keiji Mise, Kosuke Murakami, Takaji Wakita, Kazuhiko Katayama

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 2/2012

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

The genetically diverse sapoviruses (SaVs) are a significant cause of acute human gastroenteritis. Human SaV surveillance is becoming more critical, and a better understanding of the diversity and distribution of the viral genotypes is needed. In this study, we analyzed 106 complete human SaV capsid nucleotide sequences to provide a better understanding of their diversity. Based on those results, we propose a novel standardized classification scheme that meets the requirements of the International Calicivirus Scientific Committee. We believe the classification scheme and strains described here will be of value for the molecular characterization and classification of newly detected SaV genotypes and for comparing data worldwide.

Akihara S, Phan TG, Nguyen TA, Yagyu F, Okitsu S, Muller WE, Ushijima H (2005) Identification of sapovirus infection among Japanese infants in a day care center. J Med Virol 77:595–601PubMedCrossRef

Clarke IN, Lambden PR (2000) Organization and expression of calicivirus genes. J Infect Dis 181(Supp 2):S309–S316PubMedCrossRef

Dey SK, Phan TG, Nguyen TA, Nishio O, Salim AF, Yagyu F, Okitsu S, Ushijima H (2007) Prevalence of sapovirus infection among infants and children with acute gastroenteritis in Dhaka City, Bangladesh during 2004–2005. J Med Virol 79:633–638PubMedCrossRef

Farkas T, Zhong WM, Jing Y, Huang PW, Espinosa SM, Martinez N, Morrow AL, Ruiz-Palacios GM, Pickering LK, Jiang X (2004) Genetic diversity among sapoviruses. Arch Virol 149:1309–1323PubMedCrossRef

Green KY (2007) Caliciviridae: the Noroviruses. In: Knipe DM, Howley PM, Griffin DE, Lamb RA, Martin MA, Roizman B, Straus SE (eds) Fields Virology, 5th edn. Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, pp 949–979

Hansman GS, Oka T, Sakon N, Takeda N (2007) Antigenic diversity of human sapoviruses. Emerg Infect Dis 13:1519–1525PubMed

Hansman GS, Saito H, Shibata C, Ishizuka S, Oseto M, Oka T, Takeda N (2007) Outbreak of gastroenteritis due to sapovirus. J Clin Microbiol 45:1347–1349PubMedCrossRef

Harada S, Okada M, Yahiro S, Nishimura K, Matsuo S, Miyasaka J, Nakashima R, Shimada Y, Ueno T, Ikezawa S, Shinozaki K, Katayama K, Wakita T, Takeda N, Oka T (2009) Surveillance of pathogens in outpatients with gastroenteritis and characterization of sapovirus strains between 2002 and 2007 in Kumamoto Prefecture, Japan. J Med Virol 81:1117–1127PubMedCrossRef

Honma S, Nakata S, Sakai Y, Tatsumi M, Numata-Kinoshita K, Chiba S (2001) Sensitive detection and differentiation of Sapporo virus, a member of the family Caliciviridae, by standard and booster nested polymerase chain reaction. J Med Virol 65:413–417PubMedCrossRef

10.

Iizuka S, Oka T, Tabara K, Omura T, Katayama K, Takeda N, Noda M (2010) Detection of sapoviruses and noroviruses in an outbreak of gastroenteritis linked genetically to shellfish. J Med Virol 82:1247–1254PubMedCrossRef

11.

Ishida S, Yoshizumi S, Miyoshi M, Ikeda T, Okui T, Katayama K, Takeda N, Oka T (2008) Characterization of sapoviruses detected in Hokkaido, Japan. Jpn J Infect Dis 61:504–506PubMed

12.

Iwakiri A, Ganmyo H, Yamamoto S, Otao K, Mikasa M, Kizoe S, Katayama K, Wakita T, Takeda N, Oka T (2009) Quantitative analysis of fecal sapovirus shedding: identification of nucleotide substitutions in the capsid protein during prolonged excretion. Arch Virol 154:689–693PubMedCrossRef

13.

Kroneman A, Vennema H, Deforche K, v d Avoort H, Penaranda S, Oberste MS, Vinje J, Koopmans M (2011) An automated genotyping tool for enteroviruses and noroviruses. J Clin Virol 51:121–125PubMedCrossRef

14.

Oka T, Katayama K, Hansman GS, Kageyama T, Ogawa S, Wu FT, White PA, Takeda N (2006) Detection of human sapovirus by real-time reverse transcription-polymerase chain reaction. J Med Virol 78:1347–1353PubMedCrossRef

15.

Oka T, Miyashita K, Katayama K, Wakita T, Takeda N (2009) Distinct genotype and antigenicity among genogroup II sapoviruses. Microbiol Immunol 53:417–420PubMedCrossRef

16.

Okada M, Shinozaki K, Ogawa T, Kaiho I (2002) Molecular epidemiology and phylogenetic analysis of Sapporo-like viruses. Arch Virol 147:1445–1451PubMedCrossRef

17.

Okada M, Yamashita Y, Oseto M, Shinozaki K (2006) The detection of human sapoviruses with universal and genogroup-specific primers. Arch Virol 151:2503–2509PubMedCrossRef

18.

Pang XL, Lee BE, Tyrrell GJ, Preiksaitis JK (2009) Epidemiology and genotype analysis of sapovirus associated with gastroenteritis outbreaks in Alberta, Canada: 2004–2007. J Infect Dis 199:547–551PubMedCrossRef

19.

Svraka S, Vennema H, van der Veer B, Hedlund KO, Thorhagen M, Siebenga J, Duizer E, Koopmans M (2010) Epidemiology and genotype analysis of emerging sapovirus-associated infections across Europe. J Clin Microbiol 48:2191–2198PubMedCrossRef

20.

Vinje J, Deijl H, van der Heide R, Lewis D, Hedlund KO, Svensson L, Koopmans MP (2000) Molecular detection and epidemiology of Sapporo-like viruses. J Clin Microbiol 38:530–536PubMed

21.

Yamashita Y, Ootsuka Y, Kondo R, Oseto M, Doi M, Miyamoto T, Ueda T, Kondo H, Tanaka T, Wakita T, Katayama K, Takeda N, Oka T (2010) Molecular characterization of Sapovirus detected in a gastroenteritis outbreak at a wedding hall. J Med Virol 82:720–726PubMedCrossRef

22.

Yan H, Yagyu F, Okitsu S, Nishio O, Ushijima H (2003) Detection of norovirus (GI, GII), Sapovirus and astrovirus in fecal samples using reverse transcription single-round multiplex PCR. J Virol Methods 114:37–44PubMedCrossRef

23.

Yoshida T, Kasuo S, Azegami Y, Uchiyama Y, Satsumabayashi K, Shiraishi T, Katayama K, Wakita T, Takeda N, Oka T (2009) Characterization of sapoviruses detected in gastroenteritis outbreaks and identification of asymptomatic adults with high viral load. J Clin Virol 45:67–71PubMedCrossRef

Titel: Human sapovirus classification based on complete capsid nucleotide sequences
verfasst von: Tomoichiro Oka
Kohji Mori
Nobuhiro Iritani
Seiya Harada
You Ueki
Setsuko Iizuka
Keiji Mise
Kosuke Murakami
Takaji Wakita
Kazuhiko Katayama
Publikationsdatum: 01.02.2012
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 2/2012
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-011-1161-2

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

^{Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag}

Kostenlos registrieren

Neu im Fachgebiet Innere Medizin

Echinokokkose medikamentös behandeln oder operieren?

06.05.2024 DCK 2024 Kongressbericht

Die Therapie von Echinokokkosen sollte immer in spezialisierten Zentren erfolgen. Eine symptomlose Echinokokkose kann – egal ob von Hunde- oder Fuchsbandwurm ausgelöst – konservativ erfolgen. Wenn eine Op. nötig ist, kann es sinnvoll sein, vorher Zysten zu leeren und zu desinfizieren.

Umsetzung der POMGAT-Leitlinie läuft

03.05.2024 DCK 2024 Kongressbericht

Seit November 2023 gibt es evidenzbasierte Empfehlungen zum perioperativen Management bei gastrointestinalen Tumoren (POMGAT) auf S3-Niveau. Vieles wird schon entsprechend der Empfehlungen durchgeführt. Wo es im Alltag noch hapert, zeigt eine Umfrage in einem Klinikverbund.

Proximale Humerusfraktur: Auch 100-Jährige operieren?

01.05.2024 DCK 2024 Kongressbericht

Mit dem demographischen Wandel versorgt auch die Chirurgie immer mehr betagte Menschen. Von Entwicklungen wie Fast-Track können auch ältere Menschen profitieren und bei proximaler Humerusfraktur können selbst manche 100-Jährige noch sicher operiert werden.

Die „Zehn Gebote“ des Endokarditis-Managements

30.04.2024 Endokarditis Leitlinie kompakt

Worauf kommt es beim Management von Personen mit infektiöser Endokarditis an? Eine Kardiologin und ein Kardiologe fassen die zehn wichtigsten Punkte der neuen ESC-Leitlinie zusammen.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.

Newsletter bestellen

Springer Medizin

Abstract

Bitte loggen Sie sich ein, um Zugang zu diesem Inhalt zu erhalten

Weitere Artikel der Ausgabe 2/2012

New Iranian and Australian peach latent mosaic viroid variants and evidence for rapid sequence evolution

Complete sequence of a cryptic virus from hemp (Cannabis sativa)

Identification and characterization of blueberry latent spherical virus, a new member of subgroup C in the genus Nepovirus

Molecular characterization of two recombinant potato virus Y isolates from China

Risk factors associated with hepatitis C virus infection in an urban population of the State of Mexico

Identification of a novel astrovirus in domestic sheep in Hungary