Skip to main content
Hauptrubriken
CME Facharzt-Training Webinare Zeitschriften Bücher e.Medpedia Podcast
Service
Jobbörse Info & Hilfe
Fachgebiete
Anästhesiologie Allgemeinmedizin Arbeitsmedizin Augenheilkunde Chirurgie Dermatologie Gynäkologie und Geburtshilfe HNO Innere Medizin Kardiologie Neurologie Onkologie und Hämatologie Orthopädie und Unfallchirurgie Pädiatrie Pathologie Psychiatrie Radiologie Rechtsmedizin Urologie Zahnmedizin
Themen
Klimawandel und Gesundheit Neues aus dem Markt COVID-19 Praxis und Beruf Seltene Erkrankungen GOÄ & EBM Panorama
Sammlungen
Kasuistiken Algorithmen & Infografiken Blickdiagnosen Arthropedia FlapFinder (für Dermatochirurgen) Videos Kongressberichterstattung Medizin für Apothekerinnen und Apotheker Für Ärztinnen und Ärzte in Weiterbildung Für Medizinstudierende
Erweiterte Suche
Anmelden
nach oben
Archives of Virology
Erschienen in: Archives of Virology 5/2016

30.01.2016 | Brief Report

Geographically driven adaptation of chilli veinal mottle virus revealed by genetic diversity analysis of the coat protein gene

verfasst von: Fangluan Gao, Jing Jin, Wenchao Zou, Furong Liao, Jianguo Shen

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 5/2016

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

Chilli veinal mottle virus (ChiVMV) is an important plant pathogen with a wide host range. The genetic structure of ChiVMV was investigated by analyzing the coat protein (CP) genes of 87 ChiVMV isolates from seven Asian regions. Pairwise F ST values between ChiVMV populations ranged from 0.108 to 0.681, indicating a significant spatial structure for this pathogen. In phylogeny-trait association analysis, the viral isolates from the same region tended to group together, showing a distinct geographic feature. These results suggest that geographic driven adaptation may be an important determinant of the genetic diversity of ChiVMV.
Anhänge
Nur mit Berechtigung zugänglich
Literatur
1.
King AM, Lefkowitz E, Adams MJ, Carstens EB (2011) Virus taxonomy, ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Elsevier Academic Press, Amsterdam
2.
Moury B, Palloix A, Caranta C, Gognalons P, Souche S, Selassie KG, Marchoux G (2005) Serological, molecular, and pathotype diversity of pepper veinal mottle virus and Chili veinal mottle virus. Phytopathology 95(3):227–232CrossRefPubMed
3.
Tsai WS, Huang YC, Zhang DY, Reddy K, Hidayat SH, Srithongchai W, Green SK, Jan FJ (2008) Molecular characterization of the CP gene and 3′ UTR of Chilli veinal mottle virus from South and Southeast Asia. Plant Pathol 57(3):408–416CrossRef
4.
Ding M, Yang C, Zhang L, Jiang ZL, Fang Q, Qin XY, Zhang ZK (2011) Occurrence of Chilli veinal mottle virus in Nicotiana tabacum in Yunnan, China. Plant Dis 95(3):357
5.
Zhao FF, Xi DH, Liu J, Deng XG, Lin HH (2014) First Report of Chilli veinal mottle virus Infecting Tomato (Solanum lycopersicum) in China. Plant Dis 98(11):1589CrossRef
6.
Ong CA, Varghese G, Ting WP (1980) The effect of Chilli veinal mottle virus on yield of chilli (Capsicum annuum L.). Food Chem 8(1):74–78
7.
Yang J, Dong JH, Zhang TJ, Wang R, Luo ZP, Luo HY, Zhang ZK (2013) A new isolate of Chilli veinal mottle virus that infects tobacco in China. J Plant Pathol 95(1):187–190
8.
9.
Shah H, Yasmin T, Fahim M, Hameed S, Haque MI (2009) Prevalence, occurrence and distribution of Chili veinal mottle virus in Pakistan. Pak J Bot 41(2):955–965
10.
Kaur C, Kumar S, Krishna Raj S (2015) Association of a distinct strain of Chilli veinal mottle virus with mottling and distortion disease of Datura inoxiain India. Arch Phytopathology Plant Protect 48(6):545–554CrossRef
11.
12.
Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S (2011) MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol 28(10):2731–2739CrossRefPubMedPubMedCentral
13.
Librado P, Rozas J (2009) DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics 25(11):1451–1452CrossRefPubMed
14.
Excoffier L, Lischer HE (2010) Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Mol Ecol Resour 10(3):564–567CrossRefPubMed
15.
Balloux F, Lugon-Moulin N (2002) The estimation of population differentiation with microsatellite markers. Mol Ecol 11(2):155–165CrossRefPubMed
16.
Martin DP, Murrell B, Golden M, Khoosal A, Muhire B (2015) RDP4: detection and analysis of recombination patterns in virus genomes. Virus Evol 1(1):vov003CrossRef
17.
18.
19.
Parker J, Rambaut A, Pybus OG (2008) Correlating viral phenotypes with phylogeny: accounting for phylogenetic uncertainty. Infect Genet Evol 8(3):239–246CrossRefPubMed
20.
Pond SLK, Frost SDW, Muse SV (2005) HyPhy: hypothesis testing using phylogenies. Bioinformatics 21(5):676–679CrossRefPubMed
21.
Yang Z (2007) PAML 4: Phylogenetic analysis by maximum likelihood. Mol Biol Evol 24(8):1586–1591CrossRefPubMed
22.
Murrell B, Moola S, Mabona A, Weighill T, Sheward D, Kosakovsky Pond SL, Scheffler K (2013) FUBAR: a Fast, Unconstrained Bayesian AppRoximation for inferring selection. Mol Biol Evol 30(5):1196–2005CrossRefPubMedPubMedCentral
23.
Kosakovsky Pond SL, Frost SDW, Grossman Z, Gravenor MB, Richman DD, Brown AJL (2006) Adaptation to different human populations by HIV-1 revealed by codon-based analyses. PLoS Comput Biol 2(6):e62CrossRefPubMedCentral
24.
Yang Z, Bielawski J (2000) Statistical methods for detecting molecular adaptation. Trends Ecol Evol 15(12):496–503CrossRefPubMed
25.
Cuevas J, Delaunay A, Rupar M, Jacquot E, Elena SF (2012) Molecular evolution and phylogeography of Potato virus Y based on the CP gene. J Gen Virol 93(Pt 11):2496–2501CrossRefPubMed
26.
Gibbs A, Ohshima K (2010) Potyviruses and the digital revolution. Annu Rev Phytopathol 48:205–223CrossRefPubMed
27.
Moury B, Morel C, Johansen E, Jacquemond M (2002) Evidence for diversifying selection in Potato virus Y and in the coat protein of other potyviruses. J Gen Virol 83(Pt 10):2563–2573CrossRefPubMed
28.
Awadalla P (2003) The evolutionary genomics of pathogen recombination. Nat Rev Genet 4(1):50–60CrossRefPubMed
29.
Sironi M, Cagliani R, Forni D, Clerici M (2015) Evolutionary insights into host-pathogen interactions from mammalian sequence data. Nat Rev Genet 16(4):224–236CrossRefPubMed
Metadaten
Titel
Geographically driven adaptation of chilli veinal mottle virus revealed by genetic diversity analysis of the coat protein gene
verfasst von
Fangluan Gao
Jing Jin
Wenchao Zou
Furong Liao
Jianguo Shen
Publikationsdatum
30.01.2016
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 5/2016
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-016-2761-7

Weitere Artikel der Ausgabe 5/2016

Archives of Virology 5/2016 Zur Ausgabe

Brief Report

Molecular epidemiology of noroviruses associated with sporadic gastroenteritis in Guangzhou, China, 2013-2015

Original Article

Expression of HIV-encoded microRNA-TAR and its inhibitory effect on viral replication in human primary macrophages

Original Article

No evidence of persistent parvovirus B19 viremia among Iranian patients with HIV after a 1-year follow-up

Original Article

Recombinant infectious bronchitis virus (IBV) H120 vaccine strain expressing the hemagglutinin-neuraminidase (HN) protein of Newcastle disease virus (NDV) protects chickens against IBV and NDV challenge

Original Article

Molecular genetic characterization of rabies virus glycoprotein gene sequences from rabid dogs in Bangkok and neighboring provinces in Thailand, 2013–2014

Original Article

Human cytomegalovirus UL49 encodes an early, virion-associated protein essential for virus growth in human foreskin fibroblasts

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag

Kostenlos registrieren

Neu im Fachgebiet Innere Medizin

Erhöhte Mortalität bei postpartalem Brustkrebs

07.05.2024 Mammakarzinom Nachrichten

Auch für Trägerinnen von BRCA-Varianten gilt: Erkranken sie fünf bis zehn Jahre nach der letzten Schwangerschaft an Brustkrebs, ist das Sterberisiko besonders hoch.

Hypertherme Chemotherapie bietet Chance auf Blasenerhalt

07.05.2024 Harnblasenkarzinom Nachrichten

Eine hypertherme intravesikale Chemotherapie mit Mitomycin kann für Patienten mit hochriskantem nicht muskelinvasivem Blasenkrebs eine Alternative zur radikalen Zystektomie darstellen. Kölner Urologen berichten über ihre Erfahrungen.

Ein Drittel der jungen Ärztinnen und Ärzte erwägt abzuwandern

07.05.2024 Medizinstudium Nachrichten

Extreme Arbeitsverdichtung und kaum Supervision: Dr. Andrea Martini, Sprecherin des Bündnisses Junge Ärztinnen und Ärzte (BJÄ) über den Frust des ärztlichen Nachwuchses und die Vorteile des Rucksack-Modells.

Vorhofflimmern bei Jüngeren gefährlicher als gedacht

06.05.2024 Vorhofflimmern Nachrichten

Immer mehr jüngere Menschen leiden unter Vorhofflimmern. Betroffene unter 65 Jahren haben viele Risikofaktoren und ein signifikant erhöhtes Sterberisiko verglichen mit Gleichaltrigen ohne die Erkrankung.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.

Newsletter bestellen
Bildnachweise