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Archives of Virology

Erschienen in:

25.04.2017 | Annotated Sequence Record

Molecular characterization of a novel bipartite begomovirus isolated from Lycianthes biflora in China

verfasst von: Y. F. Tang, Z. F. He, J. K. Brown, X. M. She, G. B. Lan

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 8/2017

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Abstract

A bipartite begomovirus isolate GD was isolated from Lycianthes biflora plants showing yellow mosaic symptoms in Nanxiong, Guangdong Province, China. The apparently full-length DNA-A and DNA-B viral components were cloned after enrichment of circular DNA by rolling circle amplification, restriction digestion, cloning, and DNA sequencing. The DNA-A component (2752nt, KT582302) shares highest (80.2%) nucleotide (nt) sequence identity with tomato leaf curl Sulawesi virus [Indonesia-Sulawesi-Langowan F101-2006] (ToLCSuV- [ID-Sul -LanF09-06], FJ237618), reported in Indonesia as causing yellow leaf curl disease of chilli pepper. The DNA-B component (2704nt, KT582303) shares highest (76.3%) nt sequence identity with pepper yellow leaf curl Indonesia virus-[Indonesia-tomato2-2005] (PepYLCIV-[ID-Tom2-05 AB213599) reported in Indonesia, and associated with yellow leaf curl disease in tomato. Based on the ICTV guidelines for begomoviral species demarcation, the virus is a new, previously undescribed bipartite begomovirus species for which the name “Lycianthes yellow mosaic virus” is proposed.

Varma A, Mandal B, Singh MK (2011) Global emergence and spread of whitefly (Bemisia tabaci) transmitted Geminiviruses. In: Thompson WMO (ed) The whitefly, Bemisia tabaci (Homoptera: Aleyrodidae) interaction with geminivirus-infected host plants. Springer, The Netherlands, pp 205–292CrossRef

Melgarejo TA, Kon T, Rojas MR, Paz-Carrasco L, Zerbini FM, Gilbertson RL (2013) Characterization of a New World monopartite begomovirus causing leaf curl disease of tomato in Ecuador and Peru reveals a new direction in geminivirus evolution. J Virol 87:5397–5413CrossRefPubMedPubMedCentral

Márquez-Martín B, Aragón-Caballero L, Fiallo-Olivé E, Navas-Castillo J, Moriones E (2011) Tomato leaf deformation virus, a novel begomovirus associated with a severe disease of tomato in Peru. Eur J Plant Pathol 129:1–7CrossRef

Sánchez-Campos S, Martínez-Ayala A, Márquez-Martín B, Aragón-Caballero L, Navas-Castillo J, Moriones E (2013) Fulfilling Koch’s postulates confirms the monopartite nature of tomato leaf deformation virus, a begomovirus native to the New World. Virus Res 173:286–293CrossRefPubMed

Saunders K, Bedford ID, Briddon RW, Markham PG, Wong SM, Stanley J (2000) A unique virus complex causes Ageratum yellow vein disease. Proc Natl Acad Sci 97:6890–6895CrossRefPubMedPubMedCentral

Briddon RW, Bull SE, Amin I, Idris AM, Mansoor S, Bedford ID, Dhawan P, Rishi N, Siwatch SS, Abdel-Salam AM, Brown JK, Zafar Y, Markham PG (2003) Diversity of DNA β, a satellite molecule associated with some monopartite begomoviruses. Virology 312:106–121CrossRefPubMed

Briddon RW, Bull SE, Amin I, Mansoor S, Bedford ID, Rishi N, Siwatch SS, Zafar Y, Abdel-Salam AM, Markham PG (2004) Diversity of DNA 1: a satellite-like molecule associated with monopartite begomovirus-DNA β complexes. Virology 324:462–474CrossRefPubMed

Zhou XP, Xie Y, Tao X, Zhang Z, Li Z, Fauquet CM (2003) Characterization of DNAβ associated with begomoviruses in China and evidence for co-evolution with their cognate viral DNA-A. J Gen Virol 84:237–247CrossRefPubMed

Xie Y, Wu PJ, Liu P, Gong HR, Zhou XP (2010) Characterization of alphasatellites associated with monopartite begomovirus/betasatellite complexes in Yunnan, China. Virol J 7:178–187CrossRefPubMedPubMedCentral

10.

Briddon RW, Stanley J (2006) Subviral agents associated with plant single-stranded DNA viruses. Virology 344:198–210CrossRefPubMed

11.

Doyle JJ (1987) A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem Bull 19:11–15

12.

Wyatt SD, Brown JK (1996) Detection of subgroup III geminivirus isolates inleaf extracts by degenerate primers and polymerase chain reaction. Phytopathology 86:1288–1293CrossRef

13.

He ZF, Yu H, Luo FF (2004) Detection of whitefly-transmitted geminivirusesfrom tomato by PCR. Virol Sinca 19:67–69

14.

Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215:403–410CrossRefPubMed

15.

Muhire B, Varsani A, Martin DP (2014) SDT: A virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One 9:e108277CrossRefPubMedPubMedCentral

16.

Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S (2011) MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol 28:2731–2739CrossRefPubMedPubMedCentral

17.

Stenger DC, Revington GN, Stevenson MC, Bisaro DM (1991) Replicational release of geminivirus genomes from tandemly repeated copies: evidence for rolling-circle replication of a plant viral DNA. Proc Natl Acad Sci 88:8029–8803CrossRefPubMedPubMedCentral

18.

Tsai WS, Shih SL, Green SK, Lee LM, Luther GC, Ratulangi MM, Sembel DT, Jan FJ (2009) Identification of a new begomovirus associated with yellow leaf curl diseases of tomato and pepper in Sulawesi, Indonesia. Plant Dis 93:321CrossRef

19.

Kon T, Hidayat SH, Ito K, Hase S, Takahashi H, Ikegami M (2005) Begomoviruses associated with leaf curl disease of tomato in Java, Indonesia. J Phytopathol 153:562–566CrossRef

20.

Briddon RW, Bull SE, Mansoor S, Amin I, Markham PG (2002) Universal primers for the PCR-mediated amplification of DNA β. Mol Biotechnol 20:315–318CrossRefPubMed

21.

Brown JK, Zerbini FM, Navas-Castillo J, Moriones E, Ramos-Sobrinho R, Silva JC, Briddon RW, Fiallo-Olive´ E, Herna´ndez-Zepeda C, Idris A, Malathi VG, Martin DP, Rivera-Bustamante R, Ueda S, Varsani A (2015) Revision of Begomovirus taxonomy based on pairwise sequence comparisons. Arch Virol 160:1593–1619CrossRefPubMed

Titel: Molecular characterization of a novel bipartite begomovirus isolated from Lycianthes biflora in China
verfasst von: Y. F. Tang
Z. F. He
J. K. Brown
X. M. She
G. B. Lan
Publikationsdatum: 25.04.2017
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 8/2017
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-017-3333-1

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