nach oben

Archives of Virology

Erschienen in:

10.12.2019 | Brief Report

TAC1, an unclassified bacteriophage of the family Myoviridae infecting Acinetobacter baumannii with a large burst size and a short latent period

verfasst von: Muhammad Asif, Iqbal Ahmad Alvi, Rabia Tabassum, Shafiq Ur Rehman

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 2/2020

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

Bacteriophage TAC1 was isolated using a clinical isolate of Acinetobacter baumannii as the host. It showed stability over wide pH and temperature range and has exhibited in vitro antibacterial activity when applied at an MOI of 1. It demonstrated a broad intraspecies host range and infected 66% of the isolates tested. It has produced 454 virions from a single bacterium with a short latent period of 15 minutes. TAC1 has a linear dsDNA genome with a length of 101.77 kb and 37.5% GC content. The genome encodes 161 proteins and 13 putative tRNAs. Whole-genome sequence comparisons using BLASTn and phylogenetic analysis showed that TAC1 is related to unclassified bacteriophages of the family Myoviridae.

Nur mit Berechtigung zugänglich

Frère J-M, Rigali S (2016) The alarming increase in antibiotic-resistant bacteria. Drug Target Rev 3:26–30

CLSI (2016) Performance standards for antimicrobial susceptibility testing: 25th informational supplement. In: CLSI document M100-S26 Clinical and Laboratory Standards Institute

Khawaja KA, Rauf M, Abbas Z (2016) A virulent phage JHP against Pseudomonas aeruginosa showed infectivity against multiple genera. J Basic Microbiol 56:1090–1097CrossRef

Lin N-T, Chiou P-Y, Chang K-C, Chen L-K, Lai M-J (2010) Isolation and characterization of ϕAB2: a novel bacteriophage of Acinetobacter baumannii. Res Microbiol 161(4):308–314CrossRef

Yang H, Liang L, Lin S, Jia S (2010) Isolation and characterization of a virulent bacteriophage AB1 of Acinetobacter baumannii. BMC Microbiol 10(1):1–10. https://doi.org/10.1186/1471-2180-10-131 CrossRef

Jin J, Li Z-J, Wang S-W, Wang S-M, Huang D-H, Li Y-H, Ma Y-Y, Wang J, Liu F, Chen X-D, Li G-X, Wang X-T, Wang Z-Q, Zhao G-Q (2012) Isolation and characterization of ZZ1, a novel lytic phage that infects Acinetobacter baumannii clinical isolates. BMC Microbiol 12:156. https://doi.org/10.1186/1471-2180-12-156 CrossRefPubMedPubMedCentral

Abedon ST (2011) Lysis from without. Bacteriophage 1(1):46–49CrossRef

Chaudhry WN, Haq IU, Andleeb S, Qadri I (2014) Characterization of a virulent bacteriophage LK1 specific for Citrobacter freundii isolated from sewage water. J Basic Microbiol 54(6):531–541CrossRef

Roach DR, Leung CY, Henry M, Morello E, Singh D, Di Santo JP, Weitz JS, Debarbieux L (2017) Synergy between the host immune system and bacteriophage is essential for successful phage therapy against an acute respiratory pathogen. Cell Host Microbe 22(1):38–47.e34CrossRef

10.

Bibi Z, Abbas Z, Rehman Su (2016) The phage P. E1 isolated from hospital sewage reduces the growth of Escherichia coli. Biocontrol Sci Technol 26(2):181–188CrossRef

11.

Merabishvili M, Vandenheuvel D, Kropinski AM, Mast J, De Vos D, Verbeken G, Noben J-P, Lavigne R, Vaneechoutte M, Pirnay J-P (2014) Characterization of newly isolated lytic bacteriophages active against Acinetobacter baumannii. PLoS One 9(8):e104853. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0104853 CrossRefPubMedPubMedCentral

12.

Tabassum R, Shafique M, Khawaja KA, Alvi IA, Rehman Y, Sheik CS, Abbas Z, Rehman Su (2018) Complete genome analysis of a Siphoviridae phage TSK1 showing biofilm removal potential against Klebsiella pneumoniae. Sci Rep 8(1):17904. https://doi.org/10.1038/s41598-018-36229-y CrossRefPubMedPubMedCentral

13.

Besemer J, Lomsadze A, Borodovsky M (2001) GeneMarkS: a self-training method for prediction of gene starts in microbial genomes. Implications for finding sequence motifs in regulatory regions. Nucl Acids Res 29(12):2607–2618CrossRef

14.

Aziz RK, Bartels D, Best AA, DeJongh M, Disz T, Edwards RA, Formsma K, Gerdes S, Glass EM, Kubal M (2008) The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology. BMC Genomics 9(1):75CrossRef

15.

Gasteiger E, Gattiker A, Hoogland C, Ivanyi I, Appel RD, Bairoch A (2003) ExPASy: the proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis. Nucl Acids Res 31(13):3784–3788CrossRef

16.

Stothard P (2000) The sequence manipulation suite: JavaScript programs for analyzing and formatting protein and DNA sequences. Biotechniques 28(6):1102–1104CrossRef

17.

Lowe TM, Chan PP (2016) tRNAscan-SE On-line: integrating search and context for analysis of transfer RNA genes. Nucl Acids Res 44(W1):W54–W57CrossRef

18.

Laslett D, Canback B (2004) ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences. Nucl Acids Res 32(1):11–16. https://doi.org/10.1093/nar/gkh152 CrossRefPubMed

19.

Naville M, Ghuillot-Gaudeffroy A, Marchais A, Gautheret D (2011) ARNold: a web tool for the prediction of Rho-independent transcription terminators. RNA Biol 8(1):11–13CrossRef

20.

Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H (2011) SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions. Nat Methods 8(10):785CrossRef

21.

Krogh A, Larsson B, Von Heijne G, Sonnhammer EL (2001) Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: application to complete genomes. J Mol Biol 305(3):567–580CrossRef

22.

Orfanoudaki G, Markaki M, Chatzi K, Tsamardinos I, Economou A (2017) MatureP: prediction of secreted proteins with exclusive information from their mature regions. Sci Rep 7(1):3263. https://doi.org/10.1038/s41598-017-03557-4 CrossRefPubMedPubMedCentral

23.

Lavigne R, Sun W, Volckaert G (2004) PHIRE, a deterministic approach to reveal regulatory elements in bacteriophage genomes. Bioinformatics 20(5):629–635CrossRef

24.

Young R (2013) Phage lysis: do we have the hole story yet? Curr Opin Microbiol 16(6):790–797. https://doi.org/10.1016/j.mib.2013.08.008 CrossRefPubMed

25.

Zhou W, Feng Y, Zong Z (2018) Two new lytic bacteriophages of the Myoviridae family against carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii. Front Microbiol 9:850CrossRef

26.

Catalão MJ, Gil F, Moniz-Pereira J, São-José C, Pimentel M (2013) Diversity in bacterial lysis systems: bacteriophages show the way. FEMS Microbiol Rev 37(4):554–571. https://doi.org/10.1111/1574-6976.12006 CrossRefPubMed

27.

Garneau JR, Depardieu F, Fortier L-C, Bikard D, Monot M (2017) PhageTerm: a tool for fast and accurate determination of phage termini and packaging mechanism using next-generation sequencing data. Sci Rep 7(1):8292CrossRef

28.

Liu J, Mushegian A (2004) Displacements of prohead protease genes in the late operons of double-stranded-DNA bacteriophages. J Bacteriol 186(13):4369–4375. https://doi.org/10.1128/jb.186.13.4369-4375.2004 CrossRefPubMedPubMedCentral

29.

Turner D, Ackermann H-W, Kropinski AM, Lavigne R, Sutton JM, Reynolds DM (2017) Comparative analysis of 37 Acinetobacter bacteriophages. Viruses 10(1):5CrossRef

Titel: TAC1, an unclassified bacteriophage of the family Myoviridae infecting Acinetobacter baumannii with a large burst size and a short latent period
verfasst von: Muhammad Asif
Iqbal Ahmad Alvi
Rabia Tabassum
Shafiq Ur Rehman
Publikationsdatum: 10.12.2019
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 2/2020
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-019-04483-8

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

^{Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag}

Kostenlos registrieren

Neu im Fachgebiet Innere Medizin

Erhöhte Mortalität bei postpartalem Brustkrebs

07.05.2024 Mammakarzinom Nachrichten

Auch für Trägerinnen von BRCA-Varianten gilt: Erkranken sie fünf bis zehn Jahre nach der letzten Schwangerschaft an Brustkrebs, ist das Sterberisiko besonders hoch.

Hypertherme Chemotherapie bietet Chance auf Blasenerhalt

07.05.2024 Harnblasenkarzinom Nachrichten

Eine hypertherme intravesikale Chemotherapie mit Mitomycin kann für Patienten mit hochriskantem nicht muskelinvasivem Blasenkrebs eine Alternative zur radikalen Zystektomie darstellen. Kölner Urologen berichten über ihre Erfahrungen.

Ein Drittel der jungen Ärztinnen und Ärzte erwägt abzuwandern

07.05.2024 Medizinstudium Nachrichten

Extreme Arbeitsverdichtung und kaum Supervision: Dr. Andrea Martini, Sprecherin des Bündnisses Junge Ärztinnen und Ärzte (BJÄ) über den Frust des ärztlichen Nachwuchses und die Vorteile des Rucksack-Modells.

Vorhofflimmern bei Jüngeren gefährlicher als gedacht

06.05.2024 Vorhofflimmern Nachrichten

Immer mehr jüngere Menschen leiden unter Vorhofflimmern. Betroffene unter 65 Jahren haben viele Risikofaktoren und ein signifikant erhöhtes Sterberisiko verglichen mit Gleichaltrigen ohne die Erkrankung.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.

Newsletter bestellen

Bildnachweise

Die Leitlinien für Ärztinnen und Ärzte, Digitale Mammographien links in kraniokaudaler Projektion./© Weigel, S. et al. / all rights reserved Springer Medizin Verlag GmbH, Operation bei Blasenkrebs/© anistidesign / Fotolia, Medizinische Fachangestellte sitzt erschöpft auf der Treppe/© Courtney Haas / peopleimages.com /stock.adobe.com (Symbolbild mit Fotomodell), Mann wird von Ärztin untersucht/© Tashi-Delek, Getty Images, iStock (Symbolbild mit Fotomodellen)

Springer Medizin

Abstract

Bitte loggen Sie sich ein, um Zugang zu diesem Inhalt zu erhalten

Weitere Artikel der Ausgabe 2/2020

Binomial nomenclature for virus species: a consultation

A novel picornavirus identified in wild Macaca mulatta in China

First detection and genetic characterization of a novel kirkovirus from a dead thoroughbred mare in northern Xinjiang, China, in 2018

Genome sequences of chikungunya virus isolates from an outbreak in southwest Bangkok in 2018

Ultrastructure analysis of white spot syndrome virus (WSSV)