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Archives of Virology

Erschienen in:

21.10.2016 | Brief Report

The genome sequence of Dioscorea bacilliform TR virus, a member of the genus Badnavirus infecting Dioscorea spp., sheds light on the possible function of endogenous Dioscorea bacilliform viruses

verfasst von: Marie Umber, Rose-Marie Gomez, Suzia Gélabale, Lydiane Bonheur, Claudie Pavis, Pierre-Yves Teycheney

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 2/2017

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Abstract

The complete genome sequence of Dioscorea bacilliform TR virus (DBTRV) was determined. The closest relatives of DBTRV are Dioscorea bacilliform AL virus (DBALV) and Dioscorea bacilliform RT virus 1 (DBRTV1). Specific primers were designed and used to determine the prevalence of DBTRV in a yam germplasm collection. It was found that this virus infects Dioscorea alata and D. trifida plants in Guadeloupe and French Guyana. DTRBV was not detected in any of the tested D. cayenensis-rotundata accessions. In silico analysis provided evidence for the presence of DBTRV-like endogenous sequences in the genome of D. cayenensis-rotundata, pointing to a possible role of these sequences in antiviral defense.

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FAO Statistics (2014) Rome, Italy. http://www.faostat.fao.org

Maroya N, Asiedu R, Kumar PL, MignounaD Lopez-Montes A, Kleih U, Phillips D, Ndiame F, Ikeorgu J, Otoo E (2014) Yam improvement for income and food security in West Africa: effectiveness of a multi-disciplinary and multi-institutional team-work. J Root Crops 40:85–92

Bhat AI, Hohn T, Selvarajan R (2016) Badnaviruses: the current global scenario. Viruses 8:177CrossRefPubMedCentral

Briddon RW, Phillips S, Brunt A, Hull R (1999) Analysis of the sequence of Dioscorea alata Bacilliform virus; comparison to other members of the badnavirus group. Virus Genes 18:277–283CrossRefPubMed

Seal SE, Muller E (2007) Molecular analysis of a full-length sequence of a new yam badnavirus from Dioscorea sansibarensis. Arch Virol 152:819–825CrossRefPubMed

Bömer M, Turaki AA, Silva G, Kumar PL, Seal SE (2016) A sequence-independent strategy for amplification and characterisation of episomal badnavirus sequences reveals three previously uncharacterised yam badnaviruses. Viruses 8:E188CrossRefPubMed

Yang IC, Hafner GJ, Revill PA, Dale JL, Harding RM (2003) Sequence diversity of South Pacific isolates of Taro bacilliform virus and the development of a PCR-based diagnostic test. Arch Virol 148:1957–1968CrossRefPubMed

Kenyon L, Lebas BSM, Seal SE (2008) Yams (Dioscorea spp.) from the South Pacific Islands contain many novel badnaviruses: implications for international movement of yam germplasm. Arch Virol 153:877–889CrossRefPubMed

Bousalem M, Durand O, Scarcelli N, Lebas BSM, Kenyon L, Marchand JL, Lefort F, Seal SE (2009) Dilemmas caused by endogenous pararetroviruses regarding the taxonomy and diagnosis of yam (Dioscorea spp.) badnaviruses: analyses to support safe germplasm movement. Arch Virol 154:297–314CrossRefPubMed

10.

Umber M, Filloux D, Muller E, Laboureau N, Galzi S, Roumagnac P, Iskra-Caruana ML, Pavis C, Teycheney PY, Seal SE (2014) The genome of African yam (Dioscorea cayenensis–rotundata complex) hosts endogenous sequences from four distinct badnavirus species. Mol Plant Pathol 15(8):790–801CrossRefPubMed

11.

Soltis PS, Soltis DE, Chase MW (1999) Angiosperm phylogeny inferred from multiple genes as a tool for comparative biology. Nature 402:402–404CrossRefPubMed

12.

Umber M, Pichaut JP, Farinas B, Laboureau N, Janzac B, Plaisir-Pineau K, Pressat G, Baurens FC, Chabannes M, Duroy PO, Guiougou C, Delos JM, Jenny C, Iskra-Caruana ML, Salmon F, Teycheney PY (2016) Marker-assisted breeding of Musa balbisiana genitors devoid of infectious endogenous Banana streak virus sequences. Mol Breeding 36(6):1–11CrossRef

13.

Seal S, Turaki A, Muller E, Kumar PL, Kenyon L, Filloux D, Galzi S, Lopez-Montes A, Iskra-Caruana ML (2014) The prevalence of badnaviruses in West African yams (Dioscorea cayenensis–rotundata) and evidence of endogenous pararetrovirus sequences in their genomes. Virus Res 186:144–154CrossRefPubMed

14.

King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ (2012) Virus taxonomy. Ninth report of the international committee on taxonomy of viruses. Elsevier, San Diego

15.

Geering AD, Parry JN, Thomas JE (2011) Complete genome sequence of a novel badnavirus, banana streak IM virus. Arch Virol 156(4):733–737CrossRefPubMed

16.

Hany U, Adams IP, Glover R, Bhat AI, Boonham N (2014) The complete genome sequence of Piper yellow mottle virus (PYMoV). Arch Virol 159(2):385–388CrossRefPubMed

17.

Gayral P, Noa-Carrazana JC, Lescot M, Lheureux F, Lockhart BEL, Matsumoto T, Piffanelli P, Iskra-Caruana ML (2008) A single banana streak virus integration event in the banana genome as the origin of infectious endogenous pararetrovirus. J Virol 82:6697–6710CrossRefPubMedPubMedCentral

18.

Geering ADW, Maumus F, Copetti D, Choisne N, Zwicki D, Zytnicki M, McTaggart AR, Scalabrin S, Vezzulli S, Wing RA, Quesneville H, Teycheney PY (2014) Endogenous florendoviral elements are major components of plant genomes and molecular fossils of reverse-transcribing viruses with unique and variable genome organizations. Nat Commun 5:5269CrossRefPubMedPubMedCentral

19.

Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007) ClustalW and ClustalX version 2.0. Bioinformatics 23:2947–2948CrossRefPubMed

20.

Hasegawa M, Kishino H, Yano T (1985) Dating the human–ape splitting by a molecular clock of mitochondrial DNA. J Mol Evol 2:160–174CrossRef

21.

Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016) MEGA7: Molecular Evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol 33:870–874CrossRef

Titel: The genome sequence of Dioscorea bacilliform TR virus, a member of the genus Badnavirus infecting Dioscorea spp., sheds light on the possible function of endogenous Dioscorea bacilliform viruses
verfasst von: Marie Umber
Rose-Marie Gomez
Suzia Gélabale
Lydiane Bonheur
Claudie Pavis
Pierre-Yves Teycheney
Publikationsdatum: 21.10.2016
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 2/2017
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-016-3113-3

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