nach oben

Archives of Virology

Erschienen in:

01.02.2016 | Annotated Sequence Record

A new tobamovirus infecting tomato crops in Jordan

verfasst von: N. Salem, A. Mansour, M. Ciuffo, B. W. Falk, M. Turina

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 2/2016

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

In this study, we completed the whole genome sequence of a new tobamovirus isolated from tomato plants grown in greenhouses in Jordan during the spring of 2015. The 6393-nt single-stranded RNA (ssRNA) genome encodes four proteins, as do other tobamoviruses: two replication-related proteins of 126 kDa and 183 kDa, a 30-kDa movement protein (MP) and a 17.5-kDa coat protein (CP). Phylogenetic analysis showed that this virus does not group with either the tomato mosaic virus (ToMV) or the tobacco mosaic virus (TMV) clades. Instead, it stems from a branch leading to the TMV clade. Analysis of possible recombination events between this virus and representative isolates of closely related tomato-infecting tobamoviruses showed that at least one region originated by recombination. We provide evidence that we have identified a new tobamovirus, for which we propose the name “tomato brown rugose fruit virus”.

Nur mit Berechtigung zugänglich

Adams MJ, Antoniw JF, Kreuze J (2009) Virgaviridae: a new family of rod-shaped plant viruses. Arch Virol 154:1967–1972CrossRefPubMed

Pagan I, Firth C, Holmes EC (2010) Phylogenetic analysis reveals rapid evolutionary dynamics in the plant RNA virus genus Tobamovirus. J Mol Evol 71:298–307CrossRefPubMed

Hanssen IM, Lapidot M, Thomma BPHJ (2010) Emerging viral diseases of tomato crops. Mol Plant Microbe Interact 23:539–548CrossRefPubMed

Li R, Gao S, Fei Z, Ling KS (2013) Complete genome sequence of a new tobamovirus naturally infecting tomatoes in Mexico. Genome Announc 1(5). doi:10.1128/genomeA.00794-13

Li YY, Wang CL, Xiang D, Li RH, Liu Y, Li F (2014) First report of tomato mottle mosaic virus infection of pepper in China. Plant Dis 98:1447CrossRef

Webster CG, Rosskopf EN, Lucas L, Mellinger HC, Adkins S (2014) First report of tomato mottle mosaic virus infecting tomato in the United States. Plant Health Prog 15:2

Broadbent L (1976) Epidemiology and control of tomato mosaic virus. Annu Rev Phytopathol 14:75–96CrossRef

Beijerinck MW (1898) Concerning a contagium vivum fluidum as a cause of the spot-disease of tobacco leaves. Verhandelingen der Koninklijke Akademie Wetenschappen te Amsterdam 65:3–21

Scholthof KBG (2004) Tobacco mosaic virus: a model system for plant biology. Annu Rev Phytopathol 42:13–34CrossRefPubMed

10.

Wieczorek P, Obrepalska-Steplowska A (2013) Multiplex RT-PCR reaction for simultaneous detection of tomato torrado virus and pepino mosaic virus co-infecting Solanum lycopersicum. J Plant Prot Res 53:289–294CrossRef

11.

Du ZY, Chen JS, Hiruki C (2006) Optimization and application of a multiplex RT-PCR system for simultaneous detection of five potato viruses using 18S rRNA as an internal control. Plant Dis 90:185–189CrossRef

12.

Parrella G, Lanave C, Marchoux G, Sialer MMF, Di Franco A, Gallitelli D (2000) Evidence for two distinct subgroups of Alfalfa mosaic virus (AMV) from France and Italy and their relationships with other AMV strains. Arch Virol 145:2659–2667CrossRefPubMed

13.

Salem NM, Mansour A, Badwan H (2012) Identification and partial characterization of Tomato spotted wilt virus on lettuce in Jordan. J Plant Pathol 94:431–435

14.

Dovas CI, Efthimiou K, Katis NI (2004) Generic detection and differentiation of tobamoviruses by a spot nested RT-PCR-RFLP using dI-containing primers along with homologous dG-containing primers. J Virol Methods 117:137–144CrossRefPubMed

15.

Clark MF, Adams AN (1977) Characteristics of the micro plate method of enzyme linked immuno sorbent assay for the detection of plant viruses. J Gen Virol 34:475–483CrossRefPubMed

16.

Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215:403–410CrossRefPubMed

17.

Ciuffo M, Tavella L, Pacifico D, Masenga V, Turina M (2008) A member of a new Tospovirus species isolated in Italy from wild buckwheat (Polygonum convolvulus). Arch Virol 153:2059–2068CrossRefPubMed

18.

Rastgou M, Habibi MK, Izadpanah K, Masenga V, Milne RG, Wolf YI, Koonin EV, Turina M (2009) Molecular characterization of the plant virus genus Ourmiavirus and evidence of inter-kingdom reassortment of viral genome segments as its possible route of origin. J Gen Virol 90:2525–2535PubMedCentralCrossRefPubMed

19.

Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S (2013) MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol Biol Evol 30:2725–2729PubMedCentralCrossRefPubMed

20.

Saitou N, Nei M (1987) The neighbor-joining method—a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol 4:406–425PubMed

21.

Campanella JJ, Bitincka L, Smalley J (2003) MatGAT: an application that generates similarity/identity matrices using protein or DNA sequences. BMC Bioinform 4:29CrossRef

22.

Martin DP, Lemey P, Lott M, Moulton V, Posada D, Lefeuvre P (2010) RDP3: a flexible and fast computer program for analyzing recombination. Bioinformatics 26:2462–2463PubMedCentralCrossRefPubMed

Titel: A new tobamovirus infecting tomato crops in Jordan
verfasst von: N. Salem
A. Mansour
M. Ciuffo
B. W. Falk
M. Turina
Publikationsdatum: 01.02.2016
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 2/2016
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-015-2677-7

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

^{Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag}

Kostenlos registrieren

Neu im Fachgebiet Innere Medizin

Notfall-TEP der Hüfte ist auch bei 90-Jährigen machbar

26.04.2024 Hüft-TEP Nachrichten

Ob bei einer Notfalloperation nach Schenkelhalsfraktur eine Hemiarthroplastik oder eine totale Endoprothese (TEP) eingebaut wird, sollte nicht allein vom Alter der Patientinnen und Patienten abhängen. Auch über 90-Jährige können von der TEP profitieren.

Niedriger diastolischer Blutdruck erhöht Risiko für schwere kardiovaskuläre Komplikationen

25.04.2024 Hypotonie Nachrichten

Wenn unter einer medikamentösen Hochdrucktherapie der diastolische Blutdruck in den Keller geht, steigt das Risiko für schwere kardiovaskuläre Ereignisse: Darauf deutet eine Sekundäranalyse der SPRINT-Studie hin.

Bei schweren Reaktionen auf Insektenstiche empfiehlt sich eine spezifische Immuntherapie

25.04.2024 Allergien und Intoleranzreaktionen Nachrichten

Insektenstiche sind bei Erwachsenen die häufigsten Auslöser einer Anaphylaxie. Einen wirksamen Schutz vor schweren anaphylaktischen Reaktionen bietet die allergenspezifische Immuntherapie. Jedoch kommt sie noch viel zu selten zum Einsatz.

Therapiestart mit Blutdrucksenkern erhöht Frakturrisiko

25.04.2024 Hypertonie Nachrichten

Beginnen ältere Männer im Pflegeheim eine Antihypertensiva-Therapie, dann ist die Frakturrate in den folgenden 30 Tagen mehr als verdoppelt. Besonders häufig stürzen Demenzkranke und Männer, die erstmals Blutdrucksenker nehmen. Dafür spricht eine Analyse unter US-Veteranen.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.

Newsletter bestellen

Springer Medizin

Abstract

Bitte loggen Sie sich ein, um Zugang zu diesem Inhalt zu erhalten

Weitere Artikel der Ausgabe 2/2016

Protein kinase R (PKR) plays a pro-viral role in porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) replication by modulating viral gene transcription

Pseudorabies in farmed foxes fed pig offal in Shandong province, China

New poleroviruses associated with yellowing symptoms in different vegetable crops in Greece

Diversity and evolutionary history of lettuce necrotic yellows virus in Australia and New Zealand

Noncytopathic bovine viral diarrhea virus 2 impairs virus control in a mouse model

Amino acid residues at positions 222 and 227 of the hemagglutinin together with the neuraminidase determine binding of H5 avian influenza viruses to sialyl Lewis X