nach oben

Archives of Virology

Erschienen in:

12.09.2016 | Annotated Sequence Record

Characteristics and complete genome analysis of a novel jumbo phage infecting pathogenic Bacillus pumilus causing ginger rhizome rot disease

verfasst von: Yihui Yuan, Meiying Gao

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 12/2016

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

Tailed phages with genomes larger than 200 kbp are classified as jumbo phage and exhibit extremely high diversity. In this study, a novel jumbo phage, vB_BpuM_BpSp, infecting pathogenic Bacillus pumilus, the cause of ginger rhizome rot disease, was isolated. Notable features of phage vB_BpuM_BpSp are the large phage capsid of 137 nm and baseplate-attached curly tail fibers. The genome of the phage is 255,569 bp in size with G+C content of 25.9 %, and it shows low similarity to known biological entities. The phage genome contains 318 predicted coding sequences. Among these predicted coding sequences, 26 genes responsible for nucleotide metabolism were found, and seven structural genes could be identified. The findings of this study provide new understanding of the genetic diversity of phages.

Nur mit Berechtigung zugänglich

Abbasifar R, Griffiths MW, Sabour PM, Ackermann HW, Vandersteegen K, Lavigne R, Noben JP, Villa AA, Abbasifar A, Nash JHE, Kropinski AM (2014) Supersize me: Cronobacter sakazakii phage GAP32. Virology 460:138–146CrossRefPubMed

Ackermann HW, Yoshino S, Ogata S (1995) A Bacillus phage that is a living fossil. Can J Microbiol 41:294–297CrossRef

Ackermann HW, Prangishvili D (2012) Prokaryote viruses studied by electron microscopy. Arch Virol 157:1843–1849CrossRefPubMed

Belyaeva NN, Azizbeky RR (1968) Fine structure of new Bacillus subtilis phage Ar9 with complex morphology. Virology 34:176CrossRefPubMed

Chang HC, Chen CR, Lin JW, Shen GH, Chang KM, Tseng YH, Weng SF (2005) Isolation and characterization of novel giant Stenotrophomonas maltophilia phage phi SMA5. Appl Environ Microb 71:1387–1393CrossRef

Cole JR, Wang Q, Fish JA, Chai BL, McGarrell DM, Sun YN, Brown CT, Porras-Alfaro A, Kuske CR, Tiedje JM (2014) Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis. Nucleic Acids Res 42:D633–D642CrossRefPubMed

Drulis-Kawa Z, Olszak T, Danis K, Majkowska-Skrobek G, Ackermann HW (2014) A giant Pseudomonas phage from Poland. Arch Virol 159:567–572CrossRefPubMed

Eiserlin FA (1967) Structure of Bacillus subtilis bacteriophage Pbs 1. J Ultra Mol Struct R 17:342–347CrossRef

Hendrix RW (2009) Jumbo bacteriophages. Curr Top Microbiol 328:229–240

10.

Hertveldt K, Lavigne R, Pleteneva E, Sernova N, Kurochkina L, Korchevskii R, Robben J, Mesyanzhinov V, Krylov VN, Volckaert G (2005) Genome comparison of Pseudomonas aeruginosa large phages. J Mol Biol 354:536–545CrossRefPubMed

11.

Hu B, Margolin W, Molineux IJ, Liu J (2015) Structural remodeling of bacteriophage T4 and host membranes during infection initiation. Proc Natl Acad Sci USA 112:E4919–E4928CrossRefPubMedPubMedCentral

12.

Jin T, Zhang X, Zhang Y, Hu Z, Fu Z, Fan J, Wu M, Wang Y, Shen P, Chen X (2014) Biological and genomic analysis of a PBSX-like defective phage induced from Bacillus pumilus AB94180. Arch Virol 159:739–752CrossRefPubMed

13.

Kiljunen S, Hakala K, Pinta E, Huttunen S, Pluta P, Gador A, Lonnberg H, Skurnik M (2005) Yersiniophage phi R1-37 is a tailed bacteriophage having a 270 kb DNA genome with thymidine replaced by deoxyuridine. Microbiol-Sgm 151:4093–4102CrossRef

14.

Lecoutere E, Ceyssens PJ, Miroshnikov KA, Mesyanzhinov VV, Krylov VN, Noben JP, Robben J, Hertveldt K, Volckaert G, Lavigne R (2009) Identification and comparative analysis of the structural proteomes of phi KZ and EL, two giant Pseudomonas aeruginosa bacteriophages. Proteomics 9:3215–3219CrossRefPubMed

15.

Mizuno CM, Rodriguez-Valera F, Kimes NE, Ghai R (2013) Expanding the marine virosphere using metagenomics. PLoS Genet 9:e1003987CrossRefPubMedPubMedCentral

16.

Murphy JS, Philipson L (1962) Purification of B. megatherium phage G and evidence for a muralytic enzyme as an integral part of the phage. J Gen Physiol 45:155–168CrossRefPubMedPubMedCentral

17.

Peng Q, Yuan YH, Gao MY (2013) Bacillus pumilus, a novel ginger rhizome rot pathogen in China. Plant Dis 97:1308–1315CrossRef

18.

Rohwer F (2003) Global phage diversity. Cell 113:141CrossRefPubMed

19.

Schade SZ, Adler J, Ris H (1967) How bacteriophage chi attacks motile bacteria. J Virol 1:599–609PubMedPubMedCentral

20.

Schattner P, Brooks AN, Lowe TM (2005) The tRNAscan-SE, snoscan and snoGPS web servers for the detection of tRNAs and snoRNAs. Nucleic Acids Res 33:W686–W689CrossRefPubMedPubMedCentral

21.

Serwer P, Hayes SJ, Thomas JA, Hardies SC (2007) Propagating the missing bacteriophages: a large bacteriophage in a new class. Virol J 4:21CrossRefPubMedPubMedCentral

22.

Skurnik M, Hyytiainen HJ, Happonen LJ, Kiljunen S, Datta N, Mattinen L, Williamson K, Kristo P, Szeliga M, Kalin-Manttari L, Ahola-Iivarinen E, Kalkkinen N, Butcher SJ (2012) Characterization of the genome, proteome, and structure of yersiniophage phi R1-37. J Virol 86:12625–12642CrossRefPubMedPubMedCentral

23.

Thomas JA, Hardies SC, Rolando M, Hayes SJ, Lieman K, Carroll CA, Weintraub ST, Serwer P (2007) Complete genomic sequence and mass spectrometric analysis of highly diverse, atypical Bacillus thuringiensis phage 0305 phi 8-36. Virology 368:405–421CrossRefPubMedPubMedCentral

24.

Yamada T, Satoh S, Ishikawa H, Fujiwara A, Kawasaki T, Fujie M, Ogata H (2010) A jumbo phage infecting the phytopathogen Ralstonia solanacearum defines a new lineage of the Myoviridae family. Virology 398:135–147CrossRefPubMed

25.

Yuan YH, Gao MY, Wu DD, Liu PM, Wu Y (2012) Genome Characteristics of a Novel Phage from Bacillus thuringiensis Showing High Similarity with Phage from Bacillus cereus. Plos One 7:e37557CrossRefPubMedPubMedCentral

26.

Yuan YH, Gao MY (2015) Genomic analysis of a ginger pathogen Bacillus pumilus providing the understanding to the pathogenesis and the novel control strategy. Sci Rep-UK 5:10259CrossRef

27.

Zerbino DR, Birney E (2008) Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. Genome Res 18:821–829CrossRefPubMedPubMedCentral

Titel: Characteristics and complete genome analysis of a novel jumbo phage infecting pathogenic Bacillus pumilus causing ginger rhizome rot disease
verfasst von: Yihui Yuan
Meiying Gao
Publikationsdatum: 12.09.2016
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 12/2016
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-016-3053-y

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

^{Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag}

Kostenlos registrieren

Neu im Fachgebiet Innere Medizin

Bessere Prognose mit links- statt rechtsseitigem Kolon-Ca.

06.05.2024 Kolonkarzinom Nachrichten

Menschen mit linksseitigem Kolonkarzinom leben im Mittel zweieinhalb Jahre länger als solche mit rechtsseitigem Tumor. Auch aktuell ist das Sterberisiko bei linksseitigen Tumoren US-Daten zufolge etwa um 11% geringer als bei rechtsseitigen.

Echinokokkose medikamentös behandeln oder operieren?

06.05.2024 DCK 2024 Kongressbericht

Die Therapie von Echinokokkosen sollte immer in spezialisierten Zentren erfolgen. Eine symptomlose Echinokokkose kann – egal ob von Hunde- oder Fuchsbandwurm ausgelöst – konservativ erfolgen. Wenn eine Op. nötig ist, kann es sinnvoll sein, vorher Zysten zu leeren und zu desinfizieren.

Aquatherapie bei Fibromyalgie wirksamer als Trockenübungen

03.05.2024 Fibromyalgiesyndrom Nachrichten

Bewegungs-, Dehnungs- und Entspannungsübungen im Wasser lindern die Beschwerden von Patientinnen mit Fibromyalgie besser als das Üben auf trockenem Land. Das geht aus einer spanisch-brasilianischen Vergleichsstudie hervor.

Wo hapert es noch bei der Umsetzung der POMGAT-Leitlinie?

03.05.2024 DCK 2024 Kongressbericht

Seit November 2023 gibt es evidenzbasierte Empfehlungen zum perioperativen Management bei gastrointestinalen Tumoren (POMGAT) auf S3-Niveau. Vieles wird schon entsprechend der Empfehlungen durchgeführt. Wo es im Alltag noch hapert, zeigt eine Umfrage in einem Klinikverbund.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.

Newsletter bestellen

Live-Webinar "Chronische Unterbauch- und Viszeralschmerzen in der Praxis managen"

Springer Medizin

Abstract

Bitte loggen Sie sich ein, um Zugang zu diesem Inhalt zu erhalten

Weitere Artikel der Ausgabe 12/2016

Detection and molecular identification of leishmania RNA virus (LRV) in Iranian Leishmania species

The sequence of the full spike S1 glycoprotein of infectious bronchitis virus circulating in Egypt reveals evidence of intra-genotypic recombination

Eric Carstens: new life member of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)

Complete genome sequence and evolution analysis of Eimeria stiedai RNA virus 1, a novel member of the family Totiviridae

Detection of koala retrovirus subgroup B (KoRV-B) in animals housed at European zoos