nach oben

Archives of Virology

Erschienen in:

15.03.2017 | Brief Report

Cloning, sequencing and characterization of the genome of a recombinant norovirus of the rare genotype GII.P7/GII.6 in China

verfasst von: Hui Cai, Yongxin Yu, Miao Jin, Yingjie Pan, Shuling Yan, Yongjie Wang

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 7/2017

Einloggen, um Zugang zu erhalten

Abstract

The genome sequence of a rare recombinant norovirus (NoV) genotype obtained from clinical samples in China was determined using one-step reverse transcription PCR. It was identified as the GII.P7/GII.6 genotype using both phylogenetic and SimPlot analyses. A high degree of variability was observed in the P2 subdomain, especially in the B-loop structure. The recombination breakpoints of all available GII.P7/GII.6 strains were mapped to two different positions within the RdRp region, both of which were at least 40 nt upstream of the overlap of ORF1 and 2. The GII.P7/GII.6 genotype appears to have been circulating in Asia for at least 10 years.

Nur mit Berechtigung zugänglich

Green KY, Ando T, Balayan MS, Berke T, Clarke IN, Estes MK, Matson DO, Nakata S, Neill JD, Studdert MJ, Thiel HJ (2000) Taxonomy of the caliciviruses. J Infect Dis 181(Suppl 2):S322–S330. doi:10.1086/315591 CrossRefPubMed

Patel MM, Widdowson MA, Glass RI, Akazawa K, Vinje J, Parashar UD (2008) Systematic literature review of role of noroviruses in sporadic gastroenteritis. Emerg Infect Dis 14(8):1224–1231. doi:10.3201/eid1408.071114 CrossRefPubMedPubMedCentral

Xi JN, Graham DY, Wang KN, Estes MK (1990) Norwalk virus genome cloning and characterization. Science 250(4987):1580–1583CrossRefPubMed

Liu W, Chen Y, Jiang X, Xia M, Yang Y, Tan M, Li X, Rao Z (2015) A Unique Human Norovirus Lineage with a Distinct HBGA Binding Interface. PLoS Pathog 11(7):e1005025. doi:10.1371/journal.ppat.1005025 CrossRefPubMedPubMedCentral

Bull RA, Hansman GS, Clancy LE, Tanaka MM, Rawlinson WD, White PA (2005) Norovirus recombination in ORF1/ORF2 overlap. Emerg Infect Dis 11(7):1079–1085. doi:10.3201/eid1107.041273 CrossRefPubMedPubMedCentral

Bull RA, Tanaka MM, White PA (2007) Norovirus recombination. J General Virol 88(Pt 12):3347–3359. doi:10.1099/vir.0.83321-0 CrossRef

White PA (2014) Evolution of norovirus. Clin Microbiol Infect Off Publ Eur Soc Clin Microbiol Infect Dis 20(8):741–745. doi:10.1111/1469-0691.12746

Zhang H, Cockrell SK, Kolawole AO, Rotem A, Serohijos AW, Chang CB, Tao Y, Mehoke TS, Han Y, Lin JS, Giacobbi NS, Feldman AB, Shakhnovich E, Weitz DA, Wobus CE, Pipas JM (2015) Isolation and analysis of rare norovirus recombinants from coinfected mice using drop-based microfluidics. J Virol 89(15):7722–7734. doi:10.1128/JVI.01137-15 CrossRefPubMedPubMedCentral

Yu Y, Yan S, Li B, Pan Y, Wang Y (2014) Genetic diversity and distribution of human norovirus in China (1999–2011). BioMed Res Int 2014:196169. doi:10.1155/2014/196169 PubMedPubMedCentral

10.

Tian G, Jin M, Li H, Li Q, Wang J, Duan ZJ (2014) Clinical characteristics and genetic diversity of noroviruses in adults with acute gastroenteritis in Beijing, China in 2008-2009. J Med Virol 86(7):1235–1242. doi:10.1002/jmv.23802 CrossRefPubMed

11.

Rajko-Nenow P, Waters A, Keaveney S, Flannery J, Tuite G, Coughlan S, O’Flaherty V, Dore W (2013) Norovirus genotypes present in oysters and in effluent from a wastewater treatment plant during the seasonal peak of infections in Ireland in 2010. Appl Environ Microbiol 79(8):2578–2587. doi:10.1128/AEM.03557-12 CrossRefPubMedPubMedCentral

12.

Fajardo A, Tort FL, Victoria M, Fumian TM, Miagostovich MP, Leite JP, Cristina J, Colina R (2014) Phylogenetic analyses of Norovirus strains detected in Uruguay reveal the circulation of the novel GII.P7/GII.6 recombinant variant. Infect Genet Evol J Mol Epidemiol Evolut Genet Infect Dis 28:328–332. doi:10.1016/j.meegid.2014.10.026

13.

Kroneman A, Vega E, Vennema H, Vinje J, White PA, Hansman G, Green K, Martella V, Katayama K, Koopmans M (2013) Proposal for a unified norovirus nomenclature and genotyping. Arch Virol 158(10):2059–2068. doi:10.1007/s00705-013-1708-5 CrossRefPubMed

14.

Eden JS, Tanaka MM, Boni MF, Rawlinson WD, White PA (2013) Recombination within the pandemic norovirus GII.4 lineage. J Virol 87(11):6270–6282. doi:10.1128/JVI.03464-12 CrossRefPubMedPubMedCentral

15.

Rohayem J, Munch J, Rethwilm A (2005) Evidence of recombination in the norovirus capsid gene. J Virol 79(8):4977–4990. doi:10.1128/JVI.79.8.4977-4990.2005 CrossRefPubMedPubMedCentral

16.

Siqueira JAM, da Silva Bandeira R, Justino MCA, da Costa Linhares A, Gabbay YB (2016) Characterization of novel intragenotype recombination events among norovirus pandemic GII. 4 variants. Infect Genet Evol 44:361–366CrossRefPubMed

17.

de Graaf M, van Beek J, Koopmans MP (2016) Human norovirus transmission and evolution in a changing world. Nature Rev Microbiol 14(7):421–433. doi:10.1038/nrmicro.2016.48 CrossRef

18.

Arias A, Thorne L, Ghurburrun E, Bailey D, Goodfellow I (2016) Norovirus polymerase fidelity contributes to viral transmission in vivo. mSphere. doi:10.1128/mSphere.00279-16

19.

Lai MM (1992) RNA recombination in animal and plant viruses. Microbiol Rev 56(1):61–79PubMedPubMedCentral

20.

Kojima S, Kageyama T, Fukushi S, Hoshino FB, Shinohara M, Uchida K, Natori K, Takeda N, Katayama K (2002) Genogroup-specific PCR primers for detection of Norwalk-like viruses. J Virol Methods 100(1–2):107–114CrossRefPubMed

21.

Kageyama T, Kojima S, Shinohara M, Uchida K, Fukushi S, Hoshino FB, Takeda N, Katayama K (2003) Broadly reactive and highly sensitive assay for Norwalk-like viruses based on real-time quantitative reverse transcription-PCR. J Clin Microbiol 41(4):1548–1557CrossRefPubMedPubMedCentral

Titel: Cloning, sequencing and characterization of the genome of a recombinant norovirus of the rare genotype GII.P7/GII.6 in China
verfasst von: Hui Cai
Yongxin Yu
Miao Jin
Yingjie Pan
Shuling Yan
Yongjie Wang
Publikationsdatum: 15.03.2017
Verlag: Springer Vienna
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 7/2017
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-017-3325-1

Leitlinien kompakt für die Innere Medizin

Mit medbee Pocketcards sicher entscheiden.

^{Seit 2022 gehört die medbee GmbH zum Springer Medizin Verlag}

Kostenlos registrieren

Neu im Fachgebiet Innere Medizin

Notfall-TEP der Hüfte ist auch bei 90-Jährigen machbar

26.04.2024 Hüft-TEP Nachrichten

Ob bei einer Notfalloperation nach Schenkelhalsfraktur eine Hemiarthroplastik oder eine totale Endoprothese (TEP) eingebaut wird, sollte nicht allein vom Alter der Patientinnen und Patienten abhängen. Auch über 90-Jährige können von der TEP profitieren.

Niedriger diastolischer Blutdruck erhöht Risiko für schwere kardiovaskuläre Komplikationen

25.04.2024 Hypotonie Nachrichten

Wenn unter einer medikamentösen Hochdrucktherapie der diastolische Blutdruck in den Keller geht, steigt das Risiko für schwere kardiovaskuläre Ereignisse: Darauf deutet eine Sekundäranalyse der SPRINT-Studie hin.

Bei schweren Reaktionen auf Insektenstiche empfiehlt sich eine spezifische Immuntherapie

25.04.2024 Allergien und Intoleranzreaktionen Nachrichten

Insektenstiche sind bei Erwachsenen die häufigsten Auslöser einer Anaphylaxie. Einen wirksamen Schutz vor schweren anaphylaktischen Reaktionen bietet die allergenspezifische Immuntherapie. Jedoch kommt sie noch viel zu selten zum Einsatz.

Therapiestart mit Blutdrucksenkern erhöht Frakturrisiko

25.04.2024 Hypertonie Nachrichten

Beginnen ältere Männer im Pflegeheim eine Antihypertensiva-Therapie, dann ist die Frakturrate in den folgenden 30 Tagen mehr als verdoppelt. Besonders häufig stürzen Demenzkranke und Männer, die erstmals Blutdrucksenker nehmen. Dafür spricht eine Analyse unter US-Veteranen.

Update Innere Medizin

Bestellen Sie unseren Fach-Newsletter und bleiben Sie gut informiert.

Newsletter bestellen

Springer Medizin

Abstract

Bitte loggen Sie sich ein, um Zugang zu diesem Inhalt zu erhalten

Weitere Artikel der Ausgabe 7/2017

Genome sequences of a capulavirus infecting Plantago lanceolata in the Åland archipelago of Finland

Characterization of a new badnavirus from Wisteria sinensis

Molecular characterization of a new begomovirus infecting Mirabilis jalapa in northern India

An update on the rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) strains circulating in Portugal in the 1990s: earliest detection of G3-G5 and G6

Identification of host factors potentially involved in RTM-mediated resistance during potyvirus long distance movement

Incidence and molecular diversity of poleroviruses infecting cucurbit crops and weed plants in Thailand