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Erschienen in: Archives of Virology 9/2013

01.09.2013 | Annotated Sequence Record

Complete genome sequence of a South Korean isolate of Brugmansia mosaic virus

verfasst von: Fumei Zhao, Seungmo Lim, Ran Hee Yoo, Hyoun-Sub Lim, Suk-Yoon Kwon, Su-Heon Lee, Jae Sun Moon

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 9/2013

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Abstract

We determined the complete genome sequence of a South Korean (SK) isolate of Brugmansia mosaic virus (BruMV), which has recently been proposed to be a member of a new species in the genus Potyvirus. The genomic RNA of BruMV isolate SK is 9781 nucleotides in length (excluding the 3′-terminal poly (A)) and shares complete nucleotide and polyprotein amino acid sequence identities of 85.6 % and 93.1 %, respectively, with the type isolate (D-437) of BruMV described in the USA. To our knowledge, this is the first report providing evidence of considerable sequence variation in BruMV.
Literatur
1.
Zurück zum Zitat Allander T, Tammi MT, Eriksson M, Bjerkner A, Tiveljung-Lindell A, Andersson B (2005) Cloning of a human parvovirus by molecular screening of respiratory tract samples. Proc Natl Acad Sci USA 102:12891–12896PubMedCrossRef Allander T, Tammi MT, Eriksson M, Bjerkner A, Tiveljung-Lindell A, Andersson B (2005) Cloning of a human parvovirus by molecular screening of respiratory tract samples. Proc Natl Acad Sci USA 102:12891–12896PubMedCrossRef
2.
Zurück zum Zitat Chen J, Chen J, Adams MJ (2001) A universal PCR primer to detect members of the Potyviridae and its use to examine the taxonomic status of several members of the family. Arch Virol 146:757–766PubMedCrossRef Chen J, Chen J, Adams MJ (2001) A universal PCR primer to detect members of the Potyviridae and its use to examine the taxonomic status of several members of the family. Arch Virol 146:757–766PubMedCrossRef
3.
Zurück zum Zitat Chung BY, Miller WA, Atkins JF, Firth AE (2008) An overlapping essential gene in the Potyviridae. Proc Natl Acad Sci USA 105:5897–5902PubMedCrossRef Chung BY, Miller WA, Atkins JF, Firth AE (2008) An overlapping essential gene in the Potyviridae. Proc Natl Acad Sci USA 105:5897–5902PubMedCrossRef
4.
Zurück zum Zitat Damsteegt VD, Stone AL, Smith OP, McDaniel L, Sherman DJ, Dardick C, Hammond J, Jordan R, Schneider WL (2013) A previously undescribed potyvirus isolated and characterized from arborescent Brugmansia. Arch Virol (in press) doi: 10.1007/s00705-012-1600-8 Damsteegt VD, Stone AL, Smith OP, McDaniel L, Sherman DJ, Dardick C, Hammond J, Jordan R, Schneider WL (2013) A previously undescribed potyvirus isolated and characterized from arborescent Brugmansia. Arch Virol (in press) doi: 10.​1007/​s00705-012-1600-8
5.
Zurück zum Zitat Gubler U, Hoffman BJ (1983) A simple and very efficient method for generating cDNA libraries. Gene 25:263–269PubMedCrossRef Gubler U, Hoffman BJ (1983) A simple and very efficient method for generating cDNA libraries. Gene 25:263–269PubMedCrossRef
6.
Zurück zum Zitat Kadaré G, Haenni AL (1997) Virus-encoded RNA helicases. J Virol 71:2583–2590PubMed Kadaré G, Haenni AL (1997) Virus-encoded RNA helicases. J Virol 71:2583–2590PubMed
7.
Zurück zum Zitat Kahn RP, Bartels R (1968) The Colombian datura virus—a new virus in the potato virus Y group. Phytopathology 58:587–592 Kahn RP, Bartels R (1968) The Colombian datura virus—a new virus in the potato virus Y group. Phytopathology 58:587–592
8.
Zurück zum Zitat Lucinda N, Nagata T, Inoue-Nagata AK, Salaroli RB, Kitajima EW (2008) Brugmansia suaveolens mottle virus, a novel potyvirus causing leaf mottling of Brugmansia suaveolens in Brazil. Arch Virol 153:1971–1976PubMedCrossRef Lucinda N, Nagata T, Inoue-Nagata AK, Salaroli RB, Kitajima EW (2008) Brugmansia suaveolens mottle virus, a novel potyvirus causing leaf mottling of Brugmansia suaveolens in Brazil. Arch Virol 153:1971–1976PubMedCrossRef
9.
Zurück zum Zitat Nam M, Kim SM, Domier LL, Koh S, Moon JK, Choi HS, Kim HG, Moon JS, Lee SH (2009) Nucleotide sequence and genomic organization of a newly identified member of the genus Carmovirus, soybean yellow mottle mosaic virus, from soybean. Arch Virol 154:1679–1684PubMedCrossRef Nam M, Kim SM, Domier LL, Koh S, Moon JK, Choi HS, Kim HG, Moon JS, Lee SH (2009) Nucleotide sequence and genomic organization of a newly identified member of the genus Carmovirus, soybean yellow mottle mosaic virus, from soybean. Arch Virol 154:1679–1684PubMedCrossRef
10.
Zurück zum Zitat Riechmann JL, Lain S, Garcia JA (1992) Highlights and prospects of potyvirus molecular biology. J Gen Virol 73:1–16PubMedCrossRef Riechmann JL, Lain S, Garcia JA (1992) Highlights and prospects of potyvirus molecular biology. J Gen Virol 73:1–16PubMedCrossRef
11.
Zurück zum Zitat Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S (2011) MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol 28:2731–2739PubMedCrossRef Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S (2011) MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol 28:2731–2739PubMedCrossRef
12.
Zurück zum Zitat Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994) Clustal W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res 22:4673–4680PubMedCrossRef Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994) Clustal W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res 22:4673–4680PubMedCrossRef
Metadaten
Titel
Complete genome sequence of a South Korean isolate of Brugmansia mosaic virus
verfasst von
Fumei Zhao
Seungmo Lim
Ran Hee Yoo
Hyoun-Sub Lim
Suk-Yoon Kwon
Su-Heon Lee
Jae Sun Moon
Publikationsdatum
01.09.2013
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 9/2013
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-013-1693-8

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