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Erschienen in: Archives of Virology 10/2017

10.07.2017 | Annotated Sequence Record

Complete genome sequence of rice virus A, a new member of the family Tombusviridae

verfasst von: Fumei Zhao, Dasom Baek, Davaajargal Igori, Ju Young Bae, Sang-Min Kim, Ji-Eun Ra, Ki Do Park, Bong Choon Lee, Jae Sun Moon

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 10/2017

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Abstract

An evaluation of the virus population in rice plants using next-generation sequencing technologies resulted in the discovery of a new RNA virus, tentatively named rice virus A (RVA). The complete RVA genome sequence was determined and analyzed, revealing a genome organization resembling that of viruses classified in the genera Aureusvirus, Tombusvirus and Zeavirus within the family Tombusviridae. With 4,832 nucleotides, the RVA genome may be the largest monopartite genome sequenced to date in the family Tombusviridae. The 453-amino acid RVA coat protein shares the highest identity with the gp3 protein of an unclassified carascovirus, SF1 (GenBank accession no. KF510027) isolated from San Francisco wastewater, rather than the coat protein of any known member of the family Tombusviridae. These novel characteristics represent a significant divergence from the genomes of viruses belonging to the sixteen existing genera of the family Tombusviridae, demonstrating that RVA is likely a new family member.
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Literatur
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Metadaten
Titel
Complete genome sequence of rice virus A, a new member of the family Tombusviridae
verfasst von
Fumei Zhao
Dasom Baek
Davaajargal Igori
Ju Young Bae
Sang-Min Kim
Ji-Eun Ra
Ki Do Park
Bong Choon Lee
Jae Sun Moon
Publikationsdatum
10.07.2017
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 10/2017
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-017-3472-4

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