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Erschienen in: Archives of Virology 8/2019

23.05.2019 | Annotated Sequence Record

Detection and genome characterization of a novel member of the genus Polerovirus from zucchini (Cucurbita pepo) in China

verfasst von: Bin Peng, Baoshan Kang, Huijie Wu, Lifeng Liu, Liming Liu, Zhangjun Fei, Ni Hong, Qinsheng Gu

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 8/2019

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Abstract

Here, we report a novel member of the genus Polerovirus, zucchini aphid-borne yellows virus (ZABYV), which was identified in zucchini grown for seed production in the Xinjiang Uygur Autonomous Region, China. The complete nucleotide sequence of the ZABYV genome was determined and found to be 5,792 nucleotides in length, and like those of other poleroviruses, to contain seven open reading frames (ORFs). Multiple sequence alignments and phylogenetic analysis indicated that ZABYV is a new member of the genus Polerovirus, although several regions of its genome are closely related to chickpea chlorotic stunt virus (CpCSV). Further comparative analysis suggested that ZABYV originated from a recombination event between CpCSV and another unknown virus in the genus Polerovirus.
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Literatur
1.
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2.
Zurück zum Zitat King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ (2011) Virus taxonomy: Ninth report of the international committee on taxonomy of viruse. Elsevier Academic, Amsterdam King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ (2011) Virus taxonomy: Ninth report of the international committee on taxonomy of viruse. Elsevier Academic, Amsterdam
3.
Zurück zum Zitat Knierim D, Deng TC, Tsai WS, Green SK, Kenyon L (2010) Molecular identification of three distinct Polerovirus species and a recombinant Cucurbit aphid-borne yellows virus strain infecting cucurbit crops in Taiwan. Plant Pathol 59:991–1002CrossRef Knierim D, Deng TC, Tsai WS, Green SK, Kenyon L (2010) Molecular identification of three distinct Polerovirus species and a recombinant Cucurbit aphid-borne yellows virus strain infecting cucurbit crops in Taiwan. Plant Pathol 59:991–1002CrossRef
4.
Zurück zum Zitat Knierim D, Maiss E, Kenyon L, Winter S, Menzel W (2015) First full-length genome sequence of the polerovirus luffa aphid-borne yellows virus (LABYV) reveals the presence of at least two consensus sequences in an isolate from Thailand. Arch Virol 160:2633–2636CrossRefPubMed Knierim D, Maiss E, Kenyon L, Winter S, Menzel W (2015) First full-length genome sequence of the polerovirus luffa aphid-borne yellows virus (LABYV) reveals the presence of at least two consensus sequences in an isolate from Thailand. Arch Virol 160:2633–2636CrossRefPubMed
5.
Zurück zum Zitat Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K (2018) MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Mol Biol Evol 35:1547–1549CrossRefPubMedCentralPubMed Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K (2018) MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Mol Biol Evol 35:1547–1549CrossRefPubMedCentralPubMed
6.
Zurück zum Zitat Martin DP, Murrell B, Golden M, Khoosal A, Muhire B (2015) RDP4: detection and analysis of recombination patterns in virus genomes. Virus Evol 1:1–5CrossRef Martin DP, Murrell B, Golden M, Khoosal A, Muhire B (2015) RDP4: detection and analysis of recombination patterns in virus genomes. Virus Evol 1:1–5CrossRef
7.
Zurück zum Zitat Montero-Pau J, Blanca J, Bombarely A, Ziarsolo P, Esteras C, Martí-Gómez C, Ferriol M, Gómez P, Jamilena M, Mueller L (2018) De novo assembly of the zucchini genome reveals a whole-genome duplication associated with the origin of the Cucurbita genus. Plant Biotechnol J 16:1161–1171CrossRefPubMed Montero-Pau J, Blanca J, Bombarely A, Ziarsolo P, Esteras C, Martí-Gómez C, Ferriol M, Gómez P, Jamilena M, Mueller L (2018) De novo assembly of the zucchini genome reveals a whole-genome duplication associated with the origin of the Cucurbita genus. Plant Biotechnol J 16:1161–1171CrossRefPubMed
8.
Zurück zum Zitat Peng B, Liu LM, Liu SS, Zhang YH, Ji YL, Wu Y, Zhang XJ, Gu QS (2017) The genome of Cucurbit chlorotic yellows virus from Xinjiang autonomous region of China. Acta Phytopathol Sin 47:730–737 Peng B, Liu LM, Liu SS, Zhang YH, Ji YL, Wu Y, Zhang XJ, Gu QS (2017) The genome of Cucurbit chlorotic yellows virus from Xinjiang autonomous region of China. Acta Phytopathol Sin 47:730–737
9.
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10.
Zurück zum Zitat Shang QX, Xiang HY, Han CG, Li DW, Yu JL (2009) Distribution and molecular diversity of three cucurbit-infecting poleroviruses in China. Virus Res 145:341–346CrossRefPubMed Shang QX, Xiang HY, Han CG, Li DW, Yu JL (2009) Distribution and molecular diversity of three cucurbit-infecting poleroviruses in China. Virus Res 145:341–346CrossRefPubMed
11.
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12.
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13.
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Metadaten
Titel
Detection and genome characterization of a novel member of the genus Polerovirus from zucchini (Cucurbita pepo) in China
verfasst von
Bin Peng
Baoshan Kang
Huijie Wu
Lifeng Liu
Liming Liu
Zhangjun Fei
Ni Hong
Qinsheng Gu
Publikationsdatum
23.05.2019
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 8/2019
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-019-04217-w

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