Das Darmlumen ist mit einem umfangreichen bakteriellen Spektrum ausgestattet, das bis zu 2000 verschiedene Arten umfasst. Auch die Zahl intestinaler
Bakterien übersteigt bei Weitem die der gesamten Körperzellen. Neben der wichtigen Bedeutung der normalen Darmflora (Eubiom) für den Verdauungsvorgang, den intraluminalen Metabolismus von Zuckern, Proteinen,
Gallensäuren und
Xenobiotika trägt sie entscheidend zur Reifung und Funktion des Immunsystems des Darms bei. Eine mikrobielle Fehlbesiedelung des Intestinums kann sich quantitativ und qualitativ äußern. Eine
quantitative Dysbiose liegt vor, wenn lediglich das Spektrum der Darmflora verschoben ist, aber die üblichen Keimarten vorhanden sind, eine
qualitative Dysbiose betrifft das Fehlen normaler Darmkeime und/oder die Anwesenheit pathologischer Mikroben, wie Strepto-,
Staphylokokken, Amöben, Pilze, Parasiten etc. im Sinne einer Darminfektion. Diese Veränderungen können im Rahmen intestinaler Erkrankungen, wie entzündliche Darmerkrankungen (M. Crohn u. a.),
Divertikulose, Gärungsdyspepsie und kolorektale Karzinome, sowie bei langzeitigem Einsatz darmwirksamer Breitbandantibiotika entstehen.
Die Diagnose einer Dysbiose kann auf zwei Untersuchungsebenen erfolgen: 1. Die mikrobielle Untersuchung von
Stuhlproben nach Anlegen von Bakterienkulturen, um gleichzeitig über den therapeutischen Einsatz von Probiotika (Gabe bakterienenthaltender Präparate), Präbiotika (Wachstumsstimuli existenter Keime) oder Synbiotika (eine Kombination beider) zu entscheiden. 2. Die molekulargenetische Untersuchung des gesamten fäkalen Mikrobioms mit Hochdurchsatzsequenzierung der gesamten DNA in der Stuhlprobe mit der Methode der quantitativen Metagenomik. Die Auswertung basiert auf dem Vergleich mit allen bekannten Genen (9,9 Mio.) des intestinaler Mikrobioms. Algorithmen führen dann zur Diagnose und Therapie der Erkrankung. Therapeutisch kann in definierten Fällen eine Stuhltransplantation indiziert sein.