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Erschienen in: Archives of Virology 10/2018

18.07.2018 | Annotated Sequence Record

Genome characterization of the newly identified maize-associated totivirus Anhui

verfasst von: Ibukun A. Akinyemi, Fang Wang, Zhao-Xia Chang, Qingfa Wu

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 10/2018

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Abstract

Maize-associated totivirus Anhui (MATV-Ah) is a novel totivirus with a 5536-nt genome and two large ORFs that encode a putative coat protein (CP) and an RNA-dependent RNA polymerase (RdRP). The two ORFs share amino acid identities of 32 and 56% when compared to other plant-associated totiviruses, respectively. Based on genome sequence similarity and phylogenetic analysis, MATV-Ah is proposed to be a member of the family Totiviridae genus Totivirus.
Literatur
1.
Zurück zum Zitat Chen S, Cao L, Huang Q, Qian Y, Zhou X (2016) The complete genome sequence of a novel maize-associated totivirus. Arch Virol 161:487–490CrossRefPubMed Chen S, Cao L, Huang Q, Qian Y, Zhou X (2016) The complete genome sequence of a novel maize-associated totivirus. Arch Virol 161:487–490CrossRefPubMed
2.
Zurück zum Zitat Kondo H, Hisano S, Chiba S, Maruyama K, Andika IB, Toyoda K, Fujimori F, Suzuki N (2016) Sequence and phylogenetic analyses of novel totivirus-like double-stranded RNAs from field-collected powdery mildew fungi. Virus Res 213:353–364CrossRefPubMed Kondo H, Hisano S, Chiba S, Maruyama K, Andika IB, Toyoda K, Fujimori F, Suzuki N (2016) Sequence and phylogenetic analyses of novel totivirus-like double-stranded RNAs from field-collected powdery mildew fungi. Virus Res 213:353–364CrossRefPubMed
3.
Zurück zum Zitat Lachnit T, Thomas T, Steinberg P (2016) Expanding our understanding of the seaweed holobiont: RNA viruses of the red alga delisea pulchra. Front Microbiol 6:1489CrossRefPubMedPubMedCentral Lachnit T, Thomas T, Steinberg P (2016) Expanding our understanding of the seaweed holobiont: RNA viruses of the red alga delisea pulchra. Front Microbiol 6:1489CrossRefPubMedPubMedCentral
4.
Zurück zum Zitat Wu QF, Luo YJ, Lu R, Lau N, Lai EC, Li WX, Ding SW (2010) Virus discovery by deep sequencing and assembly of virus-derived small silencing RNAs. P Natl Acad Sci USA 107:1606–1611CrossRef Wu QF, Luo YJ, Lu R, Lau N, Lai EC, Li WX, Ding SW (2010) Virus discovery by deep sequencing and assembly of virus-derived small silencing RNAs. P Natl Acad Sci USA 107:1606–1611CrossRef
5.
Zurück zum Zitat Rybicki EP, Pietersen G (1999) Plant virus disease problems in the developing world. Advances in virus research. Elsevier, New York, pp 127–175 Rybicki EP, Pietersen G (1999) Plant virus disease problems in the developing world. Advances in virus research. Elsevier, New York, pp 127–175
6.
Zurück zum Zitat Chang ZX, Tang N, Wang L, Zhang LQ, Akinyemi IA, Wu QF (2016) Identification and characterization of microRNAs in the white-backed planthopper, sogatella furcifera. Insect Sci 23:452–468CrossRefPubMed Chang ZX, Tang N, Wang L, Zhang LQ, Akinyemi IA, Wu QF (2016) Identification and characterization of microRNAs in the white-backed planthopper, sogatella furcifera. Insect Sci 23:452–468CrossRefPubMed
7.
Zurück zum Zitat Zerbino DR (2010) Using the velvet de novo assembler for short-read sequencing technologies. Curr Protoc Bioinform 31(1): 11–15 Zerbino DR (2010) Using the velvet de novo assembler for short-read sequencing technologies. Curr Protoc Bioinform 31(1): 11–15
8.
Zurück zum Zitat King AM, Lefkowitz E, Adams MJ, Carstens EB (2012) Virus taxonomy: ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, vol 9. Elsevier, New York, p 642 King AM, Lefkowitz E, Adams MJ, Carstens EB (2012) Virus taxonomy: ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, vol 9. Elsevier, New York, p 642
9.
Zurück zum Zitat Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S (2013) MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol Biol Evol 30:2725–2729CrossRefPubMedPubMedCentral Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S (2013) MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol Biol Evol 30:2725–2729CrossRefPubMedPubMedCentral
Metadaten
Titel
Genome characterization of the newly identified maize-associated totivirus Anhui
verfasst von
Ibukun A. Akinyemi
Fang Wang
Zhao-Xia Chang
Qingfa Wu
Publikationsdatum
18.07.2018
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 10/2018
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-018-3929-0

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