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Erschienen in:

14.03.2018 | Annotated Sequence Record

Genomic characterization and phylogenetic analysis of the novel Pseudomonas phage PPSC2

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 7/2018

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Abstract

We isolated a Pseudomonas phage infecting Pseudomonas fluorescens SA1 separated from a soil sample collected in Sichuan Province, China. This phage, which we named PPSC2, has a genome that is composed of a 97,330-bp-long linear double-stranded DNA with 47.51% G+C content and 168 putative protein-coding genes. We identified 20 tRNA genes in the genome of PPSC2, and the tRNA GC content ranged from 44.2% to 58.4%. Phylogenetic and BLASTn analysis revealed that the Pseudomonas phage PPSC2 should be considered a new member of the family Myoviridae.

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Euzeby JP (1997) List of bacterial names with standing in nomenclature: a folder available on the internet. Int J Syst Bacteriol 47:590–592CrossRefPubMed

Palleroni NJ (2010) The Pseudomonas story. Environ Microbiol 12:1377–1383CrossRefPubMed

Thomas JA, Rolando MR, Carroll CA, Shen PS, Belnap DM et al (2008) Characterization of Pseudomonas chlororaphis myovirus 201varphi2-1 via genomic sequencing, mass spectrometry, and electron microscopy. Virology 376:330–338CrossRefPubMedPubMedCentral

Qiao X, Sun Y, Qiao J, Di Sanzo F, Mindich L (2010) Characterization of Phi2954, a newly isolated bacteriophage containing three dsRNA genomic segments. BMC Microbiol 10:55CrossRefPubMedPubMedCentral

Nowicki G, Walkowiak-Nowicka K, Zemleduch-Barylska A, Mleczko A, Frackowiak P et al (2017) Complete genome sequences of two novel autographiviruses infecting a bacterium from the Pseudomonas fluorescens group. Arch Virol 162:2907–2911CrossRefPubMedPubMedCentral

Amgarten D, Martins LF, Lombardi KC, Antunes LP, de Souza APS et al (2017) Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC Genom 18:346CrossRef

Adriaenssens EM, Mattheus W, Cornelissen A, Shaburova O, Krylov VN et al (2012) Complete genome sequence of the giant Pseudomonas phage Lu11. J Virol 86:6369–6370CrossRefPubMedPubMedCentral

Uchiyama J, Rashel M, Takemura I, Kato S, Ujihara T et al (2012) Genetic characterization of Pseudomonas aeruginosa bacteriophage KPP10. Arch Virol 157:733–738CrossRefPubMed

Chevreux B, Pfisterer T, Drescher B, Driesel AJ, Muller WE et al (2004) Using the miraEST assembler for reliable and automated mRNA transcript assembly and SNP detection in sequenced ESTs. Genome Res 14:1147–1159CrossRefPubMedPubMedCentral

10.

Besemer J, Borodovsky M (2005) GeneMark: web software for gene finding in prokaryotes, eukaryotes and viruses. Nucleic Acids Res 33:W451–W454CrossRefPubMedPubMedCentral

11.

Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z et al (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25:3389–3402CrossRefPubMedPubMedCentral

12.

Schattner P, Brooks AN, Lowe TM (2005) The tRNAscan-SE, snoscan and snoGPS web servers for the detection of tRNAs and snoRNAs. Nucleic Acids Res 33:W686–W689CrossRefPubMedPubMedCentral

13.

Emms DM, Kelly S (2015) OrthoFinder: solving fundamental biases in whole genome comparisons dramatically improves orthogroup inference accuracy. Genome Biol 16:157CrossRefPubMedPubMedCentral

14.

Loytynoja A (2014) Phylogeny—aware alignment with PRANK. Methods Mol Biol 1079:155–170CrossRefPubMed

15.

Posada D (2008) jModelTest: phylogenetic model averaging. Mol Biol Evol 25:1253–1256CrossRefPubMed

16.

Ronquist F, Huelsenbeck JP (2003) MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics 19:1572–1574CrossRefPubMed

17.

Fu C, Zhao Q, Li Z, Wang Y, Zhang S et al (2017) Complete genome sequence of Halomonas ventosae virulent halovirus QHHSV-1. Arch Virol 162:3215–3219CrossRefPubMed

18.

Taylor NM, Prokhorov NS, Guerrero-Ferreira RC, Shneider MM, Browning C et al (2016) Structure of the T4 baseplate and its function in triggering sheath contraction. Nature 533:346–352CrossRefPubMed

19.

Rao VB, Black LW (2010) Structure and assembly of bacteriophage T4 head. Virol J 7:356CrossRefPubMedPubMedCentral

20.

Black LW, Rao VB (2012) Structure, assembly, and DNA packaging of the bacteriophage T4 head. Adv Virus Res 82:119–153CrossRefPubMedPubMedCentral

21.

Leiman PG, Kanamaru S, Mesyanzhinov VV, Arisaka F, Rossmann MG (2003) Structure and morphogenesis of bacteriophage T4. Cell Mol Life Sci 60:2356–2370CrossRefPubMed

22.

Abouhmad A, Mamo G, Dishisha T, Amin MA, Hatti-Kaul R (2016) T4 lysozyme fused with cellulose-binding module for antimicrobial cellulosic wound dressing materials. J Appl Microbiol 121:115–125CrossRefPubMed

23.

Bartell PF, Orr TE, Lam GK (1966) Polysaccharide depolymerase associated with bacteriophage infection. J Bacteriol 92:56–62PubMedPubMedCentral

24.

Dong TG, Dong S, Catalano C, Moore R, Liang X et al (2015) Generation of reactive oxygen species by lethal attacks from competing microbes. Proc Natl Acad Sci USA 112:2181–2186CrossRefPubMedPubMedCentral

25.

Samaddar S, Grewal RK, Sinha S, Ghosh S, Roy S et al (2015) Dynamics of mycobacteriophage–mycobacterial host interaction: evidence for secondary mechanisms for host lethality. Appl Environ Microbiol 82:124–133CrossRefPubMedPubMedCentral

26.

Hofmann N, Wurm R, Wagner R (2011) The E. coli anti-sigma factor Rsd: studies on the specificity and regulation of its expression. PLoS One 6:e19235CrossRefPubMedPubMedCentral

27.

Borgos SE, Bordel S, Sletta H, Ertesvag H, Jakobsen O et al (2013) Mapping global effects of the anti-sigma factor MucA in Pseudomonas fluorescens SBW25 through genome-scale metabolic modeling. BMC Syst Biol 7:19CrossRefPubMedPubMedCentral

28.

Korolev S (2017) Advances in structural studies of recombination mediator proteins. Biophys Chem 225:27–37CrossRefPubMed

29.

Bleuit JS, Ma Y, Munro J, Morrical SW (2004) Mutations in a conserved motif inhibit single-stranded DNA binding and recombination mediator activities of bacteriophage T4 UvsY protein. J Biol Chem 279:6077–6086CrossRefPubMed

30.

Gajewski S, Waddell MB, Vaithiyalingam S, Nourse A, Li Z et al (2016) Structure and mechanism of the phage T4 recombination mediator protein UvsY. Proc Natl Acad Sci USA 113:3275–3280CrossRefPubMedPubMedCentral

31.

Frampton RA, Taylor C, Holguin Moreno AV, Visnovsky SB, Petty NK et al (2014) Identification of bacteriophages for biocontrol of the kiwifruit canker phytopathogen Pseudomonas syringae pv. actinidiae. Appl Environ Microbiol 80:2216–2228CrossRefPubMedPubMedCentral

32.

Rombouts S, Volckaert A, Venneman S, Declercq B, Vandenheuvel D et al (2016) Characterization of novel bacteriophages for biocontrol of bacterial blight in leek caused by Pseudomonas syringae pv. porri. Front Microbiol 7:279CrossRefPubMedPubMedCentral

Titel: Genomic characterization and phylogenetic analysis of the novel Pseudomonas phage PPSC2
Publikationsdatum: 14.03.2018
Erschienen in: Archives of Virology / Ausgabe 7/2018
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-018-3801-2

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