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Erschienen in: Archives of Virology 6/2016

26.03.2016 | Annotated Sequence Record

Complete nucleotide sequences of a new bipartite begomovirus from Malvastrum sp. plants with bright yellow mosaic symptoms in South Texas

verfasst von: Olufemi J. Alabi, Cecilia Villegas, Lori Gregg, K. Daniel Murray

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 6/2016

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Abstract

Two isolates of a novel bipartite begomovirus, tentatively named malvastrum bright yellow mosaic virus (MaBYMV), were molecularly characterized from naturally infected plants of the genus Malvastrum showing bright yellow mosaic disease symptoms in South Texas. Six complete DNA-A and five DNA-B genome sequences of MaBYMV obtained from the isolates ranged in length from 2,608 to 2,609 nucleotides (nt) and 2,578 to 2,605 nt, respectively. Both genome segments shared a 178- to 180-nt common region. In pairwise comparisons, the complete DNA-A and DNA-B sequences of MaBYMV were most similar (87-88 % and 79-81 % identity, respectively) and phylogenetically related to the corresponding sequences of sida mosaic Sinaloa virus-[MX-Gua-06]. Further analysis revealed that MaBYMV is a putative recombinant virus, thus supporting the notion that malvaceous hosts may be influencing the evolution of several begomoviruses. The design of new diagnostic primers enabled the detection of MaBYMV in cohorts of Bemisia tabaci collected from symptomatic Malvastrum sp. plants, thus implicating whiteflies as potential vectors of the virus.
Literatur
1.
Zurück zum Zitat Alabi OJ, Ogbe FO, Bandyopadhyay R, Kumar PL, Dixon AGO, Hughes Jd’A, Naidu RA (2008) Alternate hosts of African cassava mosaic virus and East African cassava mosaic Cameroon virus in Nigeria. Arch Virol 153:1743–1747CrossRefPubMed Alabi OJ, Ogbe FO, Bandyopadhyay R, Kumar PL, Dixon AGO, Hughes Jd’A, Naidu RA (2008) Alternate hosts of African cassava mosaic virus and East African cassava mosaic Cameroon virus in Nigeria. Arch Virol 153:1743–1747CrossRefPubMed
2.
Zurück zum Zitat Andrade EC, Manhani GG, Alfenas PF, Calegario RF, Fontes EPB, Zerbini FM (2006) Tomato yellow spot virus, a tomato infecting begomovirus from Brazil with a closer relationship to viruses from Sida sp. forms pseudorecombinants with begomoviruses from tomato but not from Sida. J Gen Virol 87:3687–3696CrossRefPubMed Andrade EC, Manhani GG, Alfenas PF, Calegario RF, Fontes EPB, Zerbini FM (2006) Tomato yellow spot virus, a tomato infecting begomovirus from Brazil with a closer relationship to viruses from Sida sp. forms pseudorecombinants with begomoviruses from tomato but not from Sida. J Gen Virol 87:3687–3696CrossRefPubMed
3.
Zurück zum Zitat Brown JK, Fauquet CM, Briddon RW, Zerbini M, Moriones E, Navas-Castillo J (2012) Geminiviridae. In: King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ (eds) Virus taxonomy. Ninth report of the ICTV. Elsevier/Academic Press, London, pp 351–373 Brown JK, Fauquet CM, Briddon RW, Zerbini M, Moriones E, Navas-Castillo J (2012) Geminiviridae. In: King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ (eds) Virus taxonomy. Ninth report of the ICTV. Elsevier/Academic Press, London, pp 351–373
4.
Zurück zum Zitat Brown JK, Zerbini FM, Navas-Castillo J, Moriones E, Ramos-Sobrinho R, Silva JCF, Fiallo-Olivé E, Briddon RW, Hernández-Zepeda C, Idris A, Malathi VG, Martin DP, Rivera-Bustamante R, Ueda S, Varsani A (2015) Revision of Begomovirus taxonomy based on pairwise sequence comparisons. Arch Virol 160:1593–1619CrossRefPubMed Brown JK, Zerbini FM, Navas-Castillo J, Moriones E, Ramos-Sobrinho R, Silva JCF, Fiallo-Olivé E, Briddon RW, Hernández-Zepeda C, Idris A, Malathi VG, Martin DP, Rivera-Bustamante R, Ueda S, Varsani A (2015) Revision of Begomovirus taxonomy based on pairwise sequence comparisons. Arch Virol 160:1593–1619CrossRefPubMed
5.
Zurück zum Zitat Dellaporta SL, Wood J, Hicks JB (1983) A plant DNA minipreparation: version II. Plant Mol Biol Rep 1:19–21CrossRef Dellaporta SL, Wood J, Hicks JB (1983) A plant DNA minipreparation: version II. Plant Mol Biol Rep 1:19–21CrossRef
6.
Zurück zum Zitat Fiallo-Olivé E, Zerbini FM, Navas-Castillo J (2015) Complete nucleotide sequences of two new begomoviruses infecting the wild malvaceous plant Melochia sp. in Brazil. Arch Virol 160:3161–3164CrossRefPubMed Fiallo-Olivé E, Zerbini FM, Navas-Castillo J (2015) Complete nucleotide sequences of two new begomoviruses infecting the wild malvaceous plant Melochia sp. in Brazil. Arch Virol 160:3161–3164CrossRefPubMed
7.
Zurück zum Zitat Hall TA (1999) BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl Acids Symp Ser 41:95–98 Hall TA (1999) BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl Acids Symp Ser 41:95–98
9.
Zurück zum Zitat Martin DP, Lemey P, Lott M, Moulton V, Posada D, Lefeuvre P (2010) RDP3: a flexible and fast computer program for analyzing recombination. Bioinformatics 26:2462–2463CrossRefPubMedPubMedCentral Martin DP, Lemey P, Lott M, Moulton V, Posada D, Lefeuvre P (2010) RDP3: a flexible and fast computer program for analyzing recombination. Bioinformatics 26:2462–2463CrossRefPubMedPubMedCentral
10.
Zurück zum Zitat Muhire B, Varsani A, Martin DP (2014) SDT: A virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One 9:e108277CrossRefPubMedPubMedCentral Muhire B, Varsani A, Martin DP (2014) SDT: A virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One 9:e108277CrossRefPubMedPubMedCentral
11.
Zurück zum Zitat Stewart C, Kon T, Rojas M, Graham A, Martin D, Gilbertson R, Roye M (2014) The molecular characterisation of a Sida-infecting begomovirus from Jamaica. Arch Virol 159:375–378CrossRefPubMed Stewart C, Kon T, Rojas M, Graham A, Martin D, Gilbertson R, Roye M (2014) The molecular characterisation of a Sida-infecting begomovirus from Jamaica. Arch Virol 159:375–378CrossRefPubMed
12.
Zurück zum Zitat Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S (2013) MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol Biol Evol 30:2725–2729CrossRefPubMedPubMedCentral Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S (2013) MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol Biol Evol 30:2725–2729CrossRefPubMedPubMedCentral
13.
Zurück zum Zitat Wyatt SD, Brown JK (1996) Detection of Subgroup III geminivirus isolates in leaf extracts by degenerate primers and polymerase chain reaction. Phytopathology 86:1288–1293CrossRef Wyatt SD, Brown JK (1996) Detection of Subgroup III geminivirus isolates in leaf extracts by degenerate primers and polymerase chain reaction. Phytopathology 86:1288–1293CrossRef
Metadaten
Titel
Complete nucleotide sequences of a new bipartite begomovirus from Malvastrum sp. plants with bright yellow mosaic symptoms in South Texas
verfasst von
Olufemi J. Alabi
Cecilia Villegas
Lori Gregg
K. Daniel Murray
Publikationsdatum
26.03.2016
Verlag
Springer Vienna
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 6/2016
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-016-2821-z

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