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Erschienen in: Archives of Virology 1/2017

11.10.2016 | Annotated Sequence Record

Complete genome sequence of a putative new secovirus infecting yam (Dioscorea) plants

Erschienen in: Archives of Virology | Ausgabe 1/2017

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Abstract

The complete genome sequence of a new virus infecting yam plants exhibiting mosaic symptom in Brazil was determined. The genome of this virus is composed of two molecules of positive-sense RNAs of 5979 and 3809 nucleotides in length, excluding the poly(A) tails. One large open reading frame (ORF) in each genomic segment (RNA1-ORF1 and RNA2-ORF2) was predicted. The highest amino acid sequence similarity in the Pro-Pol core region of RNA1 and the CP region of RNA2 was observed with chocolate lily virus A (a putative member of the family Secoviridae), with 54.6 and 27.7 % identity, respectively. This virus is thus likely to be a new member of the family Secoviridae, and we propose the tentative name “dioscorea mosaic-associated virus” (DMaV) for this virus.
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Literatur
1.
Zurück zum Zitat Sanfaçon H, Wellink J, Le Gall O, Karasev A, van der Vlugt R, Werzel T (2009) Secoviridae: a proposed family of plant viruses within the order Picornavirales that combines the families Sequiviridae and Comoviridae, the unassigned genera Cheravirus and Sadwavirus, and the proposed genus Torradovirus. Arch Virol 154:899–907. doi:10.1007/s00705-009-0367-z CrossRefPubMed Sanfaçon H, Wellink J, Le Gall O, Karasev A, van der Vlugt R, Werzel T (2009) Secoviridae: a proposed family of plant viruses within the order Picornavirales that combines the families Sequiviridae and Comoviridae, the unassigned genera Cheravirus and Sadwavirus, and the proposed genus Torradovirus. Arch Virol 154:899–907. doi:10.​1007/​s00705-009-0367-z CrossRefPubMed
3.
Zurück zum Zitat Saski CA, Bhattacharjee R, Scheffler BE, Asiedu R (2015) Genomic Resources for Water Yam (Dioscoreaalata L.): Analyses of EST-Sequences, De Novo Sequencing and GBS Libraries. PLoS One. doi:10.1371/journal.pone.0134031 Saski CA, Bhattacharjee R, Scheffler BE, Asiedu R (2015) Genomic Resources for Water Yam (Dioscoreaalata L.): Analyses of EST-Sequences, De Novo Sequencing and GBS Libraries. PLoS One. doi:10.​1371/​journal.​pone.​0134031
4.
Zurück zum Zitat Filho F de ACR, Nicolini C, Resende R de O, Andrade GP, Pio-Ribeiro G, Nagata T (2013) The complete genome sequence of a Brazilian isolate of yam mild mosaic virus. Arch Virol 158:515–518. doi:10.1007/s00705-012-1509-2 Filho F de ACR, Nicolini C, Resende R de O, Andrade GP, Pio-Ribeiro G, Nagata T (2013) The complete genome sequence of a Brazilian isolate of yam mild mosaic virus. Arch Virol 158:515–518. doi:10.​1007/​s00705-012-1509-2
5.
8.
Zurück zum Zitat Lindner JL, Schoen CD, Jelkmann W et al (2002) Characterization and complete nucleotide sequence of Strawberry mottle virus: a tentative member of a new family of bipartite plant picorna-like viruses. J Gen Virol 83:229–239. doi:10.1099/0022-1317-83-1-229 CrossRefPubMed Lindner JL, Schoen CD, Jelkmann W et al (2002) Characterization and complete nucleotide sequence of Strawberry mottle virus: a tentative member of a new family of bipartite plant picorna-like viruses. J Gen Virol 83:229–239. doi:10.​1099/​0022-1317-83-1-229 CrossRefPubMed
10.
Zurück zum Zitat King AMQ, Adams MJ, Lefkowitz EJ (2012) Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Elsevier King AMQ, Adams MJ, Lefkowitz EJ (2012) Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Elsevier
Metadaten
Titel
Complete genome sequence of a putative new secovirus infecting yam (Dioscorea) plants
Publikationsdatum
11.10.2016
Erschienen in
Archives of Virology / Ausgabe 1/2017
Print ISSN: 0304-8608
Elektronische ISSN: 1432-8798
DOI
https://doi.org/10.1007/s00705-016-3104-4

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